第一是温和地释放细胞内蛋白：细胞裂解必须采用温和的裂解条件，而不能破坏细胞内存在的所有蛋白质-蛋白质相互作用，一般多采用非离子变性剂如终浓度为1%的NP-40、或者破膜剂TritonX-100。 第二是保证释放出的蛋白不被蛋白酶分解：实验过程中要防止蛋白酶对蛋白质的降解。Western Blot实验时，我们会加入蛋白酶和蛋白磷酸酶抑制剂。Co-IP实验时，同样需要加入蛋白酶抑制剂并且现用现配，例如PMSF在溶液中30分钟即开始变性失效。 第三是实验过程保持低温：蛋白在高温条件下或发生蛋白降解，因此实验过程需保持低温，在冰上进行。
1.使用同型IGg抗体作为阴性对照,保证加入的抗体本身不会形成共沉淀，排除非特异性蛋白的干扰。 2.设置一个阳性对照组(Input 组)，Input 组为直接利用抗体X对细胞裂解液进行 WB 检测，验证细胞裂解液中存在蛋白 X。 3.保证在不表达目标抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀。 4.保证加入的抗体只结合目标抗原（抗原-抗体强特异性）。 5.需要确定蛋白间的相互作用是发生在活的细胞中，而不是由于细胞膜溶解后才发生的。也就是不加入裂解液，仅仅加入了抗体，不会形成免疫共沉淀蛋白复合物。
实验对照设置 
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