【原】还用DAVID做通路富集真是Out啦

解螺旋公众号·陪伴你科研的第1884天

希望这样的国产生信工具越来越多，越来越好。

DAVID 作为一个基因功能在线注释网站知名度还是很高的，但是笔者也不得不吐槽它的更新速度，现在已经是9102年了，上一次DAVID更新还是2016年10月，还是因为有人在《Nature Method》上发文正面怼了才更新的。

另外KEGG自2012就不再提供免费下载了。在这个生物信息日新月异的时代，使用3年的前的注释信息对手中的结果进行注释，笔者表示瑟瑟发抖。

今天笔者就给大家介绍一款功能强大，注释信息全面且更新及时的优秀国产富集工具：KOBAS 3.0（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php）。该工具是出自北京大学魏丽萍教授团队。

网站首页功能介绍如下：

1. 基因注释功能使用介绍如下：

点击Pathway的details，结果如下：

点击Disease的details,结果如下：

点击GO的details，结果如下：

2. 使用Gene-list Enrichment功能时，只需要提交1. Gene list；2. Gene list类型；3. 物种名称；4. 选择数据库。然后就可以拿到你的结果！

3. 使用基因表达数据进行富集时，只需要提交基因表达数据文件和样本分组信息，然后设置数据类型和数据库，就可以“Run”。

我们以Demo数据为例，Run完后，就会跳出下载框。

下载结果文件就可以查看你的富集结果啦！

另外，KOBAS还提供本地版的分析软件哦，下拉还可以找到基因集信息！

最后，不同基因名类型之间的转换，可以使用在线工具“gprofiler”

http://biit.cs./gprofiler/convert

祝大家都有好的结果！

—END—

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