布鲁诺在天主教会的眼里，是极端有害的“异端”和十恶不赦的敌人。他们施展狡诈的阴谋诡计，以收买布鲁诺的朋友，将布鲁诺诱骗回国，并于公元1592年5月23日逮捕了他，把他囚禁在宗教裁判所的监狱里，接连不断地审讯和折磨竟达8年之久！
由于布鲁诺是一位声望很高的学者，所以天主教企图迫使他当众悔悟，以使他声名狼藉，但他们万万没有想到，一切的恐吓威胁利诱都丝毫没有动摇布鲁诺相信真理的信念。一些神甫找布鲁诺交谈，说依他的天资，倘若重新回归宗教，苦心钻研教条，肯定会高升罗马的教廷。他坦然地说：＂我的思想难以跟《 圣经》调和．＂
天主教会的人们绝望了，他们凶相毕露，建议当局将布鲁诺活活烧死。布鲁诺似乎早已料到，当他听完宣判后，面不改色地对这伙凶残的刽子手轻蔑地说：“你们宣读判决时的恐惧心理，比我走向火堆还要大得多。”公元1600年2月17日，布鲁诺在罗马的百花广场上英勇就义了，一个伟大的科学家就这样被烧死了。
布鲁诺在罗马被关押了３年多之后，宗教裁判所才开始审讯他。教会控告他否认神学真理，反对《圣经》，把他视为头等要犯。先后两任红衣主教都要处死他。但教会关押布鲁诺的目的还是要迫使他低头认罪，放弃自己的观点，向教会忏悔，屈膝投降。罗马教廷想摧毁这面旗帜，肃清他的影响，以此来重振教会的声威。秉性正直、坚持真理的布鲁诺，不怕坐牢、不怕严刑拷打，拒不认罪。在宗教裁判所对他动用重刑时，他从容回答：“我不应当也不愿意放弃自己的主张，没有什么可放弃的，没有根据要放弃什么，也不知道需要放弃什么。”布鲁诺在长达８年之久的监狱生活中，受尽酷刑，历尽了人世间非人的折磨和凌辱，但他丝毫没有动摇自己的信念，坚贞不屈，始终恪守自己的诺言，不放弃自己的学说和信念，不承认自己“有罪”。他曾说过：“一个人的事业使他自己变得伟大时，他就能临死不惧。”“为真理而斗争是人生最大的乐趣。”
１６００年２月６日，宗教裁判所判处布鲁诺火刑，布鲁诺以轻蔑的态度听完判决书后，正义凛然地说：“你们对我宣读判词，比我听判词还要感到恐惧”。行刑前，刽子手举着火把问布鲁诺：“你的末日已经来临，还有什么要说的吗？”布鲁诺满怀信心庄严地宣布：“黑暗即将过去，黎明即将来临，真理终将战胜邪恶！”他最后高呼：“火，不能征服我，未来的世界会了解我，会知道我的价值。”５２岁的布鲁诺在熊熊烈火中英勇就义。他死后，教会甚至害怕人们抢走这位伟大思想家的骨灰来纪念他，匆匆忙忙把他的骨灰连同泥土一起抛撒在台伯河中。
伟大的科学家就义了，但真理是不死的。
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