黑木耳常受虫害侵害，如多菌蚊、黑腹果蝇、螨虫、蛞蝓、跳虫等，不仅危害菌种，降低产品质量，还导致流耳和杂菌侵染。所以，防治是关键。
多菌蚊
多菌蚊幼虫为害菌体和耳片，危害菌种时，将菌丝体蚕食尽：耳食耳片时，在耳片表面咬出许多凹槽，从而降低产品质量，还导致引起流耳和杂菌侵染。
（1）生活条件
适宜于中低湿环境下生活，在湿度为15℃～25℃之间为活跃期，成早在耳片或袋口上产卵，幼虫取食耳片，喜在潮湿环境下生活。
（2）防治方法
培养室和出耳室在使用之前，清扫净废旧菌渣，并喷酒杀虫剂如3000～4000倍溴氯菌酯液等杀虫剂，杀灭害虫。
出耳期间，干湿交替地进行水分管理，避免耳片表面水分过多，恶化多菌蚊幼虫生活环境条件。
出现害虫危害后，摘除虫害耳，杀死害虫，清洗干净耳及时晒干。
黑腹果蝇
黑腹果蝇宜幼虫咬食菌丝和耳片，在耳片上吐丝成网，将耳片咬成凹横斑，被害部位发黏，呈糊状，从而降低商品质量。
（1）生活条件
在16℃－20℃之间大量繁殖取食、以蛹或幼虫越冬，每年发生2－3代。
（2）防治方法
参照多菌蚊防治方法
螨虫
危害黑木耳的螨虫主要为木耳卢西瞒、螨虫取黑木耳菌丝体，从事菌丝体消失，同时、也危害耳片，使耳片呈干朽状，生长停止，并导致木霉等杂菌侵梁。
（1）生活条件
在夏季发生为害，喜高温、高湿环境。
（2）防治方法
菌袋培养室和耳房在使用之前，清扫净杂物，并喷洒杀螨类药物如1000倍食用菌专用杀虫剂或2000--3000倍螨即死等，密闭好的培养室可用磷化铝密闭熏杀。
出现螨虫为害后，及时将菌种搬出，高湿杀天。耳片上出现虫危害后，及时摘除。
蛞蝓
又叫鼻涕虫、悬达子，粘粉虫，软蛭等，蛞蝓取食耳片，找出制品，使耳片变为黑色，降低产品质量。常见的有野蛞蝓和双线蛞蝓等。
（1）生活习性
适直在中湿阴湿的环境下生活，昼栖夜出，白天潜伏在阴暗潮湿的草丝、石块、砖块和土穴中，夜间出来寻食。
（2）防治方法
清除杂草、瓦块和砖块，并在四周散上石灰粉或菜籽饼粉形成隔离带。
出现危害后，在菌床上喷洒10％食盐水，或者将石灰粉撒在蛞蝓出入口和蛞蝓上杀灭。
在菌床四周放上新鲜蔬菜或青草，引诱取食后集中杀灭。
跳虫
该害虫为害耳片，群居危害，造成产量下降，降低商品价值。常见跳虫有紫跳虫、角跳虫、黑角跳虫、黑扁跳虫和菇疣跳虫等。
（1）生活习性
跳虫常生活在枯木、垃圾、堆肥和废弃菌渣等腐朽物和阴暗的环境中。生活的适宜环境为20～28℃，1年可繁殖6～7代。行动活泼，喜跳跃，一旦受到震动后，立即跳离。
（2）防治方法
耳房在使用之前，清扫菌渣和各种腐败物，并喷酒25003000倍液溴氯菊酯等农药杀灭。
出耳期间，出现跳虫后，将农药喷洒在纸上并滴上数滴糖蜜，分放在耳房内进行诱杀；或在耳房内放置装有水的盆，让跳虫跳入水中后再杀灭。
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