在该文章中，科研大神们研究了LncRNA HOXC-AS3与胃癌的联系，发现HOXC-AS3可能在转录水平上起主要调节作用，并经过试验验证HOXC-AS3通过转录之后调控其他基因来参与胃癌的发生，该研究内容较多，也较深入，那今天我们来看另外一篇高分文章，与之前文章的研究思路作比较，总结关于LncRNA的研究思路可以有哪些。文章：H19 Induces Abdominal Aortic Aneurysm Development and Progression 期刊：《Circulation》 影响因子：18.88 该文章研究的是lncRNA H19与腹主动脉瘤（AAA）发展的联系，我们来看文章的具体内容： 1. 作者建立了两种动物模型，首先在小鼠模型中进行RNA测序，发现lncRNA H19是AAA组织中上调的转录因子之一； 但在PPE输注的另外的小鼠模型中发现了三个有关的上调LncRNA，但是因为lncRNA H19在小鼠和人类样本中是最显著上调的IncRNA，故选它作为研究对象； 之后研究人员设置了体内敲除lncRNA H19实验以及原位杂交实验，结果表明，H19表达在扩张的主动脉组织中的内侧SMC中显著升高； 2. 研究人员又采用动态活细胞成像系统观察到H19的过度表达导致SMCs细胞凋亡增强和增殖率降低。敲除H19抑制SMC凋亡，但未观察到对增殖率有显著影响，这些数据表明lncRNA H19可调节平滑肌细胞功能； 3. 大量研究表明H19可能作为miR-675的贮存器发挥作用，用lncRNA H19野生型载体（H19 wt）或lncRNA H19突变株转染培养的hAoSMC，来评估miR675在H19介导的SMCs效应中的作用，结果表明在AAA发育过程中，H19对SMC的影响与miR675无关； 4. 接下来作者进行了分析和推测，提出H19可能通过改变转录因子调节SMC细胞凋亡，并确定了几个转录因子； 设计RNA阵列来研究H19过表达和敲除后SMC中转录因子表达的变化。结果表明HIF1是唯一的差异调节因子；之后使用siRNA诱导HIF1α的抑制，证实HIF1α介导H19的作用； 为了进一步探讨HIF1α触发SMC凋亡的机制，作者进行了HIF1α过表达，或者通过AAA相关因子AngII诱导其表达，由此引出与促凋亡蛋白Bcl-2启动子区相关的p53结合位点； 5. 用qRT-PCR评估小鼠和人AAA样品中HIF1α和凋亡相关基因的表达，结果表明H19，HIF1α和BAX均表达上调，而抗凋亡蛋白BCL2在鼠AngII和PPE模型以及人主动脉瘤中均显著下调，H19和HIF1α在两种小鼠模型中诱导一致，而已知HIF1α下游靶标的特定变化在不同的模型中不一致，说明这些变化可能与模型相关而不是呈HIF1α依赖性； 6. 之后作者通过PPE灌注在野生型（WT）或Ldlr-/-Yucatan迷你猪中诱导AAA，与假手术组相比，H19的表达显著上调，同时PPE诱导的AAA中HIF1α的表达增强； 7. 之后研究人员利用原位杂交（ISH）和邻近连接测定（PLA）来评估H19和HIF1α之间的物理相互作用，结果表明AngII治疗以及H19的过表达显著增强了H19和HIF1（主要在细胞质中）之间的相互作用； 8. 作者又设计了生物素标记的ISH探针，靶向HIF1α启动子区域，在细胞核中证实了Sp1和H19之间的相互作用模式。然后使用在启动子区域含有HIF1α wt或Sp1结合位点突变体的荧光素酶报告基因测定法。观察发现Sp1和H19过表达的组合处理显著增加了转录活性，这表明H19可促进Sp1与HIF1α启动子区域的结合； 9. 此外，作者使用LongTarget工具预测H19-HIF1结合模式，这些数据表明，H19通过招募Sp1启动子区域增强HIF1γ转录。 现在我们来总结下，上篇文章中，作者首先采取生信分析方法在胃癌表达谱中确定一个高表达的LncRNA，接下来验证，验证完后探讨其机制，重点就在这里，上篇文章中，作者先做推测该LncRNA在顺式元件中起作用，然后做实验证实该推测判断错误，说明该LncRNA可能在转录水平上起主要调节作用，之后又深入做实验证实了该结论； 而在本文中，作者建立了两个不同的诱导动物模型，这就成为了该文章的加分项之一，然后作者确定了要研究的LncRNA之后，也进行了细胞实验验证其功能，之后推测其作用机制。 这篇文章的重点就在这里，经过分析确定了有可能与之相关的miRNA，但实验证明该LncRNA对肿瘤的影响与该miRNA并无联系，于是作者进行了分析和推测，提出H19可能通过改变转录因子来调节SMC细胞凋亡，之后设置实验证实H19促进HIF1α的转录，并且可以调控其翻译后在细胞内的定位，如下图所示： 所以，上篇文章中，是关于lncRNA在转录水平上的调控作用，而该篇文章中是关于lncRNA促进HIF1α的转录，且在翻译后进行调控，那你学习到了吗？ 看来，想要发高分文章，普通的套路是不行的，思路才是最重要的，你有什么想法，在留言区与小编一起讨论吧~ |
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