孝宗统治时期，大学士李东阳曾在其上疏中说，民间的情况，郡县已不知道；郡县的情况，朝廷也不知道；而朝廷的情况，皇帝同样不知道。可见，在明朝的“绝对皇权”之下，整个官僚系统获得信息的方式，肯定是出了问题。在这种状态中，要对种种制度上的弊害进行改革，就会遇到种种因信息不灵而带来的困难。而其中最重要的问题，就是皇帝本人因为信息阻隔，难以成为改革的发动者。所以，自仁宗、宣宗以来，明朝的“祖宗法制”尽管已是漏洞百出，却也只好眼看着它积弊越来越深。但是，到了明朝万历初年，由于一些偶然因素的凑集，终于出现了张居正的改革。
张居正及其改革
皇帝因为信息阻隔，而难以成为改革发动者的一个关键因素，就是宦官专权。但是，到了武宗去世时，这一问题就出现了转机。武宗是个极其荒唐的皇帝，但临死时却极其清醒。他请司礼监的宦官转告太后，说国家的事情很重要，要与内阁大学士共同商议；过去的事情，责任都在自己，跟宦官并没有什么关系。显然，武宗对明朝的宦官问题是看得很透的。作为宫奴，如果不是皇帝的怂恿，这些人其实什么事也做不成。至于内阁大学士，虽然身为家臣，但毕竟是皇帝控制整个官僚集团的一个中介；其成员也都来自于官僚集团。
当武宗去世，又没有留下子嗣，而新皇帝尚待“议立”时，盘踞宫内的宦官已然是群龙无首。武宗尸骨未寒，太监张永、谷大用等人跑到内阁，找大学士杨廷和商量拥立新君。这位内阁首辅很不客气地对他们说，皇位的继承人，按照明朝祖训的规矩，应为武宗的从弟朱厚熜，不需要再商议了。这个朱厚熜，就是后来的明世宗。
皇位的短暂的空缺，似乎使内阁突然具有了超乎寻常的作用。首先，杨廷和立朱厚熜为帝的建议，马上得到了住在宫里的太后的支持。而更为重要的是，从武宗去世，到朱厚熜离开封地入京登基，中间有三十七日的皇位空缺。正是在这三十七天里，首辅杨廷和竟破天荒地总揽了朝政。等到朱厚熜入京，杨廷和为他起草登基诏，将武宗时的弊政都宣布废除了。其时，文书房的宦官找到杨廷和，说诏书有几处写得不合适，要删。杨廷和怒斥道：“过去有什么事不合你们的意，你们动不动就说是皇帝要如何如何。现在又要删改诏书，难道也是新皇帝的意思？那就等我们上朝祝贺新皇帝登基时当面奏请，还要问清楚究竟是谁要删改诏书！”这一次，又是杨廷和胜利了。
杨廷和利用皇帝的暂时缺位，轻而易举地就抑制住了宦官的势力。而世宗皇帝在位四十五年，也始终压制宦官的势力。这样，自然而然，内阁的权力变得越来越重要了；而内阁首辅大学士的权力，则变得尤其重要；次辅及其他辅臣，都必须唯首辅之命是从。也正因为如此，整个世宗统治时期，阁臣们为了能占据首辅之地位，借着各种各样的理由，在内阁中展开了激烈的争斗。
世宗本人，虽然在登基之初锐意求治，但他的兴趣，很快就转向尊崇自己的生身父母。为了使他们同样具有皇帝、皇后的名号，享受与先朝皇帝、皇后生前死后同样的礼仪，世宗不知道用了多少心思。除此之外，世宗还爱好方术，又大兴土木。显而易见，世宗也不是那种能够成为改革发动者的角色。
世宗死后，他的儿子朱载垕继位，是为穆宗。这是一个怠于政事，又非常喜欢挥霍的皇帝。但在位仅六年，就一命呜呼了。继承皇位的，是他九岁的儿子朱翊钧，明史上称为神宗。穆宗去世之前，首辅是高拱。但穆宗一死，在司礼监掌印太监冯保的帮助下，高拱的首辅地位，很快就被张居正取而代之了。
冯保对高拱是恨之入骨的。世宗一朝，重要的宦官职位，一般都由内阁首辅推荐。穆宗时，宦官的势力重新抬头，但这个老习惯并没有改变。高拱为首辅，先后推荐过陈洪、孟冲任司礼监掌印太监，却把当时任秉笔太监的冯保扔在一边。冯保为此愤愤不平，而与张居正勾结。当穆宗危在旦夕，张居正封一密函，交内阁一名吏员暗送冯保。高拱发觉后，马上亲自去追，但为时已晚，只好眼看着那名吏员进了内宫。高拱大怒，问张居正究竟有什么事，非要密封了传给宦官。张居正满脸尴尬，只好连连干笑。当天，穆宗驾崩，遗诏以冯保取代孟冲为司礼监掌印太 监。
张居正是个权势欲望很强的人，而且精明过人，只不过他也很有事业心。他勾结冯保，用阴谋取得了首辅的地位。但身为首辅，他更希望能做出一番事业，来重振衰颓的明朝。那时，神宗还是个娃娃，是很容易操控的；他与冯保的特殊关系，可以保证他的“票拟”，能顺利地“批红”。这样，他要做什么，都可以是“圣旨”。正是在这样一种特殊的背景下，首辅大学士张居正，终于得以成为改革的发动者。
张居正的改革，主要有以下几个方面：
一、整顿吏治 对于明朝吏治的败坏，张居正有许多感慨。在他看来，那时官场的作风是很糟糕的。沽名钓誉、上下讨好、攻击异己、敷衍塞责、不恤百姓、贪污受贿。不过，他最关心的，是官场中的有法不依和有令不行的痼疾。他形容当时官场上的上下级关系，无非是“姑口烦而妇耳顽”。意思是说，婆婆（姑）唠叨了半天，儿媳（妇）却充耳不闻。为此，他下令对官员实行“考成法”。所谓“考成”，就是对官员的政绩进行实际考核。针对向来立法容易行法难的问题，张居正提出要使“法之必行”，“言之必效”。而他制定的考核官员优劣的标准是：施政不骚扰百姓，并使百姓感到方便的，是为优等；办事沿袭旧套，专做表面文章的，虽然有好名声，也要列为下等。他要求将此考核标准逐级落实，决不许虚与应付。为此，他还建立了随事考核的制度。即朝廷各衙门之间，凡公文往来，除了日常事务外，一律立案存档；问题处理完毕，必须履行注销手续；凡拖延、欺隐者，可逐级举报。考成法的实行，其重点在于提高办公效率。据说，自从实行了考成法，官员们凡事都不敢文过饰非，朝廷的政令因而能迅速、有效地执行。但是，对于当时官场上的其他问题，张居正并没有花大力气去解决。
二、整顿军备 早在最初进入内阁时，张居正就对明朝的北部边防尤为重视。等到他位居首辅，为了重整军备，他更是全力支持正在蓟镇任总兵的戚继光。为了使戚继光能够独掌蓟镇军事，并训练出独特的战斗部队，他把蓟州辖内的其他高级将领都调到别的地方。后来，凡是跟戚继光为难的文官，也都被调离蓟镇。张居正唯一的希望，就是戚继光能为重振明朝军备，找出一套好的办法。为此，他还给予蓟镇优厚的财政支持，让戚继光能配备足够的马匹、火器和战车，以训练新型的战斗部队和新的战术。不过，戚继光在蓟镇所做的一切，当时都还只具有防御蒙古俺达部进犯的意义。而实际上，俺达在穆宗时，已经与明朝修好。但是，在辽东方面，蒙古的小王子部落，也常常进犯明朝的边境。张居正起用李成梁镇守辽东。李成梁也是个能征善战的将军，屡屡击败小王子的骑兵。
通过张居正对戚继光和李成梁的支持，明朝的北部“边境晏然”。
三、整顿学校 为了培养人才，张居正又对明朝的学校进行了改革。他的做法是对府、州、县学的生员，严格考核制度，凡学业荒疏，又不堪造就者，一律给予辞退；对于童生考生员，必须三场考试全部通过，而且有严格的名额限制：大府不得超过二十人，大州、县不得超过十五人。既然把学校视为培养人才的地方，张居正责成吏部谨慎选择主管考试和督学的提学官，把那些品行不良，学问又差的提学官撤掉。同样，他还命令把那些精神倦怠、学行不能为人师表的儒学教官，从学校中清除出去。
四、整顿财政 为了解决嘉靖、隆庆以来严重的财政危机，张居正对明朝的财政，进行了大规模的整顿，目标是均平赋役，简化税则。首先，张居正下令对全国的土地占有状况进行清查。据史书上说，这次为期三年的土地清查，共计查实了七亿一千三百多万亩土地的占有状况。正因为清查了这么多土地，张居正才能在全国范围内，推行“一条鞭”法：将原来法定的赋税和徭役，以及各种各样的杂税杂役，统统归并在一起，总计为银两，然后均摊于经过清丈的田亩之中。但是，在具体的执行中，仍有不少地方，将“一条鞭”部分按人丁征收。
清算张居正
上述张居正的改革，真正做得成功的，只是在财政方面。比如清查田亩这件事，尽管有人指出，由于实行了考成法，一些地方官为了出政绩，将丈量田亩的弓尺缩小，使丈量出现“虚额”。但无论如何，这是一件了不起的事。自古以来，中国的统治者都想实现“履亩而税”，但真要做起来，就退缩不前了。
隋唐以前，豪强的势力很大，土地清查的阻力重重，履亩而税只是一种美好的愿望。如东汉的时候，皇帝就曾下令“度田”，要清查民间的土地占有状况。可那时候，大量的土地都掌握在豪强地主手里，他们在地方上又有很大的势力，谁敢去清查他们的土地呢？结果是只清查小民百姓的土地，造成了严重的“度田不实”。有十几个郡太守，就因为度田不实，被朝廷杀掉了。朝廷严肃法纪，地方上当然只好动真格。结果是地方豪强起来造反，有的地方，连郡县的长官都被杀掉了，度田的事也只好草草收场。
隋唐以降，豪强的势力大大减弱。但是，有官僚身份的地主，仍可以利用手中的权力，与乡官、胥吏勾结，隐占大量土地；而那些没有官僚身份的地主，则通过贿赂乡官和胥吏隐占土地。这样的土地隐占，像过去那种“田连阡陌”的现象减少了，都是东一块西一块的，隐占的手段却十分隐蔽，清查起来非常困难，而且极易引起纠纷。比如，张三的地，私下卖给了李四；张三又不知跑到哪里，买了谁的地在种。又比如，田主名义上把地卖给了别人，其实还是自己在种。实际的情况，还要比这复杂得多。然而，尽管面临的情况纷繁复杂，在张居正的主持下，这样大规模的全国范围内的土地占有状况清查，却在三年之中就完成了。据史书上说，张居正当时设计的丈量方法很周全，立法又严，州县胥吏便不敢再与地方上的“强宗豪民”勾结作弊。此亦足见张居正确实有了不起的经世才能。至于一条鞭法，它的好处在于简化了税则，算不上是什么了不起的事情。而它的落实，是以土地占有状况的清查为前提的。至于规定一概计亩征银，恐怕只会加剧当时的银荒。
从土地清查的成功，我们甚至也可以认为，张居正对吏治的整顿，确实提高了明朝官僚机构的工作效率。但是，这样的效率仅仅是一时的，而且也并非全都来自于对吏治的整顿。明朝自从废除了丞相制度，它的官僚系统，根本就缺少一个强有力的权力中枢；信息不灵，指挥不力，运作迟缓。要改造这样一个文官系统，不仅张居正力不从心，即便是皇帝本人，在“祖宗法制”面前，照样也无可奈何。对此，张居正看得很清楚。于是，他尽力拉拢冯保，以保证自己的命令能通过司礼监，而成为“圣旨”。此外，他还以任用亲信来推动自己的改革。如他曾经任用亲信张瀚掌管吏部；又通过张瀚，把朝廷的重要任免权，都控制在自己的手里。他甚至还利用亲信控制舆论，唆使监察官弹劾胆敢公然反对他的官员。总而言之，张居正充分地利用自己的政治优势，以形成对明朝官僚系统的强大压力。正是在这样的压力下，明朝的官僚系统，在某些具体政策的实施方面，变得有效率了。
在军事方面，张居正的所作所为，真正称得上是改革的，无非只是借重戚继光一人、蓟镇一地，在财政上给予特殊的支持。对卫所制度，因为它涉及到明朝军事制度的根本，是明朝的“祖宗法制”，张居正就不敢动了。卫所制度不废除，明朝想要重振军备，就必须另辟军费来源。而实际的情况是，明朝当时并不具备这样的财政能力。
在学校的问题上，张居正的作为，真正具有改革意义的，恐怕连一件也举不出来。他所希望做到的事，用我们今天的话来说，无非是提高教学质量，严格考试制度。然而，不改变当时重科举而轻学校的做法，又怎么可能提高教学质量，考试再严格又能有什么用呢？
公元1582年，即万历十年，张居正去世了，享年五十七岁。他死后不久，就遭到了严厉的清算。在他的所有罪名中，说他“假丈量田地，骚动海内”一条，至今读来仍让人心寒。做这件事，张居正是抱定了“苟利国家，生死以之”的决心的。但现在说他这么做，竟是包藏着扰乱天下的祸心。真是没有比这更颠倒黑白的了。
但是，按照明朝的祖宗法制，张居正确实罪不可赦。万历皇帝从九岁起，就一直生活在张居正的阴影之下。一次，他因为读错了《论语》中的一个字，竟然被他的“张先生”厉声纠正，弄得一阵心惊，而在旁侍读的大臣，也都一个个大惊失色。万历皇帝已长到了十九岁，张居正甚至还垄断着朝政不肯放手。就在临死前的三个月，那时，他已病得不能去内阁办公了，却还奏请万历皇帝批准他在家里“票拟”。他的精力越来越差，内阁送来的奏折总是看不完，却还是不肯交给内阁其他辅臣。
在万历皇帝看来，张居正还是冯保的后台。对于这个终日陪伴在自己身边的“大伴”冯保，万历皇帝始终感到芒刺在背。每一次，他有什么出格的行为，都会马上传到严厉的太后那里。万历皇帝当然不会忘记，自己十七岁那年，因为行为不检点，被冯保又一次告了状。结果不仅遭到太后的痛斥，还被迫跪在地上，达几个小时之久。事后，冯保竟然让张居正为他起草了一份罪己诏。在万历皇帝看来，由张居正起草的这份罪己诏，其遣辞造句，无非是对皇帝的尊严和圣明的贬损。更让万历皇帝耿耿于怀的是，从来交由内阁“票拟”的奏折，其处理意见都是冯保授意的，内阁“票拟”上的“批红”，也都是冯保的主意。这难道还不能作为张居正与冯保勾结的证据吗？所以，给张居正安上“专权乱政，罔上负恩，谋国不忠”的罪名，在万历皇帝看来，是再合适也不过了。在万历皇帝的支持下，长期以来处于张居正高压下的官僚们，当然要对张居正进行报复。所有的罪名，他们都精心地为张居正罗织好了，过去一切追随张居正的人，都遭到了贬逐。甚至连镇守蓟门的戚继光，都被贬到广东。而镇守辽东的李成梁，则被人说成是“饰功”。有人上书为李成梁辩护，舆论马上就说那人是张居正和李成梁的同党。有的人还试图掀起更大的案子，说曾经有考官以舜禹禅让为题出考卷，明显是在为张居正篡夺皇位制造舆论。
那时的情形，真是糟透了。那些曾经反对过张居正的人，都一个个自以为是，信口开河。谁反对他们，那就一定是张居正的同党，是要“蔽塞言路”。内阁辅臣许国对此曾愤怒地说道：过去专横恣肆的都是权贵，现在专横恣肆的却是职位较低的官僚；过去颠倒是非的都是些小人，现在颠倒是非的却是君子；君子们曾经出于一时的义愤，偶尔做对了一二件事，就以为自己是难得的有高尚品格的人，专门去鼓动那些浮躁浅薄的好事之徒，党同伐异，欺瞒皇帝以逞其私；这样的风气决不可鼓励。
对张居正的清算是严厉的。在清算过程中，儿子张敬修不堪逼迫，自缢身亡。清查的结果，张家诸子兄弟所藏，共黄金一万两，白银十余万两。因为这个数字远不符合原先的估计，在“追赃”时，儿子张懋修又“自诬”有三十万两银子分藏于张居正的一些亲信家。之后，张居正的弟弟和两个儿子，都被流放远方。当时，张家老小已面临被扫地出门的境地。亏得首辅申时行和刑部尚书潘季驯等人上言，说张居正虽然咎由自取，但希望皇帝能给他的八十岁老母和子孙一条活路，万历皇帝才动了恻隐之心，允许给张家空宅一区、田十顷。不过，又有人攻击申时行和潘季驯是张居正的余党。于是，申时行受到了万历皇帝温和的警告，潘季驯则被革职为民。
张居正任首辅十年，史书上说，那时天下安定，边境无战事，太仓积储的粮食可供几年之用，仅隶属于兵部的太仆寺，储银就不下四百万两。可以说，在这十年中，张居正确实使明朝稍稍重振。但是，当时攻击他的人很多，认为他的“私德”不好。比如，他的儿子考进士落第，他就不高兴，把当年翰林院选庶吉士的名额都给取消了。他有三个儿子先后中进士，其中一个为一甲第二名，另一个为一甲第一名，但据说都有作弊的嫌疑。
不过，张居正虽不廉洁，却也很难说就是个贪官。当时朝中有一个叫于慎行的大臣，就说张居正很少接受人家送他的东西，他家里藏的那些金银珠玉，都是人家贿赂他父亲和弟弟的。于慎行还举了个例子，说辽东总兵李成梁封了伯爵，曾叫手下拿了一千两黄金和一万两白银，送到张居正府上。张居正对来人说，他们的主人是以血战封伯的，自己若接受了这些金银，高皇帝地下有知，是会降罪的。于慎行是个君子，曾经也很受张居正看重，但因为触怒张居正而辞官回乡，直到张居正死后才被召回朝廷。他的态度，可以说是无偏无党的。
张居正私德不好，是事实。不过，当时那么多人攻击他，与他任首辅时重用亲信，排斥、打击异己有关。但更为重要的是，当时的官场，就是有那种墙倒众人推的风气。于慎行就说，当张居正任首辅时，大家都争着抢着赞颂他的功劳，而不敢批评他的过失；等到他人死势失，大家又都争着抢着要追究他的罪行，没有谁敢称赞他的功劳。其实，若不是万历皇帝恨透了张居正，当时并没有谁敢站出来反对张居正的。
明末党争
我们曾经指出，由于官员任用中的资格之弊，不是进士出身的人，往往要去投靠那些有地位的人，以求得他们的保护，从而形成了门户。这种情况，在世宗以后，已变得非常严重。穆宗时，高拱在内阁，曾建议官员的任命，无论升降，只看政绩，而不问是不是进士。表面上看，高拱这是要破除选官中的资格之弊，但实际上却是要为自己的门生，开辟一条做官的捷径，好让他们成为自己的爪牙。而这些被高拱提拔的人，的确也对高拱感恩戴德，任凭高拱驱使。高拱唆使他们攻击哪个大臣，他们就攻击那个大臣。
那时候，门户的形成，当然还有其他途径。士人科考，中了举人，登了进士，便与主考官形成门生和座主的关系。巡按考核官员，政绩优良的，被推荐为更高一级官员，于是形成了门生与举主的关系。至于那些权据要津的人物，更是利用科举，来扩大自己的门户。《明史》上说，万安在朝，每遇会试，都要让自己的门生为考官。他这样做，除了为儿孙着想外，更主要的还是要使自己的门生，能够多中进士。
门户与朋党，并不完全是同一种东西。门户之争，一般而言是有时而止的。比如高拱，他有自己的门户。不过他被罢了官，他的门户也就散了。据《明史》上说，高拱离京返乡时，他的那些门生，只有一个叫孙柱的去为他送行。但朋党不同，朋党一旦形成，总是具有某种组织性，并且总是根据某些正义的理念，其利益关系也非常坚固牢靠，决不会因为少数领袖人物的倒台而散伙。
然而，门户一旦成为一种普遍现象，只要有获益的机会，就会导致某种集团性的利益冲突。对张居正的清算，正提供了这样一种获益的机会。因为，在任用私人方面，张居正几乎是无所不用其极的。而清算了张居正，原先为他的“余党”所占据的位置，都空了出来。于是，那些清算张居正的功臣，为了自己升官和安排私人，又展开了无休止的争斗。由此牵动起无数的利益关系，形成利益集团，党同而伐异。从那时开始，明朝的最后的六十余年，几乎全都是在这种朋党的争斗中度过的。
公元1585年（万历十三年），因为发生春旱，万历皇帝在召见朝中大臣时说，自己虽然对天旱负有责任，但地方官员贪婪，苛剥百姓，也干犯了上天的和气。之后，他话锋一转，特别提醒说，今后任命地方官要谨慎择人。他的言下之意是说，正因为有人借清算张居正的机会，在地方官的任命中安排私人，才让那些贪婪之辈混进官府。但事后，当有人借此圣谕，要向那些清算张居正的功臣发难时，万历皇帝显得很不耐烦。他警告说，自己正担心旱灾，大臣们不许再这样争斗下去了。他心里非常清楚，这些热衷于党争的官员，其实都是醉翁之意不在酒。
朝廷上的朋党气氛，使万历皇帝感到了某种危机。但是，他很快就发现，自己并不能制止朋党争斗的蔓延。的确，所有的争斗，背后都有某种集团性利益在起着作用，根本无法调和。不久之后，万历皇帝终于对自己的这些臣僚们丧失了信心，不再相信他们能辅佐自己“励精图治”，也不再理会他们的意见。可就是从那时起，任何一件事情，凡有可能被用来获益，都会成为朋党争斗的借口，而且都会搞得兴师动众。
比如，万历皇帝不喜欢王恭妃为他生的长子常洛，而要立郑贵妃为他生的常洵为太子。于是，朝中那些后来被称为东林党的大臣，便以祖宗法制为根据，纷纷上书，要求尽快立常洛为太子。他们言辞激烈，纠缠不休，表面上是激于对祖宗法制的忠诚，其实却是想趁机造势，控制舆论，在政治上扩大自己的势力，为有朝一日控制朝政而捞取政治资本。这件事，在明史上被称为“争国本”。从争论开始，一直到常洛终于被立为太子，前后十余年。那时，除了东林党，还形成了专与东林党作对的浙党，以及与浙党联合的齐、楚、宣、昆诸党。这两大势力的互相倾轧，一般总是借“京察”的机会。所谓“京察”，就是对京官的政绩，进行六年一次的定期考核。按规定，凡是在京察中考核不合格而被罢官的，一律不许重新任用。所以，为了能利用京察的机会来削弱对手，这两大势力围绕着那些负责京察的职位，展开了愈来愈激烈的角逐。这种角逐，无疑使党争变得越来越势不两立，也越来越险恶。
当朱常洛终于成为太子之后，为了稳固他的太子地位，东林党人屡屡发起攻势，迫使福王朱常洵离开京城，回到自己的封地上去。为此，他们对郑贵妃及其势力，不遗余力地进行攻击，并且总是要牵扯到自己的其他政敌。在东林党人看来，一切围绕“争国本”的争斗，都能使他们在道理上占有优势，所以最容易克敌制胜。他们的这种做法，当然会迫使他们的对手，采取非常激烈的手段进行反击。当常洵被迫回到自己的封地之后，万历四十三年，竟有人将一名无赖带进皇宫，并引导他直闯太子宫，先是用枣木棍击伤守门太监，然后直驱太子殿前，但他很快就被制服了。这件案子，明史上称为“梃击案”。
针对这一案子的审理，以浙党为首的非东林党人，显然不希望东林党人通过此案的审理获益，从一开始就企图草草结案。相反，东林党人则希望通过此案的审理，扩大事态，打击对手。万历皇帝对东林党人热衷此案的目的，是心存疑虑的。他下令速结此案，并警告东林党人，不许再挑唆他和太子之间的关系。在万历皇帝看来，今后最大的威胁，一定是朋党。
万历年间，东林党人与非东林党人的争斗，总体上是以东林党人的失败而告终的。但是，在这一过程中，浙党和齐党也反目成仇。这件事情，与东林党人汪文言有很大关系。此人原来做过县吏，后来交结了东林人士，遂入京活动，并使钱为自己买了个监生。汪为人很有心计，眼观六路，耳听八方。在他看来，朱常洛的伴读太监王安，将来是可以“济国事”的，就倾心与之相交，希望将来可以通过他影响皇帝。那时，浙党与齐党抱得很紧。但在汪文言看来，这两个集团只不过是相互利用；一旦功成，就会为了各自的利益，再进行争斗。于是，他通过各种各样的办法去离间他们。他的这些活动，果然加速了这两个集团的内讧。所以，当万历皇帝死后，因为反对势力的分裂，因为王安的支持，也因为光宗朱常洛本身对东林党的好感，那些原来被罢斥的重要的东林人物，又重新回到了朝廷，并且在朋党之争中拔得头筹。可惜的是，光宗只在位一个月就去世了。据说，他的死，与过度纵欲，又误服了臣下进奉的“红丸”有关。这是一件讲不清楚的事情，却又成为当时朋党争斗的一个大题目。
光宗临去世前，遗嘱由他的长子朱由校继位。朱由校那时虚岁十六，生母已死，与光宗宠爱的李选侍一起住在乾清宫。为了不使李选侍干政，东林党人联合司礼太监王安，先将朱由校接出乾清宫，到文华殿登基；然后又迫使李选侍搬出乾清宫。这就是“移宫案”。
因为扶立熹宗朱由校有功，东林党人受到了更多的重用。一时之间，内阁、都察院、吏部、兵部等关键部门，都掌握在东林党人手中。但是，东林党人并没有借此机会有所建树，而只是忙于起用过去那些遭到贬斥的党人，再就是打击浙、齐、楚诸党。久而久之，熹宗不再支持东林党人，而宠幸他自己的乳母客氏和秉笔太监魏忠贤（魏忠贤不识字），使宦官专权的局面再度出 现。
和以往历次宦官专权所不同的是，这一次宦官专权，发生在朋党之争趋于白热化的背景之下。所以，明廷中凡是遭东林党排斥打击的官员，大多投靠了魏忠贤，形成了非常庞大的“阉党”势力，而东林党的势力则受到严重的削弱。那时，从内阁、六部，到地方封疆大吏，到处都是魏忠贤的“阉党”，一片乌烟瘴气。据说，魏忠贤所到之处，“士大夫遮道拜伏”，官员们甚至呼他为“九千岁”。一直到了这种时候，东林党人才想到要与“阉党”进行斗争。
在与阉党的斗争中，东林党人无论在朝在野，的确表现出一种勇敢的牺牲精神。他们冒死上疏，揭发魏忠贤的罪恶，而绝不向邪恶的宦官势力屈服。许多人因此身受酷刑而死。那个叫汪文言的，阉党对他用尽酷刑，逼他承认曾贿赂过东林领袖，但他至死都没有屈服。为了彻底摧毁东林党人的势力，阉党还将“梃击”“红丸”“移宫”三案全部推翻，凡参与这三案的东林党人也全都受到追究。
通过对东林党人的打击，魏忠贤在当时，几乎已达到了可以控制一切的地步，甚至不经过内阁票拟，就直接以皇帝的名义发布“中旨”。
宦官可以这样毫无约束地行事，这在明史上是没有先例的。仔细想来，如果不是万历以来激烈的党争，决不可能形成样这样强大的阉党势力。所有反对东林党的人都投入阉党，恰恰是当时党争已达到白热化程度的反映。这一点，东林党人恐怕也难辞其咎。
