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亦称需氧菌，需氧微生物，在有氧环境中生长繁殖。氧化有机物或无机物的产能代谢过程。以分子量为最终电子受体，进行有氧呼吸。包括大多数细菌，放线菌和真菌，没有氧就根本不能生长的细菌。称作专性好氧细菌。 很多细菌是好氧细菌，特别是能自氧的细菌，醋酸菌，枯草芽孢杆菌，结核菌，固氮菌等均为专性好氧菌。此外，有一种在分压低于0.2标准大气压下也能够良好生长的细菌，称它为微好氧细菌。 如：枯草芽孢杆菌 巨大芽孢杆菌 蜡样芽胞杆菌 硝化细菌 酵母菌
蜡状芽孢杆菌 
巨大芽孢杆菌 
枯草芽孢杆菌 
芽孢杆菌属微生物特性，芽孢杆菌属，革兰氏阳性菌，需氧或兼性厌氧菌产生芽孢，大多数无夹馍。 枯草芽孢杆菌对水产中的弧菌、大肠杆菌和杆状病毒等有害微生物有很强的抑制作用，有效预防水产动物肠炎，烂鳃等疾病。分泌大量几丁质酶的功能，几丁质酶可分解病原真菌的细胞壁而抑制真菌病害，分解养殖池中的有毒有害物质，净化水质；分解池中残饵、粪便、有机物等,具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用； 枯草芽孢杆菌能够改善有害蓝藻泛溢造成的水质浑浊问题，水质由浑变清，具有很强的净化水质功能，具有较强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的活性，促进饲料中营养素降解，使水产类动物对饲料的吸收利用更加充分； 枯草芽孢杆菌可以减少对虾病害发生，可以大大提高对虾产量，从而提高经济效益，生物环保，刺激水产动物免疫器官的发育，增强机体免疫力；减少对虾病害发生，明显提高对虾产量，从而提高经济效益，净化水质，无污染，无残留。
厌氧菌是一类在无氧条件下比在有氧环境中生长好的细菌，而不能在空气（18%氧气）和（或）10%二氧化碳浓度下的固体培养基表面生长的细菌。这类细菌缺乏完整的代谢酶体系，其能量代谢以无氧发酵的方式进行。按其对氧的耐受程度的不同，可分为专性厌氧菌、微需氧厌氧菌和兼性厌氧菌。 如： 乳酸菌 光合细菌 反硝化细菌 植物乳杆菌
乳酸杆菌 
乳酸菌以嗜酸乳杆菌为主导。它靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。乳酸菌能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。致病菌活跃，有害线虫会急剧增加，植物就会衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害线虫便会逐渐消失。
光和细菌 
光合细菌是地球上出现最早、自然界中普遍存在、具有原始光能合成体系的原核生物，是在厌氧条件下进行不放氧光合作用的细菌的总称，是一类没有形成芽孢能力的革兰氏阴性菌，是一类以光作为能源、能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用自然界中的有机物、硫化物、氨等作为供氢体兼碳源进行光合作用的微生物。光合细菌广泛分布于自然界的土壤、水田、沼泽、湖泊、江海等处，主要分布于水生环境中光线能透射到的缺氧区。 在水产养殖中，能够降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，实现充当饵料、净化水质、预防疾病、作为饲料添加剂等功能。光合细菌适应性强，能忍耐高浓度的有机废水，对酚、氰等毒物有一定有忍受和分解能力，具有较强的分解转化能力。它的诸多特性，使其在无公害水产养殖中具有巨大的应用价值。
EM菌 
EM菌（需氧厌氧的结合）是由大约80种微生物组成，EM菌由日本琉球大学的比嘉照夫教授1982年研究成功，EM菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10个属 80余个微生物复合而成的一种微生活菌制剂。作用机理是形成EM菌和病原微生物争夺营养的竞争，由于em菌在土壤中极易生存繁殖，所以能较快而稳定地占据土壤中的生态地位，形成有益的微生物菌的优势群落，从而控制病原微生物的繁殖和对作物的侵袭。 EM菌的应用： 1）提高鱼虾禽畜的免疫力，明显控制有害病菌，节省药物开支； 2）除异臭，净水质，清洁空气，改善环境； 3）降低肉料比，大幅度节省饲料； 4）发酵分解饲料中的有机物，提供高效代谢营养组分； 5）显著提高肉、蛋、奶等产品质量，提升经济效益。
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