EAP项目基本上应该包含以下三个层面的工作：
初级预防：消除诱发问题的来源
初级预防的目的是减少或消除任何导致职业心理健康问题的因素，并且更重要的是设法建立一个积极的，支持性的，和健康的工作环境。通过对人力资源方面的企业诊断，能够发现问题在哪里和解决问题的途径。通常，初级预防通过改变一些人事政策来实现，如改善组织内的信息沟通，工作再设计，和给予低层人员更多的自主权等。
二级预防：教育和培训
教育和培训旨在帮助员工了解职业心理健康的知识，如各种可能的因素怎样对员工心理健康产生影响，以及如何提高对抗不良心理问题的能力。有关的教育课程包括应付工作压力，自信性训练，放松技术，生活问题指导，以及解决问题技能等。二级预防的另一个重要目的是向人力资源管理人员和组织内从事员工保健的专业人员提供专门的培训课程，来提高他们对员工心理健康的意识和处理员工个人问题的能力。如“基本咨询技能”和“行为风险管理”等方面的培训。
三级预防：员工心理咨询与辅导
员工心理咨询是指由专业心理咨询人员向员工提供个别、隐私的心理辅导服务，以解决他们的各种心理和行为问题，使他们能够保持较好的心理状态来生活和工作。由于员工的许多职业心理健康问题与家庭生活方面的因素有关。这种心理咨询服务通常也面向员工的直系家庭成员。
EAP在中国发展的一个很重要挑战来自EAP专业服务人员。从EAP提供的服务性质来看，EAP专业服务人员应该来自咨询心理学、社会工作者、职业发展咨询、教育学、行为科学、以及精神医学等领域的专业背景，同时具有并且正在从事咨询助人工作的专业人员。EAP专业服务人员必须具备相关领域的专业实践资格，但同时也必须相当地熟悉和了解所服务的组织机构和员工，具有公司内部作业流程的一般知识，并能够理解员工的一般心态和在工作中各种面临的可能问题等。
EAP的最大挑战之一可能来自其运作效果的评估。有很多的研究对EAP的成本效益或投资回报作了比较系统的分析（对EAP项目费用更应该看作是一种对员工的投资），这些研究证明EAP不仅能够带来工作绩效的提高，而且能够使其他的员工管理成本降低，以及减少由于人为因素发生的事故使公司产生的损失。但在实际操作中，对EAP效果的评估往往需要一个长期过程，而且需要对所有的相关资料进行比较系统的积累。因此，EAP对于希望在短期内看到它效益的组织机构来说，其挑战是前所未有的。
