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❞ 在很多作图中，我们都涉及过添加标签，例如火山图（ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因、ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦、复现NC图表：ggplot做双曲线阈值火山图），一般都是用ggrepel中的geom_text_repel函数。标签的设置还是有很多细节的，这里我们讲一个小例子。 构建一个散点图。 library(ggplot2)library(ggrepel)setwd("C:/Users/tq199/Desktop")A <- read.csv("A.csv", header = T)
ggplot(A, aes(x=rank, y=avg_log2FC)) + geom_point(size=3, color='#DC050C')+ theme_bw()+ theme(panel.grid.major=element_blank(), panel.grid.minor=element_blank(), axis.title = element_text(colour = 'black', size = 15), axis.text = element_text(colour = 'black', size = 12))+ labs(x='Rank', y='Log2FC')
需要标签的点整理一个单独的文件，直接使用geom_text_repel，设置下箭头、大小、字体等等。但是我们会发现一个问题，那就是有些标签不会显示（显示不全），这是因为太多导致重复了。
B <- read.csv("B.csv", header = T)
ggplot(A, aes(x=rank, y=avg_log2FC)) + geom_point(size=3, color='#DC050C')+ geom_point(data = A[abs(A$avg_log2FC)<0.5,], stroke = 0.5, size=3, shape=16, color="grey50",alpha =0.4)+ theme_bw()+ theme(panel.grid.major=element_blank(), panel.grid.minor=element_blank(), axis.title = element_text(colour = 'black', size = 15), axis.text = element_text(colour = 'black', size = 12))+ labs(x='Rank', y='Log2FC')+ geom_text_repel(data=B, aes(label=X), color="black", size=4, fontface="italic", arrow = arrow(ends="first", length = unit(0.01, "npc")), box.padding = 0.2, point.padding = 0.3, segment.color = 'black', segment.size = 0.3, force = 1, max.iter = 3e3)
在很多文章中，我们发现别人的标签排列很整齐，这里只需要设置两个小参数即可。第一direction设置y轴对齐，nudge_x设置指示线长一点即可。
B1 <- B[B$avg_log2FC>0,]B2 <- B[B$avg_log2FC<0,]
ggplot(A, aes(x=rank, y=avg_log2FC)) + geom_point(size=3, color='#DC050C')+ geom_point(data = A[abs(A$avg_log2FC)<0.5,], stroke = 0.5, size=3, shape=16, color="grey50",alpha =0.4)+ theme_bw()+ theme(panel.grid.major=element_blank(), panel.grid.minor=element_blank(), axis.title = element_text(colour = 'black', size = 15), axis.text = element_text(colour = 'black', size = 12))+ labs(x='Rank', y='Log2FC')+ geom_text_repel(data=B1, aes(label=X), color="black", size=4, fontface="italic", size=3, segment.size=0.5, nudge_x=500, direction="y", hjust=0)+ geom_text_repel(data=B2, aes(label=X), color="black", size=4, fontface="italic", size=3, segment.size=0.5, nudge_x=-1000, direction="y", hjust=0)
最后，如果需要标注的点比较散，也可以使用x对齐。
B3 <- B2[abs(B2$avg_log2FC)>1.2,]ggplot(A, aes(x=rank, y=avg_log2FC)) + geom_point(size=3, color='#DC050C')+ geom_point(data = A[abs(A$avg_log2FC)<0.5,], stroke = 0.5, size=3, shape=16, color="grey50",alpha =0.4)+ theme_bw()+ theme(panel.grid.major=element_blank(), panel.grid.minor=element_blank(), axis.title = element_text(colour = 'black', size = 15), axis.text = element_text(colour = 'black', size = 12))+ labs(x='Rank', y='Log2FC')+ geom_text_repel(data=B3, aes(label=X), color="black", size=4, fontface="italic", size=3, segment.size=0.5, nudge_x=-1000, direction="x", hjust=0)
好了，这就是今天的分享了，数据代码已上传QQ群！其实标签还有很多设置，感兴趣的或者后期我们也会慢慢讲！
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