明·李梃《医学入门·脏腑相通篇》：“《五脏穿凿论》曰：心与胆相通，肝与大肠相通，脾与小肠相通，肺与膀胱相通，肾与三焦相通，肾与命门相通，此合一之妙也。”
《五脏穿凿论》已佚，作者不详。此论提出了一种有别于《内经》的脏腑经脉关系，与子午流注有关：
脏腑别通在图中形成旋转对称，由此可补出心包经与胃经的别通关系。心包不是脏，故《五脏穿凿论》不提心包。
若将上图的表里经脉分别置于内外两圈，再连接表里脏腑，可得下图：
绿线为经气循行的路线，互为表里的脏腑呈现出“直通”的关系；红线则为脏腑别通,用“穿凿”来形容真是恰如其分。此图亦为旋转对称。
肝与大肠相通，即厥阴与阳明相通；
心与胆相通，即少阴与少阳相通；
脾与小肠相通，即太阴与太阳相通；
肺与膀胱相通，即太阴与太阳相通；
肾与三焦相通，即少阴与少阳相通；
心包与胃相通，即厥阴与阳明相通。
《素问·阴阳离合论》：
“太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。
太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。”
故脏腑别通的本质即三阴三阳开合枢相通。
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子午流注纳支法
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时辰
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申
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酉
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戌
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亥
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子
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丑
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寅
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卯
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辰
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巳
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午
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未
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经脉
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膀胱
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肾
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心包
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三焦
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胆
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肝
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肺
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大肠
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胃
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脾
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心
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小肠
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配干
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壬
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癸
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丁
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丙
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甲
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乙
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辛
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庚
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戊
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己
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配数
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1
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6
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2
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7
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3
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8
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4
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9
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5
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10
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先天五行
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水
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火
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木
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金
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土
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君火
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注：水生于申，故从申时起排。
由上表可知，子午流注即先天五行遁入后天九宫十二支，实际上就是一种混天阴阳五行图式，故脏腑别通亦可在河洛混盘上表示：
图中红线为开，蓝线为合，绿线为枢。脏腑别通在此图中为轴对称关系。
一、针灸药治
1.肝与大肠相通
诸风掉眩皆属于肝，大肠经曲池穴能治疗各类头晕。曲池还能治疗肝阳上亢型高血压。《伤寒论》厥阴病篇，乌梅丸主久痢；白头翁汤则主热利下重（肛门坠重）。黄疸为肝胆病变所致，而《伤寒论》集中论述黄疸的条文（259、260、261、262）出现在阳明病篇。
2.心与胆相通
诸疮痛痒皆属于心，胆经风市穴“主中风，腿膝无力，脚气，浑身瘙痒，麻痹，厉风疮。”（《针灸大成》）风市还可治疗失眠、心脏病。胆经的病从心来治，如心经神门穴可治疗胸胁痛。心病从胆论治，如小柴胡汤、温胆汤治疗冠心病、心绞痛、心律失常、失眠等。胆病从心论治，如瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性胆囊炎。
3.心包与胃相通
心包经内关穴可治胃痛、各种胃病。胃经之足三里穴可治心脏病胸闷。《辅行诀》心包补方（旋覆代赭汤加减）主治气噫。《灵枢·口问》：“寒气客于胃，逆从下上散，复出于胃，故谓噫”。《伤寒论》厥阴病篇：“下利，谵语者，有燥屎也，宜小承气汤。”谵语属厥阴心包，“有燥屎”则属阳明胃家实，《温病条辨·中焦篇》：“阳明温病，下之不通，……邪闭心包，神昏舌短，内窍不通，饮不解渴者，牛黄承气汤主之。”
4.脾与小肠相通
《素问·脏气法时论》：“脾病者，虚则腹满肠鸣，食不化。”故脾虚泻泄灸小肠募穴关元，丙火生己土也。小肠经行经肩部，肩周炎可刺脾经阴陵泉、肾关。《吴鞠通医案·便血》：“毛，十二岁。癸亥十二月初二日。粪后便红，责之小肠寒湿，不与粪前为大肠热湿同科，举世业医者，不知有此，无怪乎十数年不愈也，用古法黄土汤。脾与小肠相通，即太阴与太阳相通，故太阴病有桂枝法。
5.肺与膀胱相通
肺主气，气喘刺背部膀胱经肺腧；肺主皮毛，膀胱经委中穴主治丹毒。肺为水之上源，通调水道，下输膀胱，故肺经列缺穴能治疗尿频、遗尿、小便热、尿血、阴茎痛等病症。尺泽穴能治腰痛，鱼际穴能治背痛。肺主气，膀胱藏津液，气化则能出。朱丹溪：“肺为上焦，膀胱为下焦，上焦闭则下焦塞。”提壶揭盖法即为朱丹溪所创。《古今医案按》：“朱丹溪治一人，小便不通，医用利药益甚，脉右寸颇弦滑。此积痰在肺，肺为上焦，膀胱为下焦，上焦闭则下焦塞，如滴水之器，必上窍通而后下窍之水出焉。以药大吐之，病如失。”肺闭则尿闭，肺虚则不能制约下元，《金匮要略》：“肺痿，吐涎沫而不咳者，其人不渴，必遗尿，小便数，所以然者，以上虚不能制下故也，此为肺中冷，必眩，多涎唾，甘草干姜汤以温之。”肺主皮毛汗孔，即主肌表，故麻黄汤既能发汗解表，又能宣肺平喘。
6.肾与三焦相通
耳为肾之官，三焦经绕耳而行，治疗耳疾常用耳门、翳风、中渚、外关、液门等穴位。三焦经的原穴阳池，五输穴关冲、液门、中渚、支沟、天井，都与水（肾）有关，中渚穴能治腰痛。三焦经与阳维脉交于外关，《灵枢·本脏》提出：“肾合三焦、膀胱”，《素问·灵兰秘典论》亦将此三者放在十二官之末合论：“肾者（子），作强之官，伎巧出焉。三焦者（申），决渎之官，水道出焉。膀胱者（辰），州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”申子辰即三合水局，《本草纲目》：“时珍曰：牡丹皮治手足少阴、厥阴四经血分伏火。盖伏火即阴火也，阴火即相火也。古方惟以此治相火，故仲景肾气丸用之。后人乃专以黄柏治相火，不知牡丹之功更胜也。此乃千载秘奥，人所不知，今为拈出。”——象数中医
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