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还在为找不到基因序列而烦恼么?刚踏入生命科学研究的小伙伴们可能会碰到一个很现实的问题:分析基因序列,克隆基因,比较基因序列等等,而所有这些工作的第一步就是拿到序列。物种选择UCSC上包含49个物种的序列信息,人,大鼠,小鼠等常规物种还有不同版本数据,狗,猫,马,羊,海豚等非常规物种也有对应序列信息。下载序列最后一步就是提取...
定位决定出路:lncRNA的亚细胞定位数据库-lncATLAS.lncATLAS(http://lncatlas.crg.eu/)就是一个专门收录lncRNA亚细胞定位的数据库。LncATLAS是以15个细胞系的高通量测序数据为基础,收录了来源于GENCODE注释的6768个lncRNA数据。比如,小编现在想看看“H19”这个lncRNA的细胞定位,可以直接输入名字或者ENSEMBL的gene ID都可以:第二部分结果...
S腺苷甲硫氨酸(SAM)是甲基化修饰过程中的甲基供体,SAM在提供甲基后被转换成S腺苷同型半胱氨酸(SAH),而SAH可以抑制SAM依赖的转甲基作用。而lncRNA H19可以结合SAHH酶,并抑制其功能,从而阻断了由DNA甲基转移酶DNMT3B介导的广谱甲基化修饰,最终调控基因表达。好了,文章的案例先到这里,我们后面几期的文章将从DNA的甲基化、组蛋白的甲基...
研究lncRNA?近年来,尽管miRNA的研究在癫痫发生中非编码RNA生物学领域占主导地位,但长链非编码RNA(lncRNA)的生物学功能也引起了越来越多的关注,然而迄今为止很少有研究探讨lncRNA在TLE中的功能。为了验证基因芯片分析结果,选择11个lncRNA(6个上调和5个下调)通过qPCR测试它们的表达水平,如图显示,11种选择的lncRNA在qPCR和基因芯...
外周血单个核细胞中长链非编码RNA H19水平升高或增加冠心病风险。H19基因编码一个2.3kb的非编码RNA分子。H19基因为母源性印迹基因,而Igf2基因为父源性印迹基因,两者相距90kb,皆受H19基因上游4kb处差异甲基化区(differentiallymethylatedregion,DMR)或印记调控区(imprintingcontrolregion,ICR)调控。Dao等认为,H19基因在这些肿瘤中表...
长链非编码RNA H19的文章套路和基金申请。GCBI学院帮你搞定课题设计系列课程第二讲《长链非编码RNAH19的文章套路和基金申请》课程视频已上线到GCBI学院。通过本节课,其实可以看出来,lncRNA研究的研究思路本质上很多都类似,同样的思路换做不同的lncRNA结合好的验证结果,发表一篇5到10分左右的文章也并不难。更多lncRNA研究相关课程及文章。...
非编码RNA是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子,其中常见的具有调控作用的非编码RNA包括长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)、环形RNA(circular RNA,circRNA)等,这些RNA在细胞分化、生物发育及疾病发生发展过程中都发挥重要的作用。lncRNA的功能有哪些?lncRNA数据库对于lncRNA的研究也很关键,为了...
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