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影响因子：8.78 本文属于单肿瘤分型思路，类似的分型文章我们也解读过很多。我们客户分型文章也接受很多。前两天刚接受一篇8+纯生信，只不过出于保密原因我们不做解读。 肿瘤分型文章比较重要的结论就是分型后构建的评分能够预测免疫治疗或者其他治疗的疗效。可以用于分型的基因集很多，比如焦亡，铁死亡，自噬，铜死亡，m7G，细胞衰老，各种代谢途径等等。 如果想做类似的分析，可以添加微信联系小编咨询。 生信分析咨询 请扫描下方二维码 研究概述： 在真核生物中，信使RNA(mRNA)存在N6-甲基腺苷（m6A）、N1-甲基腺苷（m1A）和5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰，最近的研究发现，m6a、m1a和m5c调控的基因表达水平与肿瘤进展相关。本研究首先检测了m6A/m5C/m1A调控基因在HCC组织中的表达水平，构建了调控基因的相互作用网络，并采用生存分析、Cox回归、LASSO回归、构建风险模型等方法评估m6A/m5C/m1A的价值，旨在探讨m6a/m5C/m1A调控基因在肝细胞癌(HCC)预后和免疫微环境中的作用。 研究结果： 一、肝细胞癌组织中m6A/m1A/m5C调控基因表达水平的鉴定与功能研究 1、与正常肝组织相比，HCC组织中m6A/m1A/m5C调控基因的表达水平异常。IGF2BP1、IGF2BP3、IGF2BP2、DNMT3B、DNMT3A、DNMT1、NSUN7、NSUN5、ALYREF、METTL3、TRMT6、TRMT61A相对于正常组织在HCC组织中过表达。（图1、表2） 2、GO注释显示，m6A/m1A/m5C调控的基因参与了RNA修饰和甲基化等过程，KEGG分析涉及癌症、剪接体和RNA运输中的microRNA。
二、使用共识聚类法评估肝癌患者中m6A/m1A/m5C调控基因亚群的临床价值 1、根据45m6A/m1A/m5C调控的基因表达数据，将2374例HCC患者的最优k值分为聚类1组和聚类2组(图2A-C) 2、PCA结果显示，聚类1组和聚类2组之间存在显著差异(图2D)。K-M生存分析显示，1组患者的OS明显优于2组患者(图2E)。此外，两组HCC患者在临床分期、T分期、肿瘤分级、fustat状态等方面的差异均有统计学意义(图2F)。
三、基于m6a/m1A/m5C调控基因的聚簇相关差异表达基因的功能和信号通路 m6/m1/m5C调节基因亚群相关DEG被发现参与信号释放、神经递质运输、调节分泌、钙离子调节胞吐等过程。KEGG分析显示其参与神经活性配体-受体相互作用和PPAR信号通路等相关信号通路。(图3A-C)
四、聚类相关差异表达基因的预后价值和表达水平及预后影响 1、单因素Cox分析显示，当p＜0.001时有37个DEGs与HCC的不良预后相关。（表3，图3D）。图3E-F显示了HCC组织中不同基因的表达水平。
2、37个聚类相关差异表达基因亚组将374例HCC患者分为1组和2组。PCA结果显示，聚类1组和聚类2组之间存在显著差异。.K-M生存分析显示，HCC患者的OS第1组明显优于第2组。(图4A-F)
五、构建m6A/m1A/m5C调控基因相关风险模型及列线图 1、单因素Cox回归分析显示 YBX1,TRMT6, RRP8, 等33个基因是导致HCC患者预后不良的影响因素(表4和图5A)。
2、采用LASSO算法构建基于m6A/m1A/m5C调控基因的风险模型(图5B-D)，图5E为HCC患者的风险评分与生存时间的关系。在基于YBX1、ZC3H13、YTHDF1、TRMT10C、YTHDF2、RRP8、TRMT6、LRPPRC和IGF2BP3表达水平的风险模型中，K-M生存分析显示高危HCC患者预后较差(图5F)。
3、本单位样品数据中，YBX1、ZC3H13、YTHDF1、TRMT10C、YTHDF2、RRP8、TRMT6、LRPPRC和IGF2BP3的表达水平均较高（图6）与前述结果一致。因此，我们构建了包含m6A/m1A/m5C调控基因YBX1、ZC3H13、YTHDF1、TRMT10C、YTHDF2、RRP8、TRMT6、LRPPRC和IGF2BP3的列线图（图7）。
六、与m6A/m1A/m5C调控基因相关的风险模型的临床价值 1、根据对高、低危组HCC患者的临床病理特征的分析，风险模型与HCC患者的肿瘤分级、临床分期、T分期、远处转移、fustat状态相关(图8A) 2、单因素Cox回归分析显示，临床分期、T分期和危险评分是HCC患者预后不良的危险因素(图8B)。多因素Cox回归分析显示，远处转移和危险评分是HCC患者预后不良的危险因素(图8C)。 3、与高风险评分相关的信号机制：高危评分与剪接体调控、细胞周期、碱基切除修复、RNA降解、卵母细胞减数分裂等过程相关
七、肝细胞癌中的免疫细胞浸润与m6A/m1A/m5C调控基因的集群组和风险模型相关 1、在m6A/m1A/m5C调控的基因亚群中，B细胞记忆细胞、CD4记忆静息T细胞、CD4记忆激活T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、静息肥大细胞和嗜酸性粒细胞的表达水平均有显著差异(图9A)；幼稚B细胞、B细胞记忆T细胞、T细胞CD8、CD4记忆静息T细胞、M0巨噬细胞和嗜酸性粒细胞在集群相关差异表达基因亚群之间的表达水平存在显著差异(图9B)。 2、在高风险组和低风险组中，基质评分、CD4记忆静息T细胞、滤泡辅助T细胞、活化NK细胞、单核细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、静息肥大细胞、嗜酸性粒细胞和中性粒细胞的表达水平有显著差异(图9C)。风险评分与基质评分、CD4记忆静息T细胞、CD4记忆激活T细胞、滤泡辅助T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞和静息肥大细胞的水平显著相关(图9D-I）。
3、在HCC中，多个差异基因的表达水平与HCC的风险评分水平相关；并且这些差异基因在高风险和低风险组中存在显著差异（图10-11）
研究总结：本研究确定了m6A/m5C/m1A参与基因的调控，并利用TCGA数据库中的HCC数据和本院数据构建了HCC的风险模型。m6A/m5C/m1A调控的基因YBX1、ZC3H13、YTHDF1、TRMT10C、YTHDF2、RRP8、TRMT6、LRPPRC、IGF2BP3是HCC患者预后不良的影响因素。风险评分与HCC基质评分和CD4记忆静息T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、静息肥大细胞、CD4记忆激活T细胞和滤泡辅助T细胞的水平相关。综上所述，m6A/m5C/m1A调控基因的聚类亚组和风险模型与HCC的不良预后和免疫微环境相关，有望成为评估HCC患者预后的新工具。 |
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