子午流注是中医先哲摸索了出的天人合一的规律，即人的12条经络随着12个时辰的变化而兴衰。在经络旺时调病事半功倍，而且可以治一些顽症。运用了子午流注解决阴阳两虚的问题，即阴虚内热不能补，阳虚外寒不可泻。申时，人体温热时滋阴降火，酉时人体温凉时温补肾阳。把人的脏腑在12个时辰中的兴衰联系起来看，环环相扣，十分有序：
卯时（5点—7点）大肠经旺，有利于排泄
辰时（7点—9点）胃经旺，有利于消化
巳时（9点—11点）脾经旺，有利于吸收营养，生血
午时（11点—13点）心经旺，有利于周身血液循环，心火胃土有利于消化
未时（13点—15点）小肠经旺，有利于吸收营养
申时（15点—17点）膀胱经旺，有利于泻掉小肠下注的水液及周身的火气
酉时（17点—19点）肾经旺，有利于贮藏一日脏腑的精华
戌时（19点—21点）心包经旺，再一次增强心的力量，心火生胃土有利于消化
亥时（21点—23点）三焦通百脉，人进入睡眠，百脉休养生息
子时（23点—1点）胆经旺，胆汁推陈出新
丑时（1点—3点）肝经旺，肝血推陈出新
寅时（3点—5点）肺经旺，将肝贮藏的新鲜血液送百脉，迎接新的一天到来
