(一)中医病因病机研究
中医学认为本病主要是感受湿热、疫毒之邪，饮食失当，正气不足等原因所引起，虽未能以直观地了解和认识肝炎病毒的实质，但其有关发病原因的许多理论可与现代医学的研究结果互为印证、补充，为中医探讨病毒性肝炎的发病机理、制定相应的防治原则提供了可靠的理论依据。
刘成海等认为，甲型肝炎与戊型肝炎病因病机相同，病因多为外感邪毒，内伤饮食，病机为湿热邪毒浸淫，脾胃失运，肝胆失疏，血分瘀热。
王伯祥将急性病毒性肝炎的病因病机概括为：湿热疫毒是由气及血，造成脾胃肝胆功能失调，导致血脉受病，肝络瘀阻发为“胁痛”；胆汁内瘀，溢为“黄疸”。他认为慢性病毒性肝炎是在正虚邪犯的基础上形成湿热、气滞、瘀血、痰结、阴阳虚、气血亏等影响到肝胆脾胃肾等脏腑功能。
陈立华等则把病毒性肝炎的病因病机归纳为4点，即：湿热毒邪内侵是发生本病的基本原因，肝胆脾胃不和是脏腑病变的基础，气滞血瘀癥积是病变发展的基本过程，阴阳气血亏损是病程久延的必然结果。
李筠则认为其病因病机乃为湿热疫毒之邪首先伤及人体气分，阻遏气机，伤脾碍胃，以致肝郁脾虚。病变发展逐渐侵入血分，以致气滞血瘀，瘀血阻络，瘀久化热，耗阴损阳。整个过程体现了正虚邪恋，虚实夹杂的病理特点。因此，主张在治疗上，早期宜注重清解湿热，疏肝健脾，中、晚期则应重视活血化瘀，凉血解毒。
梅国强认为：若将急、慢性乙型肝炎全病程大致分为初、中、末三期，则初期多为肝胆湿热，疫毒蕴结；中期多为肝郁脾虚，湿阻阳遏；末期为肝肾阴虚，痰瘀阻络。陈增潭等认为乙型肝炎属湿热疫毒之邪伏于血分所致，而肝为藏血之脏，故受害最烈。因为肝属木，设若阴血亏虚、木失水涵，热必枯萎变硬，这也是慢活肝向肝硬化发展极为重要的病机。提出滋养肾阴、柔润肝体是防止慢性肝炎向肝硬化发展重要的一环。
马克明以“邪之所凑，其气必虚；正气存内。邪不可干”作为理论基础，提出乙肝病因为正气虚损，免疫功能紊乱或低下，湿热夹毒，邪毒留恋。聂广除了提出“湿热疫毒”致病外，还得出了“胎毒”病因学说，这与现代医学研究得出的乙肝或乙肝病毒长期携带母亲在围产期可通过母婴途径传播乙肝病毒相符。任进余等总结出对于丙型肝炎的病因有“阴邪湿毒”学说和“湿热毒邪”学说，不论哪种毒邪都具有直入血分的特点，并从分析中看出，丙型肝炎的中期，为肝郁脾虚，脾虚湿盛；晚期则气滞湿阻，痰聚胶结，渐成瘀血阻络以及肝肾虚损。尹国有等认为重型肝炎是外感时邪，湿热毒盛，不得外泄，弥漫三焦，正邪交争剧烈，内扰肝胆，伤营动血，蒙蔽清窍，终致肾亏气竭血脱。
(二)西医发病机理研究
斯崇文认为：慢性病毒性肝炎的发病机制，一个可能是与肝炎病毒直接导致肝细胞病变有关；另一可能是人体免疫系统对肝炎病毒及其抗原引起免疫应答，对感染肝炎病毒的肝细胞产生免疫病理，损伤肝细胞所致。
黄爱龙进一步认为：慢性乙肝患者和无症状携带者对乙肝病毒抗原的T细胞应答几乎完全缺失，这可能是造成HBV慢性携带状态和慢性肝炎主要原因。
王彤光认为慢性乙型肝炎发病机理与机体的免疫功能紊乱有关，常见患者的T4阳性细胞百分率降低，T8阳性细胞百分率增高，导致T4/T8比值下降。
罗日永等认为肝脏病理损害主要取决于机体的免疫反应所致的免疫损伤，并总结出了可能存在的6种机理：①HBsAg与抗-HBs形成免疫复合物，可沉积在肝内、外各组织上而引起炎症反应；②致敏T淋巴细胞与肝细胞膜抗原结合，释放淋巴毒素等淋巴因子，杀伤肝细胞；③通过K细细胞介导的抗体依赖性细胞毒性作用(ADCC)，杀伤肝细胞；④HBV改变肝细胞膜的抗原性，诱导机产生相应抗体，与肝细胞抗原或肝细胞膜脂蛋白结合，参补体参与下破坏肝细胞；⑤慢活肝及重型肝炎患者由于辅助性T淋巴细胞功能增强，抑制性T淋巴细胞功能减弱，导致B细胞功能失常、亢进而出现强烈的自身免疫反应，导致肝脏严重病变；⑥非免疫性因素，如各种病毒、内毒素血症及继发感染等，而出现的机体免疫功能、凝血系统等一系列内环境平衡失调，以及肝脏的微循环障碍等，促使肝脏病变发展，病情加重。
(三)治则治法研究
尚尔寿提出病毒性肝炎的治疗原则为：辨湿热，分虚实，宜养血滋阴，不宜恣意祛瘀，肝宜疏，胃宜和，不可妄加滋补。夏德馨则认为治疗本病采用定法论治。病毒性肝炎急性期，邪毒是根本，应予病邪以出路。其出路体现一个“利”字，具体有四：利肝胆、利大便、利小便、利汗腺。四法可分可合，但利肝胆一法则贯彻始终，而各法多参伍清热解毒及顾护胃气之品。对经上法治疗后，尚有一定余邪未尽者，应调整气血、脏腑、邪正之间的关系。对乙型肝炎反复者，用清热解毒与温阳养阴并施，可防其反复。至于补益之法，多用于恢复期和体虚的慢性患者以及HBsAg阳性者。
张长法等提出“活血祛风法”，其理论依据为：一是常见肝风之状，喜悲、色微苍，嗌干、善怒；二是肝病常累及脾，反复发作，时好时坏，迁延不愈，诱因不显而起病迅速，类似风的特征。这个观点可能对乙伴有免疫功能严重失调、淋巴细胞的免疫杀伤作用明显、肝细胞损伤较严重的病人的治疗具有特殊指导意义，值得进一步深入研究。
陆机用慢肝三法治疗慢乙肝210例，第一法：疏肝健脾、清泻湿毒法，组成：生地、赤芍、白芍、丹参、黄芪、贯众等，共治疗84例；第三法：活血化瘀，清泻湿毒法，由柴胡、赤芍、丹参、贯众等组成，共治疗24例。疗后统计认为：一法疗效较好，三法疗效较差。卢良威将乙型肝炎的治法分为5种：清泄解毒法，用于急、慢性乙肝湿热壅滞或肝经热毒炽盛者；柔肝凉血解毒法，适用于肝经血热、阴虚毒恋者；益肾解毒法，用于慢性乙肝肾气亏损者；疏肝健脾解毒法，用于肝病传脾、气虚毒留者；化瘀解毒法，用于邪毒久留、肝络瘀滞成癥者。治疗中应注意把握扶正与祛邪的关系，一旦ALT正常后，不宜一味清解渗利，否则难以取效，反易伤正，乙肝病毒标志物转阴后，一般尚需2-6个月的善后治疗以巩固疗效。
陈益培把慢性肝炎的病机概括为：起于肝，损及脾，本于肾。并认为①肝脾病变相关，治肝当须实脾。肝病患者都伴有一定的脾虚证存在。脾居中州，是运化水湿的枢纽，而湿又为肝炎的元凶之一，培土以荣木，健脾以利湿，实为慢性肝炎治则的一大关键。认为脾健则免疫机能增强，临床上通过对黄芪、常用补脾益气药物的治疗观察，发现对提高细胞免疫功能有一定影响。②久病必穷于肾，当识乙癸同源。治病还必须抓住肾为先天下之本这一关键，本病大多病情长，临床见有肝肾阴虚及肾阳虚之证，吴鞠通所谓“盖少阴藏精，厥阴必待少阴精足而后能生”，道出了治肝求本之理。现代研究也表明，肾阳虚者，肾上腺功能往往低下，选用巴戟天、仙灵脾、菟丝子、肉苁蓉等益精药物，有助于增强和发挥机体的防御能力，刺激免疫系统，增强免疫功能，从而有利于清除肝炎病毒。③明辨邪正虚实，慎用苦寒药物，过用苦寒之品损伤脾胃和肾阳，因为正虚是导致慢性肝炎的主要原因，所以在治疗上对于慢迁肝，当以扶正固本为主，兼以清化为治，对于慢活肝则采用扶正祛邪并重的法则。
冯继成经过5年的临床观察和摸索，并根据中医学有关湿、肺的论述，认为治疗乙型肝炎，祛除内湿应从肺脾肾三脏入手，应宣通肺气以祛邪，益肺气以补虚。从肺脏入手治疗本病的优势在于：①增强正气。培补肺气有利于更好地发挥脾肾功能。②增强水湿的排出力。肺的宣发肃降和通调水道的功能有助于脾运化水湿，使湿邪尽快消除。③宣肺可助疏肝，增强疏肝理气药的功效。④宣肺通腑以利泻热。⑤固卫止胀。固肺卫，使气化正常，气机调畅。⑥补肺固表，提高机体的免疫力，有利疾病康复。陈立华认为丙型肝炎病毒属阴毒湿邪，基于这一观点，得出了治疗丙肝应以温阳益气、活血化瘀为主。具体用药应注意解毒，应选择兼俱解毒与活血通络双重作用药如紫草、虎杖、丹皮、赤芍、郁金、白花蛇舌草，配合疏肝化痰药，如柴胡、青陈皮、香附、厚朴、昆布、海藻、贝母、半夏等，适时选用小剂量补肾助阳药，刀巴戟天、仙灵脾、仙茅、菟丝子、五味子等。
车念聪根据肝病专家钱英提出的乙肝总病机：湿热羁留残存未尽，肝郁脾肾气血虚，总结出其治疗乙肝的方法：调补肝肾，活血化瘀。并体会如下：①存阴贯穿全程。因为有一份阴存便有一份生机，阴亏者发展快，易致耗血动物。强调补肝肾以养阴液，护阴存阴治乙肝。②活血平和持久，不用三棱、莪术、水蛭、虻虫等峻烈猛浪破血之品以图快功，而是采用丹参、桃仁、泽兰、水红花子、刘寄奴、鬼箭羽等活血祛瘀较为平和之品，并在性味上注意甘苦寒温搭配。③化痰不容忽视。因为痰浊阻滞可加重血瘀。常用药有贝母、石胡荽、杏仁、旋覆花、瓦楞子等。④益气适时运用。采取重用黄芪以调补肝肾。⑤灵活多法联用。将益气、养阴、活血、化痰四法有机地结合起来，可收良效。
蒋森运用中医正邪理论指导治疗乙型肝炎。在急性肝炎中正实邪盛，表现肝胆湿热，治之宜因势利导，清热解毒利湿，选用甘寒解毒、甘淡利湿之品。并且拟升麻解毒汤(升麻、白花蛇舌草、蒲公英、连翘、柴胡、土茯苓、生苡仁、丹皮、甘草)。急性重症肝炎为疫毒极盛，正气尚实相当剧烈，治宜重剂清热解毒，凉血活血，重用赤芍、大黄，配以板蓝根、水牛角粉等药。慢性迁延性肝炎，正气已虚，正邪相搏，相持不下，治宜益气升阳，补肾固本，可达到正复胜邪。慢性肝活动性肝炎，一方面正气受伤，一方面毒邪内陷，治疗时分三个步骤，第一步清热解毒，凉血活血，在升麻解毒汤中加入赤芍、牡丹皮、水红花子、茜草、白茅根等；第二步以扶正为主兼以祛邪。以黄芪、黄精、山药、女贞子、白花蛇舌草、蒲公英、生苡仁、土茯苓、当归、丹参、三七、牡丹皮、生蒲黄、白茅根、甘草组方。第三步总原则是固本。HBV携带者根据“邪之所凑，其气必虚”的理论，采用升阳气解毒汤(黄芪、党参、淫羊藿、巴戟天、桑寄生、白药蛇舌草、桂枝、升麻、葛根、柴胡、蜂房)加紫河车、冬虫夏草治疗。
