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与结肠癌预后相关的lncRNA，miRNA和mRNA形成 竞争内源性RNA网络 今天小编跟大家分享一个19年7月17号发表（Provisional）的ceRNA的文章。 这个文章做的也是ceRNA分析，不过它不同的地方在于不是类似其他的ceRNA套路（附推），通过筛选差异的mRNA、miRNA、lncRNA，然后构建网络，然后各种降维做预后分析，最后落脚点在lncRNA上。 这个文献筛选完差异之后，分别对mRNA、miRNA、lncRNA做预后分析，分别筛选跟结肠癌预后相关的mRNA、miRNA、lncRNA，然后再构建ceRNA网络。这个ceRNA网络就真的完完全全是跟预后相关的ceRNA网络了。用作者的原话说就是构建了一个多组学的风险评估模型。 This study identified several potential prognostic biomarkers to construct a multi-RNA-based prognostic model for colon cancer. 技术路线 1 数据评估和获取 评估标准： （1）样本有完整的性别、年龄、肿瘤状态和分期、组织学类型 （2）样本有完整的lncRNA-seq, mRNA-seq and miRNA-seq （3）随访时间>30d 结果：case: 473 control: 41 2 差异表达RNA筛选 使用R包：edgeR 筛选差异lncRNA, mRNA and miRNA 3 单因素生存分析找出与预后相关的RNA 4生存相关mRNA基因构建PPI互作网络、功能富集分析 5建立生存风险评分模型 用预后相关的lncRNA, mRNA and miRNA做cox多元回归分析 6:构ceRNA网络 |
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