1、股权代持涉及的法律关系较为复杂，存在三方法律关系第一种：实际出资人与名义股东之间的法律关系，一般为合同关系（但存在冒名股东的情况就是侵权关系）。第二种：实际出资人与名义股东分别与公司之间的法律关系。第三种：实际出资人与名义股东分别与公司外部第三人之间的关系。
股权代持同时存在以上三种法律关系，因此相关法律关系应当区别分析，分清内外关系，区别对待。
虽然我国《公司法》对股权代持未作规定，但最高法院在《公司法司法解释三》中就股权代持中涉及的权利义务纠纷做出了规定。
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益；以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应认定合同有效。前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
通过以上规定不难看出，实际出资人和名义股东之间是典型的合同关系，该合同的效力应当根据合同法的相关规定来确定，而不是由公司法来调整。虽然以上规定只是针对有限公司的股权代持问题和合同无效认定规则问题，但是从法理上来理解，股份公司的相关问题及合同其他效力类型问题（比如可撤销）也可以适用此类规定或原则。第二种：实际出资人与名义股东分别与公司之间的法律关系。这是股权代持中比较复杂的一种关系，也是实践中产生争议较大的问题。虽然实际出资人符合股东的实质要件，但由于形式要件的缺失，其与公司形式上没有任何关系，相互之间既不享有权利也不承担义务。名义股东由于被记载于股东名册、公司章程、工商管理登记文件中，具备成为股东的形式要件，但其由于没有向公司履行出资（或认缴出资）义务，缺乏实质要件。这种形式与实质的悖离是实践中实际出资人与名义股东产生纠纷的重要原因。实际出资人虽然符合成为股东的实质要件，但其并不能当然获得法律认可的股东地位，即使实际出资人不是法律规定的受到限制的主体。这是由有限公司的人合性和股份公司的公众性决定的，实际出资人要为自己的选择付出代价。对于有限公司而言，《公司法司法解释三》第24条第三款规定：'实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。'这与《公司法》第71条规定的精神是一致的，体现了有限公司的人合性。在不能满足过半数股东同意的情况下，实际出资人不能取得股东地位，但可以根据合同关系向名义股东主张相关权益。当然，这里的'同意'不宜做狭义理解，只要不影响有限公司的人合性的情形，一般应视为'同意'；比如实际出资人实际参与公司管理，公司其他股东知道实际出资人的存在，也没有提出异议；就应当视为其他股东'同意'实际出资人为公司股东，此时实际出资人主张'显名'，应当得到法院的支持。对于股份公司来说，实际出资人要求'显名'的主张能否得到支持呢？《公司法司法解释三》没有做出规定。有观点认为，实际出资人要求'显名'的主张不应得到支持。因为股份公司具有开放性和公众性，公司信息披露要具有真实性。否则会影响外部第三人对公司经营状况、股票交易的判断，可能扰乱公开市场的交易秩序，损害公众利益。尤其是对于对上市公司而言，法律有着非常严格的限制，和更加严格的披露义务。控股股东以及实际控制人的诚信和经营状况直接影响到股市对上市公司的信心和千百万股民的切身利益。由于名义股东的姓名或名称被记载于公司章程、股东名册当中，根据《公司法》第32条第2款规定：记载于股东名册的股东可以依据股东名册主张行使股东权利，即名义股东一般直接推定为公司股东，取得股东身份地位；但上面提到的实际出资人因事实参与公司管理被视为股东的情况除外。名义股东从公司获得相关权益承担相关责任后再最终根据代持股协议的法律效力与实际出资人清理结算。
第三种：实际出资人与名义股东分别与公司外部第三人之间的关系
（2）名义股东与公司外部第三人之间的关系要尊重商事外观主义原则，维护交易的安全。《公司法司法解释三》第25条第1款规定：名义股东将登记于其名下的股权转让、质押或者以其他方式处分，实际出资人以其对于股权享有实际权利为由；
请求认定处分股权行为无效的，人民法院可以参照物权法第106条的规定处理。
《公司法司法解释三》第26条第1款规定：公司债权人以登记于公司登记机关的股东未履行出资义务为由；请求其对公司债务不能清偿的部分在未出资本息范围内承担补充赔偿责任；股东以其仅为名义股东而非实际出资人为由进行抗辩的，人民法院不予支持。通过以上规定可以看出，实际出资人与名义股东之间的约定不得对抗善意第三人。
