古人对此也有同样疑惑，于是猜测推理，捣鼓出了归经理论和脏腑补泻理论。只是新创的方剂效果没有经方”一剂知，二剂已“那么好了。于是后人又开始思考——离先秦时代那么遥远，同一个字的字义都古今不同了，如何研究经典文字背后隐藏的道理？儒家文人擅长文字考究，于是提出【用同时代的文献，做平行比】，这样得到的含义才是正确的，而不能根据读者当时的文化环境猜测含义。比如"学而时习之，不亦悦乎"中的"习“字，先秦时是"实践、践行"之意，后世却解读为”温习、复习“，这差远了。同理，后世注解伤寒和内经的书，大多不值得看，因为很多都是妄加敷衍猜测，主观性太强。
为了解决这个问题，清末邹澍的《本经疏证》，以及周岩《本草思辨录》使用了【平行比对】方法批注《神农本草经》，参考疗效的依据就是《伤寒杂病论》（唯一的一本权威书——只要”证“符合，投药下去，一定会好）。
具体方法就是，靠【做减法】来检验每一味药的药性。例如，《伤寒杂病论》中某一方剂比另一个方剂仅多出芍药三两，而它们所治主证却大不相同，则推敲这两个主证之间病机的差异，即得三两白芍在此方中的作用。如果《伤寒杂病论》中没有足够的出现次数可以相减，则参考权威性略次的《千金方》、《千金翼方》来配合推敲。这个工作很枯燥，但古人有这个耐心做完了。最终一点点推敲出的各个药物的效果，竟恰好符合《神农本草经》那一句一句如天书般令人百思不得解的主治。日本也有做类似工作的，到后面就变成了方证学派。
但是，这只解决了药物功效问题，没有解决组方和治病原理。道理很简单，那就是千年来有效的方法，说明是根本方法，而不是杀灭方法。无论什么细菌病毒入侵，或是功能紊乱导致的痰湿淤堵，人体都具有自主修复能力。经方的目的就是打辅助，看看身体想要干嘛，你帮他做好后勤服务就行，剩余的事情交给它即可。
比如，感冒了，无论是中风还是伤寒，身体要干嘛？脉浮，气血到体表；发热，病邪过多的紧急措施；汗出，散热的同时排毒；咳嗽，排毒；畏寒，敦促你主动提高温度；鼻涕，排毒。整个趋势就是，加热，排毒，散热。所以治病方法就是，温通，散邪(发汗、如有咳嗽还要排痰)，如果发热就要散热，补水(防止温通和发热导致水分过多)。桂枝汤和麻黄汤都符合这个原则。
比如经方治疗咽喉肿痛用什么，用苦酒汤、桔梗汤。前者用半夏醋和鸡蛋黄，针对的是身体少阴病津精亏虚所致的咽喉虚热肿痛病，用降逆滋阴思维。按照后世思维，要消肿止痛，杀毒灭菌去组方，那就入不了经方的门。桔梗汤用桔梗和甘草，似乎有点清热解毒含义？其实不对，它本身是治疗的是咽喉感染不利(肿痛或不肿痛)导致的肺痈，所以大概率还会伴有咳嗽。咳嗽是肺部痒所致，因为身体想要把肺部的脓排出去。那不就简单了，帮肺排脓，身体就能腾出精力来自主解决咽喉的问题(如果到时候身体解决不利，再看它想怎样，换方子帮它解决)，这就是主要矛盾和次要矛盾思想。经方永远关注根本问题。
伤寒论经方组方，无非从身体的津液、胃气这几个大方向考虑(谓的阳气，也是依附于津精的)，先保证生命的基础，然后考虑症状细节方面。
另一方面，温病是伤寒的别支，而温病学派的代表，从组方用药原则来说，其透转思想，仍属于经方原理范畴。温病派相当于在药物的四气五味中将清透流转方面用得游刃有余，算是对经方的一种理解发挥。但是，很多重病，往往需要厚味的加入，然而厚味一旦用错，很难用药或身体自行纠正，所以这也需要一定的功底。
如今不少中成药以及医生开方，都是对抗思维这种落后的思路，能有效？来个病人，咳嗽。好的，去湿、化痰、降逆、清热、散寒的药，于是凑出各种方子。效果呢？噢，不行？那你这是过敏，来，给你去风的、活血的、补气的，最好再来点补肾的，凑个方子。然而有效吗？真的无效的话，那你这咳嗽是别的病引起的嘛，来看鼻子肝脾心脏有没有问题，一个个按照症状依据对抗思维开方排除。像这样治疗，疗效恐怕一半也无。
如果中医能有50%以上治愈率，也绝不可能是如今的情况。
