学| 上点 ChIP 小料，要不要？

实验狗做 ChIP 实验应该注意到的几点，给自己涨点知识。

一、什么是（ChIP）染色质免疫沉淀？

染色质免疫沉淀（ChIP）分析是一种用于探测在细胞自然的染色质环境中蛋白质-DNA 的相互作用的，有效并应用广泛的技术。这种分析可用于确定与基因组特定区域相关的多种蛋白质，或反过来，用于确定与一个特定蛋白相关的许多基因组区域。另外，染色质免疫沉淀可用于明确特定的蛋白质-DNA 相互作用是因为空间结构还是暂时性的。

除了组蛋白外，ChIP 分析也可用于分析转录因子，转录辅因子，DNA 复制因子和 DNA 修复蛋白的结合。

二、为什么酶解染色质比超声片段化染色质更好？

虽然超声法是用于染色质片段化的传统方法，但由于超声波的易变性和超声过程中染色质样品的乳化会使许多问题发生。超声不足会导致染色质不完全片段化，过度超声或样品乳化会因蛋白质变性或降解而丢失抗体表位。

我们进行了 ChIP 样品处理的方法对比，发现从培养细胞中酶解染色质比超声要温和得多，在 ChIP 分析中免疫沉淀效率有明显提高。比较基于组织的 ChIP 试剂盒，也显示从组织样本中酶解染色质，免疫沉淀效率增加。

三、收获的细胞或组织量是怎样影响微球菌核酸酶的量？

测量用于准备染色质的细胞数或组织量是非常重要的。我们建议每次免疫沉淀反应需要 4 x 10⁶ 细胞或 25 mg 组织。在酶解染色质前，组织样品被交联，分解成单细胞悬浮液。

细胞数与加到染色质中的微球菌核酸酶的体积的比率对于将染色质片段化到合适大小（150 到1000 bp）非常重要。虽然这个比率随细胞、组织类型不同而稍微不同，我们发现 4 x 10⁶ 细胞（或 25 mg组织）与 0.5 μl 的微球菌核酸酶的比率，可重复地将染色质消化成合适大小的片段。每个 SimpleChIP^? 试剂盒为用细胞或组织消化染色质的最优化提供问题诊断指导。

四、为什么使用微球菌核酸酶来消化染色质时需要超声?

孵育在 A、B 缓冲液中不足以完全裂解细胞和甲醛交联细胞的核膜。相反，它只是渗透入细胞，使微球菌核酸酶进入，消化染色质。因此，将染色质释放到溶液中就需要少量的超声。超声不会进一步片段化染色质，只是进一步裂解细胞和核膜。

五、每次免疫沉淀我们需要多少染色质？

我们做目的蛋白的免疫沉淀时，常常从 4 x 10⁶ 个细胞或 25 mg 组织样品开始。这通常转化为每次免疫沉淀需 10 – 20 μg 染色质。然而，做组蛋白免疫沉淀的话，样品可以少至 1 x 10⁶ 个细胞或 2.5 – 5 μg 染色质。

在设置免疫沉淀时，染色质通常稀释到 1 x ChIP 缓冲液中，得到 500 μl 的免疫沉淀反应液，与抗体孵育过夜。然而，设置实验时也可以不稀释染色质，可将未稀释的染色质置于任何理想的体积。

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文章来源：CST

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