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如何快速启动siRNA文库筛选

 优宁维 2023-01-31 发布于上海

客户:小刀,我之前有听过你的siRNA文库讲座,还挺感兴趣的
客户:但是我们实验室没有高通量仪器,也可以做siRNA文库筛选吗?会不会太麻烦?
DAO:不会很麻烦,小几十个基因的筛选排枪就能搞定,高通量仪器一般适用于几百、几千或几万个基因的筛选

客户:之前没做过siRNA筛选,我有点怕我操作不好
DAO:这个不用太担心,基本的转染操作和单基因一致,只不过通常是用96孔细胞板进行,所以需要多些细心和耐心

客户:好的,那我可以试试看
客户:对了,你讲座中提到的成品文库,我看了下,这些基因家族分类和我想要研究的方向不能够完美匹配呢
DAO:你说的是这些亚库嘛?
 
DAO:这个问题不大,图中所有文库的基因列表我都有,你可以看看你的研究方向和哪套库靠的上,然后挑选自己喜欢的基因进行定制。又或者你自己有想要研究的一些基因,可以直接发我,毕竟只要有5个基因就能定制文库了,价格还划算

客户:能定制还蛮不错的,那我来看看能不能凑些基因出来给你
客户:但是定制的规格、产品形式又是什么样的?是不是和成品不一样啊?
DAO:基本是一样的,但是定制更灵活:规格上有0.1, 0.25, 0.5, 1, 2 nmol 5种可选,siRNA你可以选择4条分装的,也可以选择SMARTpool形式的

客户:等等等,什么叫4条分装,SMARTpool又是什么?
DAO:哈哈,讲座没认真听吧,是这样的,每个基因我们会提供4条不同的siRNA,4条分装就是每条siRNA单独放1个孔里,那SMARTpool就是把4条siRNA预混后共同放在1个孔里

客户:那我要怎么选啊?哪种更合适呢?
DAO:做多个基因筛选的话,我是更建议选SMARTpool的,这样你的转染工作量就减少了3/4,而且SMARTpool沉默效果更好,毕竟4条不同的siRNA共同发挥作用,大哥不行还有二哥、三哥和四哥呢(奸笑的表情包)

客户:那沉默效率怎样?有没有做过验证啊?万一效果不好怎么办?
DAO:这个可以放心,所有的siRNA出厂前都有做过验证,而且是有沉默效率保障的,保证每个基因对应的4条siRNA中至少有3条在mRNA水平上有≥75%的沉默效率,如果效果不好,提供阴阳性对照、siRNA的qPCR数据,厂家是会赔付的

客户:OKK,那这个规格我咋选呢,我是想买个0.1nmol的,但是具体能做几次筛选我有点慌?
DAO:和我想到一起去了,如果只是利用文库做一下基因的初筛,那0.1nmol绝对够用了
DAO:关于能做几次筛选,这个取决于你最终转染时siRNA的使用终浓度了。以96孔板筛选,25nM终浓度,每个基因3个复孔为例,大概可以支持个10次筛选左右

客户:这样啊,那0.1nmol确实够用了,筛到以后,我再单独购买大规格的siRNA就是了,没必要筛选的时候就买那么多,不划算
DAO:对的,就是这个意思

客户:行,那我了解了,我现在就去找找基因去,你把泛素化集合相关的基因列表发我,我看看选一些,再把我手头上有的基因列一列,到时发你
DAO:好哒,这是基因列表,请查收
 
客户:谢谢

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