29号公告的出台有着深远的历史意义，它是房地产企业的税费向前结转的转折点：一、房地产开发企业一直以来都是费用税金向后结转，导致配比原则的丧失。这次公告标志着多缴的土地增值税可以退回来，税法中除《征管法》第五十二条规定外，29号又为企业退税开了一道先河。二、所得税与土地增值税的协调，不仅仅是两个税种的协调，也存在两个税局的协调；对于企业财务管理人员来说不仅是机遇，更重要的是挑战。三、有助于房地产企业的注销，对于注销能够退税的企业会增加他们注销工作的积极性。
一、地产项目公司由于配比原则实施受阻，产生的四个问题
地产项目公司通常有四种情况会造成前期盈利后期亏损的结果。
第一、实际毛利率超过预计计税毛利率。
例如，甲房地产开发公司2009年取得未完工收入2000万元，当地规定的预计计税毛利率为10%，当年按照10%的预计计税毛利率在纳税申报表附表三52行纳税调增200万元，当年为盈利年度，该项所得已经缴纳税款，2010年该企业开发项目达到了完工标准，实际毛利率为5%，在不考虑其他因素的情况下，附表三52行第四列应调减100万元，会造成当年亏损。假设整个项目的收入为2000万元，成本1800万元，期间费用200万元，税金及附加110万元，则整个项目为亏损110万元，但是由于前期已经按照10%的预计计税毛利率缴纳税款，该项缴纳的税款在2010年度转化为亏损100万元，而亏损只能向后弥补，不能向前弥补退税，且地产企业多是项目公司，造成了前期盈利，后期亏损不能退税的问题。
第二、2008年以前内资企业不允许预提配套设施费用造成前期盈利后期亏损，且亏损不能退税。例如，上述公司2006年取得收入1亿元，整个项目全部卖完，2007年该企业又建造一项公共配套设施，支出1000万元，根据国税发[2006]31号文件规定，该项支出允许在2007年度扣除。但是2007年度M公司已经没有收入与之相配比，因此会出现2007年度亏损1000万元，只能向后弥补不能退税的不合理情形。
该问题在国税发[2009]31号文件第32条已经得到了解决，即允许纳税人预提配套设施成本，由于销售收入取得年度已经预提配套设施费用进行了扣除，因此基本解决了前期盈利后期亏损的问题。
第三、完工年度未取得全额发票，以后年度取得发票只能在发票取得年度扣除，导致前期盈利后期亏损。例如，上述企业2010年达到了完工标准，开发成本共计2亿元，且全部房产均已售出。但是该企业截止2011年5月31日只取得了6000万元发票，剩余14000万发票未取得，根据国税发[2009]31号文件规定，该企业当年只能扣除8000万元的计税成本（即：6000万元+2亿元×10%）。2012年该企业取得了剩余的14000万发票，根据国税发[2009]31号文件第34条规定，只能将该14000万元扣除在发票取得年度，但是发票取得年度该企业已经没有销售收入与该项成本相配比，形成亏损12000万元（14000万元-2000万元），而项目公司对该项亏损不能退税。
有些税务机关对国税发[2009]31号文件第34条中所称“待取得合法扣税凭证后，再按规定进行扣除”，认为这里按规定就是可以追溯调整扣除在完工年度，经过几次请示总局，总局坚持认为这里的“按规定”是指取得的发票要按照“两次分摊”的办法，区分已完工和未完工、已售和未售确认营业成本，但是最后计算的结果一定要扣除在发票取得年度。
针对房地产企业的特性，下一步总局或许修改国税发[2009]31号文件，依据《企业所得税法实施条例》第9条规定的权责发生制原则，将该项14000万元费用追溯调整到2008年，即申请税务机关退税。
第四、土地增值税清算年度补缴的土地增值税造成前期盈利后期亏损，不能退税。土地增值税清算年度往往是在开发产品基本销售完毕的情况下进行的，例如：上述公司2010年已经将全部开发产品销售完毕，2011年进行土地增值税清算，清算结果补税1000万元，由于清算当年无收入，因此形成亏损1000万元，由于项目公司以后没有收入弥补该项亏损，导致该项清算土地增值税无法在企业所得税前得到有效扣除。
鉴于该项情形，有些开发企业被迫保留一些房产到清算年度，以配比清算补缴的土地增值税，还有的企业在清算达到近85%时，采取假卖房子的方式达到清算标准，以使得清算的土地增值税留在有销售收入年度。土地增值税和企业所得税政策的不协调，扭曲了企业的经济行为选择，开发企业也多次向总局反映正常中存在的问题，终于在2010年12月24日，总局颁发了29号公告，使其存在多年的问题得到解决。
二、举列说明
北京西都房地产开发公司开发的冠城花园项目共取得销售房屋收入5亿元，全部为非普通标准住宅销售收入。其中2007年3亿元，当年按照当地规定的预征率2%（预征率在不同年度可能会有所变化，这里简化处理）预缴了土地增值税600万元，并且已经在企业所得税前扣除，2007年度该企业税率为33%，应纳税所得额为2000万元?缴纳了税款660万元；2008年取得销售收入2亿元，当年按照当地规定的预征率2%缴纳了400万元土地增值税?并且已经在企业所得税前扣除，当年该企业税率为25%?应纳税所得额为 1400万元?缴纳税款350万元；2009年该企业进行了土地增值税清算，经过计算整个项目应该缴纳土地增值税1600万元，其中前期已经预缴土地增值税1000万元，2009年清算时，应该补缴土地增值税600万元，由于2009年该公司已经没有销售收入，扣除的土地增值税600万元形成了亏损，当年亏损共为650万元（当年还发生了50万元的期间费用）。2010年7月M公司申请注销，对2010年1-6月进行汇缴申报，应纳税所得额为亏损50万元（2010年上半年发生其间费用50万元）。根据财税[2009]60号文件，该企业进行了注销清算，企业资产可变现价值与账面价值的差额为200万元，以前年度未弥补完的亏损为700万元，弥补完亏损后，该企业申报亏损500万元。即600万元清算申报的土地增值税中，有部分已经得到了弥补，剩余部分未能在企业所得税前扣除。
之所以造成以上的情形，究其原因是属于目前土地增值税先预缴后清算，同企业所得税只能向后弥补亏损两个税种之间的不协调造成的，解决该问题的方案有二：一是，提高土地增值税预征率。但是由于各个项目的不同，预征率设高了，可能会导致企业提前多缴税，事后退税，压企业建设资金的情况，合适的预征率并不容易设定，因此该方式不容易解决问题；二是，将土地增值税清算年度补缴的土地增值税向前追溯配比分配。29号公告采取了第二种方式解决该问题，上例中该项目共有销售房屋收入5亿元，该项目共缴纳土地增值税1600万元，分配率为3.2%（1600万÷5亿元），也就是说合理的预征率按照3.2%设定比较合理，由于预征率设定为2%，就造成了以前年度多交税款，以后年度不能退税，企业实际负担的土地增值税不能扣除的情况。根据29号公告规定，具体退税计算如下：
1、2007年退税的计算。2007年应补充扣除土地增值税3亿元×（3.2%-2%）=360（万元），当年企业所得税税率为33%?因此应退企业所得税360万×33%=118.8（万元）
2、2008年退税的计算。2008年应补充扣除土地增值税2亿元×（3.2%-2%）=240（万元），当年企业所得税税率为25%，因此应退企业所得税240×25%=60万元。
3、2009年亏损的调整。2009年，当年亏损为650万元。由于土地增值税清算年度缴纳的600万元土地增值税已经全部分配到以前年度，因此当年扣除的土地增值税600万元应该进行纳税调增。重新调整后，该企业2009年亏损为50万元（650万-600万）。
4、2010年1-6月汇缴计算。2010年1月-6月，申报汇算亏损50万元，上期未弥补亏损50万元，可以结转到清算所得弥补亏损的所得额为100万元。
5、清算所得计算。2010年7月开始，M公司进入注销清算，经过重新计算后，企业上期亏损为100万元，所得为200万元，经过计算后应申报应纳税所得额100万元，应补税100万×25%=25（万元）
6、企业退税额的计算。企业合计退税=118.8+60-25=153.8（万元）
