名称:GSCALite 网址: 这个网站不仅可以做表达分析,还能进行生存、通路活性分析、药物敏感性分析等等大神级别操作,话不多说,快上车!
网站使用了多个数据库!省时省力! 当你的同学正在下数据、搞代码、因程序错误而崩溃时,你除了可以找易生信( 输入想要研究的基因组数据(想输多少个就输多少个,但是不能少于五个)。 分别选择癌症类型(下拉底部有正常组织数据)和分析选项,在右侧就会显示出来,注意观察下方是否显示有无效的基因,要及时修改。 点击 结果分为三大模块:
三、GTEx Normal Tissue 肿瘤和正常组织对比,横坐标为癌症类型,纵坐标为研究的基因,圆圈的大小代表FDR值的大小,颜色显示log2 FC的大小,数值越大颜色越红。从这个图表中我们可以看出基因数据在那组癌症中具有显著的研究意义等。 若要下载图标,点击左上角的下载图标,还可以按照个人需求更改表格大小参数。 点击我们还可以查看表格形式数据,包括Fold Change、P-value、FDR等具体信息都有体现。 在生存分析选项,从颜色上就能转的区分处哪些是生存较差的指标,圈的大小代表P-valu的-log10数值大小。
从SNV百分比率分析图表可以直观地各基因在不同癌症类型中突变频率大小,突变频率越高红色越深,上方还直接的显示出了样本数量。
浅红色的Hete Amp代表杂合扩增;浅绿色的Hete Del代表杂合缺失;深红色的Homo Amp代表纯合扩增;深绿色的Homo Del代表纯合缺失;灰色代表无CNV发生。 后面还会单独列出杂合CNV和纯和CNV点状图,蓝色代表CNV缺失,红色代表CNV扩增,点越大表明突变率越大。 拷贝数变异与表达的相关性:蓝色代表正相关,红色代表负相关,颜色越深相关性越强。点的大小代表统计学意义,点越大统计意义越显著。
这个漂亮的网络是用networkD3 R软件包生成的,如果你需要为自己的论文获得一个不错的miRNA调控网络,那将是一个不错的选择。在该网络中,节点大小与节点的度成正相关。子组是通过igraph R程序包通过随机游走在图中获得社区而生成的,并以不同的颜色显示。 根据GDSC / CTRP IC50药物数据对基因进行药物耐药性分析。Spearman相关性代表基因表达与药物相关。正相关意味着基因高表达对药物具有抗性,反之亦然。 热图可提供所选组织中基因组的表达谱,在此处,将以热图和箱形图的形式显示所选GTEx正常组织中查询基因集的表达谱和基因集变异分析得分。 这个网站的优势就在于涵盖了多数据库,而且还可以集SNV、CNV、miRNA互作用、与药敏研究于一身,是生信文章分析、实验前指标筛选、基因通路预测的完美工具。这么多分析功能的科研神器,相信将来你一定会用到。 喜欢这样的数据库很吗?你的数据也可以做到!——两篇NAR的数据库(点击蓝色字体了解详细。) 完 |
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