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晓平点评丨Omicron变异株为什么会进化出快速传播与免疫逃逸?

 泰荣林黑皮 2022-05-18 发布于上海

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奥密克戎(Omicron)作为新冠病毒的新型变异株,2021年11月被世界卫生组织正式命名,在短短一个多月的时间里,就凭借其传播力更强、传播速度更快及传播更加隐蔽的特性,迅速取代德尔塔成为世界主要流行毒株。

由于奥密克戎的基因突变数量比德尔塔多1倍以上,综合传染性是德尔塔2倍以上,奥密克戎对现有技术路线的疫苗普遍具有强大的免疫逃逸能力,即使接种加强针或新冠康复人群都难以避免再次感染奥密克戎,因此大大削弱了疫苗接种或新冠康复人群的免疫保护效果(尽管疫苗仍有预防重症、减少死亡等的重要作用)。

本期晓平点评专栏,倪晓平教授综合相关文献报道,通过分析Omicron变异株在受体结合方式、进入细胞途径等方面的改变阐述Omicron变异株为什么会进化出快速传播与免疫逃逸。

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Omicron变异株为什么会进化出快速传播与免疫逃逸?

2021年初,全球第一个受到关切的变异株(variant of concern,VOC)是Alpha变异株(B.1.1.7),并迅速成为全球流行的主流毒株。几个月后,2021年夏天,Delta变异株(B.1.617.2)出现并替代Alpha株,成为大多数国家流行株。Alpha变异株的传播速度比原始株提高35%~100%,感染者病毒载量较高。随后Delta变异株替代了Alpha,其传播率又高出55%,并具有部分逃脱中和抗体作用的能力。2021年11月南非首次发现 Omicron变异株,并迅速席卷全球,短短10周内感染了约9000万人,超过2020年全年的COVID-19报告病例数,其传播速度比原始株提高10倍。
 
2021年11月24日,Omicron变异株的氨基酸序列首次公布。不到一个月后,《自然》和《细胞》等杂志报道了一系列有关该VOC株的快速传播与免疫逃逸的特征。与原始株相比,Omicron整个基因组共有51个突变,刺突蛋白(spike蛋白,S蛋白)有30多个(其他VOCs只有9~12个)突变点位,包括30个氨基酸替换、3个缺失和1个插入,其中受体结合区域(Receptor binding domain,RBD)有15个前所未有的突变,对病毒的传染性,以及对疫苗和治疗性抗体的保护作用产生重大影响,再感染(re-infection)和疫苗突破(vaccine breakthroughs),甚至影响了病毒的复制能力、发病机制,并迅速在全球范围内蔓延,替代Delta变异株成为当前大流行的主流毒株。综合相关文献报道,Omicron变异株出现以下改变。

一、与ACE2受体结合方式发生了改变

Omicron 的S蛋白继续使用人类血管紧张素转化酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)作为其进入细胞的受体,但相对于其他变异株,与ACE2的结合强度增加了2.5倍,这主要是得益于Omicron 的RBD在表面具有更强的正静电电位,有利于S蛋白插入带负电荷的ACE2中。Omicron S蛋白与ACE2的结合方式也发生了改变。
 
美国北卡罗来纳州Duke人类疫苗研究所结构生物学家Acharya教授领衔的研究团队,采用低温电子显微镜(cryo–electron microscopy)观察发现,Omicron S蛋白的结构完全不同于所有其他的变异株。SARS-CoV-2 S蛋白是由三个相同的片段组成,如同带有关节的手指状触角,这些片段结合在一起成为一个单元,向外延伸就像抓取物品的指尖一样,用来抓取并将病毒固定在ACE2的细胞上(见附图1)。Delta以及其他变异株采用伸出多个手指抓取ACE2。而Omicron却进化出“一指禅”的功能,继续保持可弯曲的触角,如同弹簧一般,只伸出一个手指来抓住ACE2,以确保S蛋白总是指向感染细胞的方向。同时,Omicron隐藏了受抗体会攻击的S蛋白,从而躲避了免疫系统的攻击。这样一来,受到中和抗体(nAbs)攻击的大部分触角被隐藏起来了,而带有正电的“一指禅”又可以更高效、更准确抓住负电特性的ACE2。

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附图1. SARS-CoV-2刺突蛋白三个手指状触角。

 
二、进入细胞的途径发生了改变

与SARS-CoV-2的原始株和其他变异株有所不同,Omicron使用了不同的蛋白酶进入细胞。SARS-CoV-2进入细胞都是从抓住ACE2开始的,在经典的进入途径中,跨膜丝氨酸蛋白酶2(TMPRSS2)剪断了S蛋白,允许病毒与人类细胞融合并立即释放核酸来制造子代病毒。但是Omicron可能会通过细胞膜内的核内体(endosome)走后门进入细胞。通过这条特殊路径,Omicron利用另一种蛋白酶--组织蛋白酶L(cathepsin L)来剪掉S蛋白,将病毒核酸倾倒入细胞内。2022年2月1日《自然》杂志分别报道了两个研究团队的结果,Omicron并没有有效地利用TMPRSS2途径,而是更多地依赖组织蛋白酶L进入细胞。
 
质膜途径(plasma membrane entry route):SASR-CoV-2 原始株或包括Delta在内的之前变异株主要感染肺上皮细胞,通过质膜途径进入宿主细胞,肺上皮细胞是TMPRSS2高表达的细胞,病毒先与ACE2结合,再与TMPRSS2结合,在S蛋白处进行剪切。接下来,S蛋白锚定在细胞膜上,介导病毒膜与细胞膜的融合。最后,细胞膜上形成一个孔,病毒基因组被释放到细胞中(见图2)。
 
核内体途径(endosomal entry route):现有研究发现,Omicron变异株主要感染TMPRSS2低表达的上呼吸道上皮细胞,通过核内体途径进入宿主细胞内。病毒首先与ACE2结合,病毒-- ACE2复合体通过内吞作用进入核内体,在核内体中S蛋白被组织蛋白酶L(Cathepsin L)切割,然后病毒和核内体膜融合在一起形成一个孔,并释放基因组进入细胞内(见附图2)。
 

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附图2.  SARS-CoV-2质膜途径(左侧)与核内体途径(右侧)示意图

 
体外实验发现,Omicron不能在2型人类肺泡细胞(alveolar type 2 cells)进行高效复制,却在人原代气道培养系(human primary airway cultures)和原代人鼻上皮细胞中快速复制。实验证明Omicron在许多细胞系中表现出复制能力的减弱。例如,在共同表达人ACE2和TMPRSS2蛋白酶的Vero E6细胞系中,Delta和Omicron病原体都形成了空斑,但Omicron的空斑的数量明显要少得多(见附图3)。

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附图3.  不同变异株在Vero-ACE2-TMPRSS2 (VAT)细胞系3d后空斑形成。

 
但是,荷兰鹿特丹Erasmus医学中心的病毒学家Haagmans并不这样认为,他认为Omicron还是走经典路径进入细胞,但是使用另一种蛋白酶,而不是TMPRSS2蛋白酶。但是这些未知的蛋白酶并不在肺细胞上。Omicron的细胞趋向性和蛋白酶使用情况发生了改变,这可能是其传染性更高,而致病性下降的重要原因。因此,病毒攻击的靶器官发生了改变,由下呼吸道,甚至肺泡细胞,改为上呼吸道,因为那里ACE2--组织蛋白酶L高度表达。
 
上呼吸道同时表达ACE2和TMPRSS2的细胞数量,相对于下呼吸道的比例要少得多,而适合于Omicron进入细胞的核内体通道(endosomal pathway)却无处不在,在鼻腔中ACE2和核内体组织蛋白酶L同时表达的细胞数量,是ACE2--TMPRSS2同时表达的细胞数量的7倍。由此可见,人体的上呼吸道为Omicron感染提供了更多数量的细胞,这使得Omicron能够更多、更容易地感染上呼吸道细胞,导致人群暴露于较低剂量即可实现感染传播的可能性。这也是解释为什么Omicron变异株的传播速度要远胜过Delta株的原因所在(见附图4)。

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附图4. SARS-CoV-2变异株进入细胞方式示意图。Omicron可以分别利用TMPRSS2+和TMPRSS2-细胞,但Delta株只能利用TMPRSS2+进入细胞。

 
三、免疫逃逸是如何发生的

随着Omicron在全球范围内的流行,很快就发现这种变异株可以躲避抗体和免疫细胞的攻击,但是未接种疫苗的人群仍然是最有可能被感染的。2022年1月8日,美国CDC的数据显示,在Omicron高峰期,各人群的感染率为:3230.1人感染/10万名未接种疫苗,1467.31人突破性感染(breakthrough infections)/10万接种疫苗,1053.6人的感染/10万加强接种。但是,2021年8月28日Delta流行期间,各人群的感染率则是:699.12人感染/10万未接种疫苗,140.8人感染/10万接种疫苗。疫苗接种人群中,Omicron的突破性感染人数是Delta的10倍。
 
Omicron是如何免疫逃逸?多项研究表明,S蛋白某些原本被抗体锁定的抗原位点被替换、缺失或被隐藏起来了。Omicron如此狡猾可能还有其他原因:首先,该变异株S蛋白具有隐藏功能,保护其在抓住ACE2的同时又不被抗体的攻击。Acharya等发现,Omicron的一个常见的抗体连接位点N-端结构域(N-terminal domain)因突变过多,而不被nAbs识别实现了免疫逃逸。Omicron的另一种逃避策略是,Omicron擅长在细胞间传播,这样一来宿主的免疫系统就不能发挥作用,像以往那样在细胞外捕捉到它。Omicron的细胞间传播能力几乎是早期病毒的5倍。纽约大学的研究人员发现,Omicron RBD的电荷可能会排斥抗体。该团队测试了一些单克隆抗体,这些抗体取自大流行早期COVID-19康复者,这些抗体表面如同Omicron S蛋白,都带有正电荷,导致因力场(force field)作用使抗体无法结合到S蛋白上。
 
全程SARS-CoV-2疫苗接种产生的nAbs可以较好地中和原始株,但是无法有效中和Omicron变异株。现有证据表明,疫苗的加强接种(booster vaccination)可以产生较高保护效价,无论是同源疫苗,还是异源疫苗产生的nAbs均可有效中和Omicron变异株(见附图5)。
 

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附图5. 加强接种可以产生较高的nAbs水平

 
最近,以色列在Omicron变异株的流行地区,针对未感染的60岁以上老年人群、并在4个月前已经完成第3针疫苗加强接种的人群实施第4针BNT162b2 mRNA加强接种。结果显示,在第4针接种后7d~30d观察期内,与对照组(接种第3针BNT162b2疫苗人群)比较,接种第4针老年人群可以降低感染(45%)、发病(55%)、因新冠住院(68%)、重症(62%)和新冠致死率(74%)。
 
越来越多证据表明,气溶胶传播已经成为SARS-CoV-2传播最重要的感染途径,而Omicron进入人体的靶细胞发生了改变,利用的蛋白酶也不同于经典感染途径,更方便了变异株进入宿主细胞。目前,我国60岁以上人群完成全程接种率为81.9%,完成加强接种率为62%左右,而第4针的加强接种尚未正式推进。根据当前Omicron流行特点,老年人群又是感染Omicron变异株的“脆弱人群”,因此,应该提高60岁以上人群的加强接种率,同时应积极推进第4针疫苗加强接种工作。
 
四、Omicron显示宿主范围的扩展

关于Omicron唯一的好消息是,比Delta变异株所导致的临床症状似乎要轻些。但是,却换来了更令人担忧的事,Omicron S蛋白介导感染途径扩展了对不同种类动物表达ACE2细胞的感染,现已证明SARSCoV-2进化改变其宿主适应性的范围,导致在小鼠、雪貂或水貂中复制增强。最近,美国的研究已经证实,白尾鹿可作为SARSCoV-2的宿主,这突显了病毒未来可能出现人畜共存的问题,从而大大增加根除SARS-CoV-2的难度。这种反向人畜共患病的风险,主要与Omicron进入细胞利用ACE2--组织蛋白酶L有关,这类组织蛋白酶在哺乳类动物、禽类中普遍存在。
 

主要参考文献

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