嘉靖四十二年（1563年）八月十七日，朱翊钧出生在裕王府，是朱载篨第三子。朱载篨共有四子，长子朱翊荙（ｙì）、次子朱翊钤（ｑｉáｎ）都早亡，四子朱翊与朱翊钧同为贵妃李氏所生。
朱翊钧的祖父、世宗朱厚趈晚年痴迷道教，相信“二龙不得相见”，因此，他出生以后，没人敢向朱厚趈报告，所以也就没有为他取名字。到隆庆元年（1567年）正月，大臣们上疏请立皇太子，朱载篨才为他取名朱翊钧，并对他说：“赐你名字，名为钧，意为圣王制驭天下，犹如制器之转钧也，意义重大，你当念念不忘。” 隆庆二年，朱翊钧被立为皇太子，入住东宫。朱载篨特别选拔了一批学识丰富的大臣来辅导他读书。李贵妃教子也很严格，朱翊钧稍有懈怠，必遭严厉责罚。 隆庆六年，朱载篨在临终前召来张居正、高拱、高仪三位大臣，临终托孤道：“以全国使先生劳累。”当时朱翊钧也立于病榻旁，司礼监太监冯保宣读了朱载篨写给他的遗诏：“朕即将大去，由你即位。一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，莫使朝政荒怠，以求帝业永保。”六月十日，朱翊钧正式即位，次年改元万历。 朱翊钧即位时，朝廷中最突出的一个问题是大臣之间相互倾轧。根据明穆宗朱载篨的遗诏，朱翊钧依靠顾命大臣高拱及司礼监掌印太监冯保处理军国大事。此前司礼监掌印太监位置空缺时，高拱没有推荐冯保，而推荐了陈洪和孟冲，冯保因此记恨在心，两人之间颇有积怨。朱翊钧登基之后，对他们二人说：“朕方在冲年，尚赖文武亲贤，'共图化理’'与民更始’。” 冯保虽为太监，但知书达理，有相当高的文化素养，深受朱载篨宠信。朱载篨刚去世时，他假借遗诏赶跑了自己的政敌孟冲，做了司礼监掌印太监。与此同时，高拱也很想除掉冯保，他授意工部都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德上书弹劾冯保，双方由此展开了一场政治斗争。张居正表面上附和高拱，暗中却与冯保关系密切，预谋要赶走高拱。 偏偏高拱也得罪过朱翊钧。明穆宗朱载篨驾崩时，高拱看到太子幼弱，痛哭流涕地说：“10岁太子如何治天下！”朱翊钧登基后，冯保将高拱所说的话加以歪曲，改成“高公讲，10岁小孩哪能决事当皇帝”。 这恰恰触犯了“自负付托之重，专行一意，以致内猜外忌”的为臣大戒，朱翊钧遂对高拱产生怨恨，最终将其免职。之后，张居正依序升为内阁首辅，责无旁贷地担起了培养万历皇帝的重任。 张居正上任后，向朱翊钧提出开“日讲”。隆庆六年八月，日讲如期开始；次年二月又增加了“经筵”。 “经筵”和“日讲”是明朝皇帝和文武大臣的一种学习方式，每月逢二举行“经筵”，由翰林院和国子监的人讲解经史，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等全部参加，比较隆重；“日讲”只是讲官和内阁学士的日常讲学，场面简单。当时朱翊钧除了每月三、六、九临朝听政外，其余时间全部由张居正进行日讲，主要学习《大学》《尚书》等。张居正还从尧舜以来皇帝所做的事情中，选出81件值得效仿和学习的，以及36件必须警惕的，汇编成一部《帝鉴图说》，教导朱翊钧治理国家的道理和方法；又让翰林院从历代皇帝实录，以及明太祖《宝训》中选材，汇编成《创业艰难》《励精图治》《勤学》等40本书，以方便朱翊钧学习。在学习期间，张居正对朱翊钧要求十分严格，得到了李太后的极力赞赏。每当朱翊钧不努力学习时，李太后总是说，你再不怎么样，我就告诉张先生，这件事让张先生知道了又该如何，等等，这使朱翊钧从小就对张居正有一种敬畏心理，也为他以后疯狂报复张居正埋下了祸根。 高拱被免职不久，高仪也因病去世，三位辅政大臣只剩下张居正一人。张居正掌管朝政大权，内阁之事则由冯保处理。朱翊钧不仅对张居正十分信任，而且非常尊重，开口必称“张先生”或“元辅先生”，从来不叫他的名字。隆庆六年六月十九日，张居正刚担任首辅没几天，便受到朱翊钧的单独召见。这是他即位后第一次召见大臣，在朝廷中引起了轰动，大臣们既看到了新皇帝治理国家的信心，也感受到了张居正在朝中的威望。 张居正掌权以后，力主改革，得到了朱翊钧的大力支持。 万历元年（1573年），针对官僚作风和文牍主义，张居正主张推行考成法，提出“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，使朝廷机构的办事效率得到了提高。考成法提出，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。对此，朱翊钧说：“事不考成，何由底绩。”其最终目的是彻底改变国家运作机制。根据考成法的规定，内阁负责监控六科，六科负责监控部院，部院负责监控地方抚按，最终使“部权尽归内阁”。六科和部院本来是由皇帝直接管辖，考成法之后则让它们听从内阁指挥，实质上是将一部分皇权转移到内阁，这不符合明朝的祖宗旧制。 张居正 万历六年（1578年）十一月，朱翊钧开始对经济领域进行改革，改革以福建行省为试点：一是清丈田亩，二是推广“一条鞭法”。所谓一条鞭法，是指将农民的徭役赋税进行简化的政策，主要包括三项内容：一是把田赋和徭役、杂税合并统一征收；二是把徭役部分摊丁入亩，即把“人头税”摊入田赋征收；三是田赋、徭役合为一条后，一律征银，其中，田赋除朝廷必需的米、麦以实物征收外，其余折算为白银，徭役则一律实行银差，这样就使货币在赋税征收中占据了主导地位。 万历八年（1580年）九月，改革在福建试点成功后，朱翊钧和张居正又将改革成果推广到全国。户部根据皇帝的旨意，针对清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了8项规定。同年十一月，这些规定下发到了各地。到万历十年（1582年）十二月，全国各地如期完成，总计查出新增土地140余万顷。推广“一条鞭法”，是当时经济改革的一个重要举措。 张居正去世后，朱翊钧开始通过向各地征收矿税银的方式来增加国库收入。在此之前，国库的主要收入为金花银，即依靠南直隶地区的田赋。户部专管内库的收支，并对皇帝的使用进行监督和管理。矿税银除了补贴内帑用于宫廷膳食以外，更多的则用于国家开支，尤其是边防支出。 在推动经济、政治改革的同时，朱翊钧也没有忘记教育，他要求吏部严格任命提学官。基于此，张居正提出了选用提学官和整顿学校的18个方案，写成《请申旧章饬学政以振兴人才疏》呈送朱翊钧。朱翊钧看后，说“深切时弊”，当即下令“各官着实遵行”，之后大量裁减各府、州、县的学校的人数。但这样做却起到了倒行逆施的作用，因为明代人口急剧增长，学校本来应该随之增加，但按照新的规定，学校和学生反而减少，与社会的发展背道而驰，这对于那些一心想通过科举改变命运的学子是个很大的打击。因此，这次教育改革并未获得成功，张居正本人也因此付出了相当沉重的代价，天下士人无不责怨，指他是“千虑一失，在汰郡县诸生”。 总的来说，从万历元年至万历十年，是朱翊钧执政时国家最繁荣的时期，“海内肃清，边境安全”，国家粮仓里的存粮可供10年支用，国库里积存的白银有400万两之多，这一切都是张居正的功劳。对此，朱翊钧由衷地称赞说：“先生公忠为国，所用的人没有不当。” 自担任首辅以来，张居正工作十分认真，从万历九年（1581年）到万历十年，尽管他身体健康不佳，但却没有请过一天假。万历十年二月，张居正旧病复发，身体日渐衰弱。朱翊钧十分忧心，多次派御医前去诊治，始终不见效果。张居正也知道自己“精力已竭”“不过行尸肉而已”，于六月去世。朱翊钧悲痛万分，下诏罢朝数日，以表哀悼，同时封张居正为上柱国，赐谥号文忠公，由四品京卿、锦衣卫堂官、司礼太监等人护送其灵柩回江陵安葬。朱翊钧如此高规格地对待恩师的后事，在明朝历史上是绝无仅有的。然而，出乎意料的是，张居正去世没多久，朱翊钧突然态度大变，对张居正进行疯狂报复。 事情还要从冯保说起。早些年，高拱被太监冯保构陷，惹怒了朱翊钧，不得已辞职回乡。高拱走后，张居正接任内阁首辅，而冯保则掌管了著名的情报机构——东厂。高拱回乡后一直忿忿不平，临终前写下《病榻遗言》，托人转交朱翊钧，书中揭露了冯保和张居正早年相互勾结，将自己排挤出朝廷的真相。朱翊钧看到这本书后，数年来对张居正的不满情绪终于找到了一个发泄的出口。而冯保曾将朱翊钧最宠信的宦官张诚赶出宫去，朱翊钧对此一直耿耿于怀。张诚向朱翊钧辞别时，受朱翊钧所托探明冯保、张居正二人的劣迹。冯保一向作福作威，而张居正为人虽然能干，政务上也很有建树，但是缺点也很明显，比如专权树党、收受贿赂，甚至侵吞国财等。张居正死后，张诚重新进宫，将自己掌握的情况一一告诉朱翊钧，朱翊钧一怒之下将冯保赶出宫，并查抄其私宅，查出冯保数年来贪赃枉法，积累了100多万两金银以及无数珍宝。 万历十一年（1583年）三月，朱翊钧开始对张居正进行清算，先是下令追回张居正上柱国、太师荣衔，接着又下令追夺文忠公谥。张居正的两个儿子也被革去官职。负责抄家的钦差还未出发，朱翊钧便先派人到荆州，将张家的人集中看管。待钦差赶到江陵，张家已有10多人被饿死。而查得的资产也远没有朱翊钧想象的那么多，计有黄金1万余两、白银10多万两。这点东西显然无法向皇帝交差，钦差便将张居正长子、礼部主事张敬修抓起来，严刑拷问，张敬修受刑不过，只得胡编乱造，说还有30万两银子分别放在亲朋好友家中，结果亲友无辜受到牵连，弄得家破人亡。最后，张敬修投河自尽，其弟张懋修两次自杀未遂，震惊朝野。经申时行、潘季驯等内阁和六部大臣多次求情，朱翊钧才下诏留空宅1所、田10顷，赡养张居正年迈的母亲。 朱翊钧继位之初，为了让他有更多的时间读书，张居正特意对早朝仪式做了一些改动，即一旬之中每逢三、六、九早朝，其他日子则免朝。张居正去世后，朱翊钧便开始怠政，免朝的日子越来越多，而且日渐奢靡，沉迷酒色，脾气也变得十分暴躁，后宫美女多达几千人，被他酒后杖毙的宫女数不胜数。 
朱翊钧懒政的程度明朝皇帝无人能及，大臣们的奏章递到他面前，他却看也不看一眼，还下令停止日讲，早朝不上。有个大臣实在看不过去，好心劝说，竟被削职为民。朱翊钧不理早朝，所有大臣的奏章和自己的批示都交给太监传递。从万历十八年（1590年）到万历四十三年（1615年），这20多年间，朱翊钧没有上过一次早朝，只有过一次召见群臣。 万历十一年（1583年），朝廷和地方严重缺员，中央九卿要员空缺了一半之多，有的衙署一个人也没有，全国半数以上的府没有知府官员。而新科文武进士以及教职数千人则闲置在京城无法就职。因为衙门缺少主事官，案子无法审理，犯人只能长时间地关在监狱里。 朱翊钧自己挥霍无度，自然也就大肆敛财。他迫使官吏“进奉”，以进奉多少作为衡量对皇帝效忠与否的标准。然而这个方法仍无法满足他的花销，他又抽调大量太监，到全国各地充当“矿监”或“税使”，搜刮民财，被称为“采榷之祸”。为了让这些太监尽情地搜刮，朱翊钧赋予他们节制有司、专折密奏的特权。这些太监就像是皇帝的忠实鹰犬，与当地的土豪劣绅、流氓恶棍相互勾结，欺男霸女，巧取豪夺，老百姓怨声载道。一旦有官员得罪他们，他们便向朱翊钧密奏，被告者往往被逮捕入狱，甚至被折磨而死。地方官吏为了将这些瘟神早日送走，小心翼翼地侍候他们。然而，朱翊钧为了方便自己长期搜刮民财，又在全国各地设立“中使衙门”20多处。因此，后人评价朱翊钧时，称其为前无古人的奇贪。 万历三十年（1602年）二月，太子朱常洛刚刚举行完大婚典礼，朱翊钧突发重病，他预感到自己离死期不远了，一时良心发现，有意在临死之前弥补自己之前犯下的错误，于是对左右说：“朕因为宫殿建筑迟迟未了，所以才制定了矿税，现在可与江南织造、江西陶器一起停止，让内监们都回京复命，关押的罪犯也都放了吧。因上疏而削职的官员可让他们官复原职，给事中、各衙门缺官的，该补的全部补上。”大臣们听了都感到十分欣慰。然而没过多久，朱翊钧病体恢复，又出尔反尔，恢复采榷。 朱翊钧共有8个儿子，长子朱常洛是恭妃王氏所生。王氏之前是朱翊钧生母李太后宫中的宫女，被朱翊钧临幸，生下了朱常洛。李太后疼惜这个长孙，便让朱翊钧给王氏一个名分。朱翊钧本来不想认这个儿子，但因为起居注中有明确记载，他不得已封王氏为才人，后来又封她为恭妃。而朱翊钧真正宠爱的是郑氏，郑氏14岁就被封贵妃，她聪明美貌、为人机警，敢于毫无顾忌地挑逗、嘲笑朱翊钧，也能倾听朱翊钧诉苦，一共生了两个孩子（其中一子夭折），其中朱常洵最为朱翊钧所喜爱，被封为福王。朱翊钧有意册立福王为太子，但是，在皇后没有生育的情况下，按规定“无嫡立长”，应该册立朱常洛为太子。但朱翊钧不喜欢朱常洛，便不顾祖宗礼法，欲强行立朱常洵为太子。这一决定引起了李太后和一些大臣的反对，朱翊钧只好借口待皇后生子再议，一拖再拖。 但是，文武百官总担心出现什么变故，于是一再请求早立太子，郑贵妃也不断地劝说朱翊钧。转眼间，朱常洛已经10岁了，因为没有身份，所以无法就学读书。其间，朱翊钧还处分了一批支持立朱常洛为太子的大臣。然而，东林党人也支持立朱常洛为太子，这让朱翊钧十分为难。万历二十九年（1601年）十月，朱常洛已经20岁了，朱翊钧见无法再拖下去，只好违心地册立他为太子。朱常洵则被封为福王，封地在洛阳。至此，这场持续15年的立储之争终于宣告结束。 不过，因立储而引发的党争则一发不可收拾，使得朝廷混乱不堪，明朝的政治危机也日益加重。在这次国本之争中，大臣们逐渐分化为两派：一派为保守势力，人数众多，打着维护礼法的口号，坚决要求册立皇长子为太子；另一派为革新派，主张“废长立爱”。保守派以吏部文选郎中顾宪成为代表，他屡次触犯朱翊钧，最终被削职为民。顾宪成回到老家后，重新修整了无锡城东荒废的宋代讲学之地东林书院，召集与自己情趣相投的博学之士开设讲堂，吸引了一批被罢官免职的士大夫。 他们借助东林书院表达自己的政治主张，对时政进行议论和抨击。他们的主张获得许多政见相同的商人、知识分子，甚至地主士绅的支持，还获得许多朝中官僚的支持。慢慢地，东林书院成了一个舆论中心，顾宪成等人也形成了一个政治派别，时人称之为东林党。朝中首辅沈一贯是浙江宁波人，他处事老练，城府极深，为了与东林党抗衡，他联合浙江籍京官，组成“浙党”。两股势力水火不相容，他们的争斗也随着政治危机的加深而越来越激烈。 东林党和浙党斗争最激烈的要数“京察”问题。“京察”是当时朝廷考察京官政绩的制度，每6年进行一次，被考核的官员有功则奖、有过则罚，凡因此罢官的永不录用。所以，两派势力都将“京察”当作打击对方的手段。万历三十三年（1605年），轮到东林党人都御史温纯、吏部侍郎杨时乔负责“京察”，他们利用这次机会，将浙党官员钱梦皋、钟兆斗等贬出京城。沈一贯非常愤怒，扣押“京察”的奏疏，同时向朱翊钧上书弹劾温纯、杨时乔及其同党。到万历三十九年（1611年），轮到浙党主持南京的“京察”，他们采取报复措施，大肆驱逐东林党人。朱翊钧对此视若无睹，相关的奏书也大半“留中”，听任有关机构自行处置。 万历四十三年（1615年），又发生了与国本之争有关的梃击案。按说朱常洵被封为福王后，当年应该离开京城，到属地洛阳就任。但在郑贵妃的庇护下，他迟迟没有离京，总想找机会翻身。太子朱常洛的地位因此变得很不稳固，双方明争暗斗，终于爆发了明朝最严重的宫廷仇杀事件——梃击案。为了让儿子能够当上太子，郑贵妃指使爪牙张差手持木棍，闯入朱常洛的寝宫，打伤守门太监，欲刺杀太子，结果被太子内侍韩本用抓获。在严刑拷问之下，张差供出是受郑贵妃手下太监庞保、刘成指使。 陆梦龙奉命彻查此案，他下令逮捕庞保、刘成等人严刑审讯，证实了张差的供词。但是，庞保和刘成只不过是太监，如果没有人指使，是不敢加害太子的。因为他们是郑贵妃身边的内侍，所以大臣们都怀疑幕后指使者是郑贵妃。王志、何士晋、张问达上书弹劾外戚郑国泰“专擅”。郑贵妃担心被朱翊钧治罪，十分恐慌，跑去向朱翊钧哭诉委屈。 朱翊钧说：“现在群臣激愤，我也不便为你讲情，你还是去和太子商量一下吧。”朱常洛听出了父亲话中的意味，知道再追究下去将对自己不利，遂改变态度说：“既然这件事是张差一人所为，就让他一个人承担就行了，让刑部尽快结案，不要再牵连其他人了。”此话正中朱翊钧下怀，他转怒为喜，连连称赞道：“还是太子明白事理！”于是下令刑部将张差以疯癫奸徒罪处以凌迟。参与此案的马三道等人也被发配新疆。 刘成、庞保暂时没有被追究责任，不久，刑部、都察院、大理寺三部门再度提审他们二人，但因为死无对证，他们便暗中与郑贵妃串供，矢口否认此事。后来，朱翊钧觉得继续追究下去会对郑贵妃不利，便派人暗中将刘成、庞保处死。这样一来，全案彻底断了线索，轰动一时的梃击案就这样不了了之。 万历后期，政治越来越腐败，朱翊钧横征暴敛、挥霍无度，加上天灾不断，老百姓的生活日益困顿，陷入水深火热之中：山东临清、湖广武昌先后发生税官被百姓驱逐，税署被烧的暴力事件；江南税使孙隆被当地百姓赶跑，为明末最有组织也最有声势的一次反矿监税事件。同一时间，江西上饶、景德镇，云南腾越，福建漳州等多地都爆发了农民运动。告急文书如雪片般传到京城，却无一例外地被朱翊钧搁置一旁，不闻不问。 内陆暴乱不止，北部边境又受到威胁，努尔哈赤统一了女真大部分部落后，在赫图阿拉称汗，建立后金政权，开始觊觎中原地区。万历四十六年（1618年），为报杀祖杀父之仇，努尔哈赤告天伐明，宣布朱翊钧七大罪。四月二十一日，他统领大军攻克抚顺，边关告急文书一天数十次传入皇宫，朱翊钧这才预感到大事不妙，急忙下令兵部调派9万人马，加上朝鲜兵13万人，对外宣称47万，由辽东经略杨镐指挥，浩浩荡荡地向北开进。然而，户部的军需却跟不上，缺口达数百万两白银。八月，户部尚书李汝华奏请增加赋税，短短一个月时间，朱翊钧就下令全国追加田赋，3年连着增加3次，累计每亩净增9厘，每年增加数额为520余万两。农民们交不起赋税，田地被夺，失去了赖以生存的基础，山东、河南因此接连爆发农民起义。 万历四十七年（1619年）二月底，经户部努力，终于筹到了一部分军粮送到前线。在杨镐的指挥下，明军兵分四路向努尔哈赤发起进攻。由于轻敌冒进，明军反被努尔哈赤包围，伤亡多达46万多人，折损将官300多人，这就是历史上著名的“萨尔浒之战”。此战使明军受到了严重打击，力量衰弱，由进攻转入防御阶段。此后，努尔哈赤又集结大军驰骋于辽东大地，所向披靡，严重威胁大明江山。 明军在萨尔浒惨败后，本来身体就虚弱不堪的朱翊钧想到祖宗的基业将在自己手中毁掉，万念俱灰，以致旧病复发，卧床不起。万历四十八年（1620年）三月，他的病情突然加重，于七月二十一日驾崩。
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