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一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具

 阿非ycfg 2017-08-15

DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=site%2Findex。DIANA tools具体可分为miRGen, lncBase, mirPath, mirExTra, microT-CDS五个不同的工具模块,而我们今天要用的是其中用来预测lncRNA-miRNA结合关系的模块:

进入该模块,可以发现,该数据库预测可以有两种方式来看lncRNA和miRNA是否有结合可能性,分别是基于实验基础的“Exprimental module”和纯预测的“Prediction module”。

以Prediction module”为例,我们进去可以看到,可以进行miRNA输入或者lncRNA输入:

或者,当我们只知道有个lncRNA的基因组注释信息时,也没关系,只要在开始的界面进入“Search by location”即可,输入具体的位置信息,也可以:

当我们想看看某个miRNA有哪些可能结合的lncRNA时,只要输入miRNA名字即可:

当我们输入“has-miR-1231”后,下面即显示了可能结合的所有lncRNA信息:

在这里,可以通过在左边“Filters”中设置Threshold值来进行进一步筛选。

通过点开每一个右边的拓展选项,可以看到具体的基因信息:

关于lncRNA注释信息,miRNA的序列信息,有哪些“binding category”都可以看到。点击每个的右边拓展项,可以看到具体的结合位置信息:

当然,如果是通过“Exprimental module”进行的同样检索,还可以看到具体的实验方法来源和具体的检测样本来源等信息:

这是从miRNA的角度,寻找可能结合的lncRNA。同样,直接输入lncRNA,也能反过来寻找可能结合的miRNA:

此外,当你想明确地想知道某个miRNA和lncRNA是否有结合可能性的时候,只要同时把两个输入就可以了:


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