Cytoscape从入门级到骨灰级，你不得不知道的事情

Jessiee_ 2018-09-18

展开全文

作者：omicsPie管理员纪剑（对话框输入名字获取联系方式）

手把手教你玩Cytoscape-2

说到cytoscape肯定很多人都不陌生，派派也已经发过两个与之相关的文章。

你想要的网络分析工具

[重磅]手把手教你玩Cytoscape

今天，小编就介绍一个做高逼格的使用Cytoscape做炫酷的网络通路图小技巧。让大家了解了解小编认知范围内的入门级到骨灰级过程。我们先看看入门级Cytoscape作图一般会是神马的效果，请看下图：

入门级

下面我们分析这张网络关系图存在主要问题，（1）Node参数设置过于单一，比如Node size没有参数意义，Node Color和Border Paint没有做参数设置，甚至Node Shape过于单调，显得整体效果过于简单，毫无凸显张力。（2）Node Label过于复杂，将所有的物质的名字都标记在通路上，更不能突出先哪些是需要让别人关注的，哪些不是那么重要需要隐藏。（3）Edge的参数没有根据生物学的价值或者参数去设置，都是用实线链接代谢物，不能展示代谢物之间的网络关系。说到代谢物之间的网络关系以及提到的，可以查看之前的派派的文章《你要的网络分析工具》。

专业级

第二层次的代谢网络分析，往往会关注通路中代谢物的FC的变化，将FC的变化匹配到Node size上面去。比如这里，小编把FC值（中位值计算FC避免异常值干扰）作为Node size的参数，将Mapping Type设置成Continuous Mapping通过设置FC值和Node size的分段式线性关系，来调整Node大小。这里有人会问为啥要设置分段式线性关系，小编理解为，一般认为FC大于某一个值，比如2或者5，之后就认为是具有一定的差异性,。而FC=100或者200以上，已经对差异性特征没有太大的改变，影响的只是变化程度，这种程度特征与是否差异的特征需要不同的线性关系来表示。所以在Node size设置，一般建议使用两段式折线完成设置。此外，在Label的设置过程中，引入概念比如FC>2且P<0.05的代谢物才能被Label，如果这样的物质依然很多，小编建议仅仅Label前5-10个代谢物，这样整张代谢通路图显得干净明了。

大神级

第三层次玩家，大神级的玩家，往往会通过调整Fill color来完成对视觉效果的冲击，这里涉及美学，小编愚钝仅仅通过蓝色、红色和黑色来完成对颜色设置。（1）关于Fill color的设置，小编以前通过设置Mapping Type为Discrete Mapping的方式，这样颜色参数就成R中的as.Factor，大家都知道Factor不连续的，这时候设置颜色的时候只能是按照factor的数量来设置颜色，比如上调可以设置成红色，下调设置成蓝色，如果没有变化趋势则设置成灰色或者黑色。这样从一定程度上能实现颜色的特效表过，看起来也有一定的冲击，但是从美学角度来说则显得过于单调。（2）那为何不能将Fill color的Mapping Type设置成Continuous Mapping呢？小编通过一段时间摸索（学习高质量的Cytoscape图的效果，可以参考Cytoscape官方推特），可以通过log10转换把p值转成以0为对称的连续性分布形式，然后通过将Fill color设置成Continuous Mapping，再进行分段式颜色设置，比如将0值设置成白色，正值最大设置成红色，负值最小设置成蓝色，再通过适当的添加多条线性关系来调整颜色，显示颜色的Continuous Mapping。请参看下面效果图（直接忽略小编的审美与配色）：

效果图

第四层骨灰级玩家的不仅仅是在Node的参数上做文章，但是Node还有很多参数我们可以设置，比如shape，比如Node Border Paint和Width等等，甚至包括Transparency，小编也有尝试，不过介于没有那么多的Meta参数需要表现出来，很多参数不一定用的到。有兴趣的小朋友可以尝试通过将p值映射到Transparency，然后将Shape与代谢物的分类信息结合，效果可能会更炫酷。此外就是Edge的设置，主要是代谢物之间的链接关系，设置小编设置了KEGG网络关系和Pubchem化合物相似度关系。当然，Line Type，Font Size也可以对应到相关Meta信息中去，比如Line Type为虚线表示KEGG中的酶促反应关系，实线为HMDB或者MetaCyc中收录的酶促反应关系等。再配上一些关于代谢物分布特征则可以彰显一张炫酷代谢通路网络分析图（小编用的代谢物只有100个做演示，如果有300 以上的代谢物，代谢网络图将更加复杂炫酷）。