崇明最早形成的是沙洲，并不是岛。大江大河泥沙的堆积，形成的是沙洲。西汉时期，长江入海口在广陵（今扬州）、京口（今镇江）一线，这有文学家枚乘的著名文赋《七发》为证。在这篇文赋里，枚乘用宏阔的文笔描写了当年广陵长江入海口磅礴的气势。长江口沙洲的发育形成，是从南北朝开始的。南北朝时期，广陵东边孤悬江海中的海陵（今泰州）渐渐与陆地相连，这样长江口南北的沙洲或陆地同时向东发展，这个趋势一直持续至今。 至隋朝时，海陵（今泰州）的东边涨出胡逗洲（南通的前身），一开始也是独立的沙洲，不与海陵相连。唐代中期，胡逗洲与海陵相连，晚唐时东边又涨出东洲（古海门的前身），也是独立的沙洲，一开始并不与胡逗洲相连。唐高祖武德年间（618~626），长江口胡逗洲的东南边涨出西沙、东沙，相隔70里，是崇明岛的前身。古代的西沙不是现在的西沙湿地，位置应在现城桥镇南边的江水里，方位较靠南边。清代的南沙，即民国时期到20世纪70年代的南丰沙，就是古代西沙的基座（崇明话叫“塌筑”）复涨而成。武则天万岁通天年间（696~697），始有渔民、樵夫到西沙打渔、晒网，伐芦苇或休憩。可知崇明沙洲最早时期的产业是渔业和芦苇业。
《雍正崇明县志》所说“唐中宗神龙初年（705），在西沙设崇明镇，隶于通州海门县”。经过严密的考证，这个说法并不成立。因为根据《资治通鉴》《新唐书》《旧五代史》等史料的记载，至晚唐僖宗乾符年间（公元875年），王郢被任为狼山镇遏使（今南通），他因为节度使赵隐赏赐不公而反判唐廷，劫掠东南沿海，后来在明州（今宁波附近）为甬桥镇遏使刘巨容以筒箭射杀。直至这一时期，仍然未见任何有“崇明镇”的记载，而这比起中宗神龙初年（705）已过去了170年。
晚唐五代十国时期，吴国主杨行密下辖的一个姚氏家族统治静海地区（今南通）。这个姚氏家族第一代为东洲静海军使姚存、姚制兄弟俩，第二代为东洲静海都知兵马使姚廷珪，第三代为静海都镇遏使姚彦洪。从晚唐902年左右直到五代十国的956年，这个家族统治静海长达半个多世纪。南宋王象之的《舆地纪胜》引用《通川志》的记载：“杨吴天祚三年（937），姚彦洪建静海都镇，修葺城郭，设东洲为丰乐镇、布洲为大安镇、顾俊沙（西沙）为崇明镇、狼山西为狼山镇。”这是“崇明镇”的名称首次出现在可信的正史之中，可见崇明地区最早的行政建置是公元937年在西沙设立崇明镇，也是这一地区沙洲得名“崇明洲”（以后被称作崇明岛）的最早由来。
南唐李璟时期，静海都镇遏使改为静海都镇制置院，仍然管辖崇明镇。这一时期崇明的沙洲仍然是西沙、东沙。当时的镇是小型军事据点，有镇守一方的意思，不是后来城镇的概念。显德五年（958），后周军队攻下南唐在江北的所有领地，改静海都镇为通州、下辖静海县、海门县，并设立静海军驻守，但是却暂时废除了崇明镇、丰乐镇、狼山镇、大安镇的建置。
北宋初又恢复了西沙的崇明镇，隶属于通州海门县，这是崇明镇最早隶于海门县的开始，这时新设立的崇明镇，已有了城镇聚居的概念，不再是完全的军事据点了。北宋天圣三年（1025），续涨出姚刘沙在东沙的北面，后来逐渐与东沙接壤。建中靖国元年（1101），于姚刘沙西北50余里处又涨出三沙。马端临《文献通考》说“先是（北宋）国初以来，犯死罪获贷者，多配隶登州沙门岛、通州海门岛。而通州岛凡两处豪强难制者隶崇明镇，懦弱者隶东布洲，两处悉官煮盐。”也就是说，北宋同时把崇明镇作为关押死缓犯人无偿煮盐的地方，这是崇明沙洲的一段特殊时期。
宋高宗赵构经过崇明沙洲，留下推虾港传说。南宋抗击蒙古的大将杜杲，年轻时曾任崇明镇监。南宋时期，姚刘沙有韩侂胄庄、张循王庄、刘婕妤庄园，三沙有富储庄、宝成庄。可见南宋朝廷的权贵们身居杭州，对崇明这块江海沙洲还是青睐有加的，把囤积粮食和宝物的庄园都设在了这里。嘉定十五年（1222），姚刘沙废弃的韩侂胄庄园设为天赐盐场，隶属于淮东制置司，配备专门的盐丁、盐户生产盐业。可见南宋时崇明姚刘沙的盐业已是正规的产业生产了，而不是北宋时由犯人无偿煮盐的情况了，崇明盐业的大规模起步正是从南宋开始。
元朝至元十四年（1277），崇明镇跨级升为州，隶属扬州路，在姚刘沙天赐盐场建立州城。改崇明镇为西沙巡检司，西沙仅存的道安村改为道安乡。根据《大元混一一统志》记载，崇明升级为州以后，下辖有“三沙县、西沙县、东沙县”，建置一起升级。崇明人朱清开创海运和嘉定州（今为浦东高桥）张瑄为元朝大都（今北京）运送江南粮食，稳定了北方社会与经济。始发港是刘家港（今太仓浏河港），但使用崇明沙船及大量崇明人。
元末天下起义，崇明州两次归降张士诚、又两次归降朱元璋。至正十六年（1356）农历二月崇明州脱离元朝首先归降张士诚，这个月同时归降张士诚的还有太仓、嘉定、昆山、松江多个州县，这明确记录在《正德姑苏志》中。至正十九年（1359）岁在己亥，徐达的部将俞通海打了过来，崇明知州何永孚又投降了朱元璋。朱元璋很高兴，称崇明州“首创义举”乃是良民，赐匾额“东海瀛洲”，这是崇明又称“瀛洲”的开始。这件事被明确记载在《万历崇明县志》中。
但之后崇明州又投降于张士诚，这件事却被后来的明朝官方记载给刻意抹去了，所有至今可见的明清两代《崇明县志》中，对这一过程中的沿革、州官任职年表全都或语焉不详、或颠倒次序，让人弄得一头雾水，其实就是不想让后人明白地知道崇明州再次投降张士诚的事实。其实，元末的农民起义是具有这样的特点，那就是对各方都反复的投降或判离，明玉珍是这样、方国珍也是这样，连张士诚、朱元璋对于元朝的态度也是反复的起义、归顺、再判离。所以这在元末很正常，目的无非就是要保全自己、减小损失，崇明州因此两次归降张士诚、又两次投降朱元璋，在那个时代实属正常。到至正二十六年（1366）农历十一月，崇明州第二次归降朱元璋，这件事方才尘埃落定，可见元末争夺的激烈。
明洪武二年（1369），崇明降州为县，仍隶扬州路。洪武八年（1375），崇明县改隶苏州府。崇明降州为县的原因：一是因为元末战争动荡，人口大量流失，《正德崇明县志》记载元末崇明户籍人口“逮于季年，荡拆衰耗，十去八九”。崇明地区人口从元初至元年间的12789户，锐减到元末至正年间的2786户，的确是十去八九。二是因为江流潮水的关系，姚刘沙盐田坍塌，盐丁逃亡，明初撤销了天赐盐场，产业经济地位下降，因而降州为县。经过明初的休养生息和发展，至洪武二十四年（1391），崇明县户数恢复到14320户，人口86842人。
建文年间（1399～1402），在三沙西南30余里处涨起平洋沙。永乐十八年（1420），县城为海潮坍迫，县城二迁于北10里处秦家符（村）。弘治十年（1497），崇明县兼隶太仓州。正德年间（1506～1521），长沙露出水面，在平洋沙东南，该沙成陆后位置基本未移动。嘉靖八年（1529），秦家符县城坍没于海，县城三迁于三沙马家浜。嘉靖二十九年（1550）左右，姚刘沙坍没，三沙始坍。嘉靖三十四年（1555），县城四迁于平洋沙。在此迁城的过程中，倭寇登陆三沙水窦港进攻马家浜县城，知县唐一岑率领军民坚持巷战，以身殉国，崇明军民义愤填膺、同仇敌忾，把倭寇赶杀出城，获得胜利。唐一岑由此成为抗倭民族英雄，但他战死的地点是在三沙马家浜县城，之后是把他的陵墓一起迁到了新筑成的平洋沙县城。万历十一年（1583），平洋沙始坍，后来坍存部分渐与长沙接壤。万历十六年（1588），知县李大经将县城五迁于长沙，城周方圆4里7分，之后一直延续至今。随着县城的落定，崇明学宫于天启二年（1622）在东门外护城河边新建完工，历经岁月沧桑保留至今，门前杏坛皆植银杏，成为一大古迹。万历年间，崇明长沙最东部就到今天建设镇一带，西边有平洋沙，北边三沙、仙景沙等大小沙洲依稀存在。
明末清初，崇明东西各沙开始出现相互连接的趋势，并且在持续涨积中。清初顺治年间，郑成功曾三打崇明岛，崇明县城在总兵梁化凤的带领下抗击住了猛烈的进攻。张名振等南明将领攻打过崇明西部庙镇一带，皆被击退。至康熙前期，崇明长沙最东南边涨到今堡镇附近，为了防御南明的进攻，清廷在最东南角这里夯筑大型土堡，上面架起重型火炮、随时轰击来犯的南明战舰。像这样的土堡当时在整个崇明岛大大小小造了一圈围了起来，但在东南角此地筑就的是最大的一个土堡，因此这里后来民众聚居被称为堡镇。
雍正二年（1724），崇明县隶于太仓州。清代，崇明有不与清廷合作的隐士沈寓。也有雍正年间高中探花，后成为乾隆南书房讲师的沈文镐。长兴岛成陆于清咸丰年间（1851～1861），至今160年左右。横沙岛形成于清光绪年间（1875～1908），有130年左右历史。至晚清，崇明岛以平洋沙、长沙为主体基本形成现在形状。
1911年，沪军都督派遣民军赶走崇明镇台，建立民国县政府。民国时期，崇明县先后隶属于江苏南通、松江专区，后又划归南通。1926年9月，陆铁强、俞甫才建立了崇明县最早的中共党组织。民国时期，崇明县通了电报、电灯、电话，在堡镇开设大通纱厂等大型纺织厂，在县城开设有永兴染织厂、永兴北厂等中小型纺织厂。建立了近代医院、中小学等机构，近现代实业发展初具规模。
1949年6月2日崇明县解放，隶属江苏省南通专区。1958年12月1日，崇明县改隶上海市。20世纪50—70年代对崇明岛北部滩涂的围垦，才有了后来十几个农场的规模；80、90年代对团结沙、东旺沙的围垦，才有了后来的崇明东滩。2005年5月18日，经上海市政府报请国务院批准，原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区域，整建置划入崇明县。2009年11月18日，长兴撤乡建镇。至2016年6月底，崇明是上海16个区县中唯一的县。同年7月，崇明撤县设区。
□ 朱洪
