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根据病毒复制水平、机体免疫系统状态和肝损害情况，乙型肝炎的疾病发展过程一般可人为地划分为4个期，即免疫耐受期、免疫清除期、非活动期或低(非)复制期和再活动期。 免疫耐受期 又称慢性携带期，该期携带者乙肝五项多为“大三阳”。 免疫耐受期的特点是血清HBsAg和HBeAg阳性(即“大三阳”状态)，HBV DNA载量高，但血清谷丙转氨酶(ALT)水平正常，肝组织学无明显异常，或轻度炎症坏死、无或仅有缓慢肝纤维化的进展。
免疫清除期 随人体免疫系统的觉醒，机体开始识别并清除HBV，免疫应答强的个体可清除HBV；免疫应答弱的个体不能清除HBV，成为慢性乙肝。 HBV-DNA载量较高，谷丙转氨酶持续性或间歇性升高者，可出现肝组织学坏死炎症、肝纤维化可快速进展，部分患者可发展为肝硬化和肝衰竭。 非活动或低(非)复制期 非活动或低(非)复制期表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性(即“小三阳”状态)，HBV DNA持续低于最低检测限，ALT水平正常，肝组织学无炎症或仅有轻度炎症；大部分此期患者继续发展为肝硬化和肝癌的风险大大减少。
再活动期 部分处于非活动期的患者可能出现1次或数次的肝炎发作，多数表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性，HBV DNA活动性复制、ALT持续或反复异常；这些患者发展为肝硬化和肝癌的风险较大。 青少年和成年时期感染HBV，多无免疫耐受期，而直接进入免疫清除期。 免疫耐受期患者通常不需要治疗，但需要在专科医院进行监测随访；免疫清除期、非活动或低(非)复制期和再活动期患者则需进行专科评估并考虑抗病毒治疗。
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