数据集是:https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE220243 很容易整理它们后读取,常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看 :链接: https://pan.baidu.com/s/1bIBG9RciAzDhkTKKA7hEfQ?pwd=y4eh ,基本上大家只需要读入表达量矩阵文件到r里面就可以使用Seurat包做全部的流程。 可以看到,里面的14和16是免疫细胞,分别是髓系和淋巴系。而12和15是间质细胞,分别是周细胞和内皮细胞。但是17和18是双细胞,这个需要去看qc图里面的它们的文库大小去确定啦。 如果我们去看这些细胞的分布情况, 无论是免疫细胞还是间质细胞,它们几乎是并不在软骨(cartilage)里面存在,仅仅是在半月板(meniscus)里面有!当然了,半月板里面的也是软骨细胞居多啦。 这两种组织有什么区别呢?软骨(cartilage)和半月板(meniscus)是两种不同的组织,它们在结构、功能和位置方面存在一些区别:
了解这些区别有助于我们更好地理解这些组织在人体中的作用以及它们在受伤时的修复机制。 其它软骨(cartilage)的单细胞数据集在GEO可以看到GSE104782和GSE169454也是取样了软骨(cartilage)后做单细胞转录组, 如果我们下载它们的表达量矩阵文件后走降维聚类分群也是几乎全部是软骨细胞本身。也就是说,因为样品本身的特殊性,导致天然就纯化了目标单细胞亚群。如果是做其它研究的小伙伴,通常是会选择流式细胞仪(Flow Cytometry)这种技术,来纯化特定单细胞亚群。但是流式细胞筛选并不能保证百分百的效率哦,甚至说有时候都达不到50%,后面我们来举例说明哦。 |
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