【原】MetaCyc、KEGG傻傻分不清？

今天小编从以下三点给大家唠一唠：MetaCyc数据库介绍、与KEGG比较、使用方法。

一

MetaCyc数据库介绍

MetaCyc全称Metabolic Pathways From all Domains of Life，属于BioCyc子数据库，BioCyc是一个专注于代谢通路的高质量数据库。MetaCyc是一个非冗余的、具有经过实验阐明的代谢途径和酶的数据库。

● 包含来自3349种不同生物体的3006个途径；

●含有涉及初级和次级代谢以及相关的18124个代谢物，相关反应，酶和基因的途径；

●可以预测测序基因组中的代谢途径；

●可以外部链接到包含蛋白和核酸测序数据、文献数据和蛋白质结构等其他生物学数据库。

是不是和KEGG比较像，一起来看一下两者的区别吧！

二

MetaCyc与KEGG比较

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代谢物方面

相较于KEGG，MetaCyc提供的代谢物的信息更多，包括基础的物质信息、物质的化学性质（如：油水分配系数、拓扑极性表面积、标准吉布斯自由能等）。

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通路方面

KEGG在通路方面的检索方式更简单一些，通过通路名称或一个代谢物即可检索到相关的通路，而MetaCyc除了通路名称外，还需要提供通路中包含的4个底物才能检索到对应的通路；另外，在通路的完整度上，KEGG中更加注重的是在所有物种中的通路汇总到一张图上，而MetaCyc更加注重的是不同物种中通路的差异化。KEGG的通路会覆盖的更全一些，而MetaCyc相对会少一些，但是MetaCyc可以补充部分KEGG通路上不全的部分，因此KEGG与MetaCyc可以相互补充，达到相得益彰的效果。

三

MetaCyc数据库使用

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页面展示

打开官网链接https:///，首页如下。

点击“Tools” 检索的内容包括：基因、蛋白质、RNA、代谢物、反应、通路、生长介质等。

点击“Sites”选项，出现Biocyc以及其他子数据库链接。（MetaCyc是BioCyc的一个子数据库）

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Search Compounds——代谢物检索

点击“Search Compounds”进入MetaCyc代谢物检索页面，可以使用8种方式检索代谢物的检索：代谢物名称、代谢物本体、代谢物同位素质量、代谢物分子质量、代谢物的简化分子线性输入规范码、代谢物的InChI、代谢物的 InChI key。

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Search Pathway——通路检索

点击“Search Pathway”进入到具体检索的页面，有9种检索方式：通路名称、通路本体、反应编号、通路底物、证据编码、物种、物种分类、基因工程或者自然存在、文献。

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