上次给你们讲了,那篇Oncotarget的蚊帐里(不知道就点这里),全都用了生信网站的分析,就没做实验。 嗯,也不能说这种蚊帐一点用都没有,其实还能告诉我们有这种用于验证表达的神器存在。 有好多人来问,这是啥软件。其实要是你们都能下载了蚊帐看看的话就知道,这软件就是GEPIA: 确实是网页,输入基因后,就能看到,在人体内的表达情况: 这个是基于TCGA的一个数据库挖掘,当然,还能看到不同肿瘤中的表达情况: 同样,这个网站也能给你用简单的Limma或者ANOVA来统计某种肿瘤中的差异基因: 这个差异基因显示出来有点别致,是显示染色体上的位置的: 其实List表格形式的也有。Gepia也能显示出表达的箱状图: 选择完基因和所要分析的肿瘤就行了,点一下就出来,很方便: 导出的是一个pdf的图片,这图片上的文字图例都是可以直接用AI来修改的。当然,生存曲线也能画,这就要比KM-Plot来得好了: 因为GEPIA包含的肿瘤,相对与KM-Plot多了很多种类,当然,画出来的图也都能用AI进行直接编辑。 此外,GEPIA还能搜寻共表达基因,选择肿瘤和对应的正常组织,就能看共表达趋势了: 共表达的散点图上,就能显示出俩基因的相关性: 李莫愁博士:这网站信息量还挺大的,主要是用来进行数据挖掘后的验证,其实也是傻瓜型的网站,输入你想要的,就能快速获得结果。用来验证,或者简单的预测还是挺有用的呢。不过,说实话,真不希望你们都急着去用这个工具,网站会被挤爆的……好了,今天就先策到这里吧。回复“GEPIA”就给你网址。 |
|
来自: 小李飞刀4gae1j > 《待分类》