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论文：CD19-CAR-T免疫治疗B型ALL的转录和调控网络分析，更多信息如下图所示。 摘要
嵌合抗原受体(CAR)T细胞治疗在临床试验中显示出显著的抗肿瘤作用。 在本研究中，我们报告了4例B细胞急性淋巴细胞白血病(B-All)患者CD 19特异性CAR-T治疗前后骨髓细胞转录谱。CD 19-CAR-T治疗明显减少白血病细胞数，3例骨髓缓解(微小残留病阴性)。CD 19-car-T治疗B-ALL的疗效与car和免疫细胞亚群(CD8)的丰度呈正相关。+T细胞和NK细胞，在骨髓中。 CD 19-CAR-T治疗主要影响与细胞周期和免疫反应途径相关的基因的表达，包括NK细胞介导的细胞毒性和Nod样受体信号通路。调控网络分析表明，作为癌基因或肿瘤抑制因子的microRNAs(例如miR-148 A-3p和miR-375)可以调节CD19-CAR-T治疗中编码转录因子(TFs；如Jun和FOS)的基因与组蛋白(如HIST1H4A和HIST2H4A)之间的串扰。 此外，许多长的非编码RNA与TFs或组蛋白(如FOS和HIST1H4B)高度共表达，并与免疫过程有关。这些转录组分析为进一步了解CAR-T免疫治疗的基因表达及相关机制提供了重要线索。 关键词：B-ALL；CAR-T；调控网络；转录体谱；INcRNA。 
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病人登记本试验的所有程序，包括样品收集、加工、冷冻和实验室分析。等。，在中国武汉联合医院中心实验室按照既定的标准操作程序和规程进行。华中科技大学和武汉联合医院伦理委员会审查并批准了这一试验。所有参加本试验并接受治疗的患者在参加试验前都给予书面知情同意。所有临床调查均符合“赫尔辛基宣言”。只有复发或难治性B-所有标准治疗后的患者被认为有资格接受CD 19-CAR-T治疗。 CD 19 CAR-T细胞的制备及融合CD 19-car转基因由5部分组成：CD 19单链可变片段、CD8铰链、CD8-α跨膜、4-1BB共刺激结构域和CD3-zeta链)。转基因被构建成慢病毒载体，然后按照武汉西安医疗技术(武汉，中国)的协议转入供者T细胞。简单地说，白细胞是从病人的血液中分离出来的，剩下的血液则返回到病人的血液循环中。随后，白细胞与编码CAR的慢病毒载体共同孵育10天。 为提高car-T疗法的疗效，对患者进行了预处理化疗(30 mg/m)。2氟达拉滨和750毫克/米2西妥昔单抗(西妥昔单抗)连续5天，将MRD控制在20%以下。随后，患者接受CD 19-CAR-T细胞的分馏输注(D1为1/3剂量，D2为2/3剂量)。 临床和生物医学检查在D0、D14和D30上采集PB和BM样本。CAR-T细胞培养后CAR-T细胞和正常细胞的百分比体外用流式细胞术测定D14患者外周血和骨髓中的扩张率(D0-EV)。应用流式细胞术(FACSAriaⅡ，BD制药，圣地亚哥，CA)在D0和D30上检测骨髓中MRD的含量。2周后MRD<0.5%者为CR。.的存在bcr-abl 用实时PCR系统(StepOnePlus，Application Biossystems)检测骨髓标本中bcr-abl融合基因的存在。计算肿瘤负荷(TB)，计算肿瘤细胞在D0的骨髓标本中占所有有核细胞的百分比。用ELISA法测定外周血中细胞因子的浓度，并用CRS分级(1~4)进行相应的评定。 RNA测序用标准TRIzol法从4例D0和D14患者骨髓标本中分离出总RNA。用Agilent 2100生物分析仪测定RNA质量。根据Illumina的TruSeq协议构建RNA-seq(Ribo-Zero)和小片段RNA测序文库.在BGI-深圳(武汉)的Illumina HiSeq平台上，采用2×150 bp的配对策略对图书馆进行了测序。基本调用使用IlluminaCasava v1.8.2管道执行。 转接器修剪后或多个低质量碱基(质量分数为≤5和低质量碱基的比例>10%)的rna-seq读数<35 bp。对于小的RNA序列读取，我们筛选出含有任何N碱基或长度>40 nt或<17 nt的读物。计算清洁序列读取的Q20、Q30和GC含量。所有的下游分析都是基于清洁和高质量的测序读取。 生物信息学分析应用不同的生物信息学工具对CAR-T输注后第0天和第14天的骨髓测序数据进行分析。转录组分析的详细步骤，如基因/miRNAs表达分析、免疫细胞比例估计、功能丰富分析和共表达调控网络分析。 作者文章附有生物信息的详细分析，限于篇幅，小助理就不放上来了，可以后台联系小助理或者直接去pupmed查询. 数据可用性本研究中的测序数据已存放在基因组序列档案中。 看完你有什么想法吗？点击【写留言】告诉我们吧 科研路漫其修远兮，吾将上下而求索，有烦恼苦闷或者有趣好玩的事情记得告诉小助理，希望陪伴您一起成长。 踌躇满志无限期 扬帆起航正当时
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