【原】mirbase数据库简介

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库，该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下

http://www./index.shtml

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息，以human为例， 在Browse菜单中，可以检索到hman的所有miRNA前体，示意如下

ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million  mapped的缩写，代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息，Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息，在详情页面，可以得到这个miRNA前体对应的基因，序列，茎环结构等信息

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库，示意如下

miRNA靶标注释可以分成以下两大类

1. validated targets

实验验证的靶标结果，对应的数据库如下

• MIRTARBASE

• TARBASE

2. predicted targets

软件预测的结果, 对应的数据库如下

• DIANA-MICROT

• MICRORNA.ORG

• MIRDB

• RNA22-HSA

• TARGETMINER

该数据库是免费下载的，ftp地址如下

ftp:///pub/mirbase/CURRENT/

mirbase数据库还可以为新发现的miRNA指定名称，首选在线提交你的novel micoRNA 的序列，格式如下

然后会以邮件的形式，给你的新的miRNA 进行命名, 格式遵循miRNA命名的统一规范。

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