治理基础设施薄弱。在城乡分割的户籍制度下，长期以来我国形成了城乡二元结构的基层治理体制。这就导致城乡居民在收入、消费、就业、教育、医疗、社会保障等方面存在诸多差距，农村公共服务供给的数量质量与城市相比也有较大差异。而基础设施作为保障基层民众日常经济社会活动正常化的公共服务系统，是基层治理现代化的引力基础。改革开放以来，尤其是党的十八大以来，党和国家在政策上向农村倾斜，加大了对基层（特别是农村）发展建设的人力物力财力支持。但短期内基层治理基础设施整体依然薄弱，加上治理资源的分散化和碎片化，增加了基层治理成本和治理难度，从源头上延缓了基层治理现代化进程。
治理资源相对短缺。丰富的人力和物力是基层治理现代化的资源基础，其中人力资源是第一资源。但是从总体上看，当前基层治理资源相对不足。综合实力相对羸弱的现实使得基层在优秀人才包括医务人才的培养上面临成本高和难度大的双重压力。此次疫情武汉等地出现的医疗“挤兑”现象，与基层医疗卫生资源不足有着重要关系。同时，来自城市的虹吸效应往往促使基层（尤其是农村）居民“用脚投票”，农村面临空心化的窘境。此外，相对落后的综合实力也大大地消解了基层对外来资本的吸引力度。囿于人才短板和基础设施薄弱等要素掣肘，基层政府缺乏底气和魄力，在企业政策支持、设施保障、税收优惠和用地倾斜等方面难以形成优厚引力。在内部资源难以保留和外部资源难以引入的双重压力下，基层治理现代化的推进缺乏必要的资源支持。
治理观念转变滞后。基层治理现代化需要理念先行，理念是基层治理现代化的重要推力，但是当前基层治理普遍存在观念转变滞后，尤其是法治观念滞后的问题。这次疫情发生以来，一些地方对突如其来的疫情进退失据，出台的一些防控措施朝令夕改，一些地方甚至出现了严重妨碍疫情防控的违法犯罪行为。广大基层（特别是农村）居民大多文化水平不高，新生代农民工受教育程度也以初高中为主。这一现实，限制了法治理念在基层的传播和扩散。与此同时，长期以来差序格局维持着地方秩序，而这种秩序本质是建立在熟人社会之上的。对熟人社会来说，家族、人情和资质是“规矩”设立和实施的重要考量因素，这使得以乡贤、宗法和能人为代表的“人治”理念在基层根深蒂固，作为外力输入的法治秩序难以被充分接受和吸收。
治理能力建设不足。基层治理能力建设是国家治理能力建设的重中之重。随着新型城镇化的发展和区域发展竞争压力的加剧，基层治理现代化面临着严重的能力建设不足问题，主要表现在经济市场化导致的利益冲突与基层政府的调控能力不对称，新型城镇化建设中的盲从、短视和贪大求快行为，制约了基层政府潜在治理能力的有效发挥等方面。更重要的是，基层治理存在的体制机制弊端，特别是形式主义、官僚主义致使治理效能低下。加上基层治理过程中“一把手”现象突出，治理制度化建设不够，基层治理多以政绩为导向，使得基层以环境生态和文化建设为代价换取经济发展的问题较为突出。
加强党的领导。党组织是基层治理的核心力量，基层党组织能否发挥核心作用，直接关系着基层治理现代化的实现与否。应将加强党的领导贯穿于推进基层治理现代化的全过程，推动基层党建与基层治理深度融合，建立有效的协同治理机制，发挥基层党组织的引领作用和党员的先锋模范作用。基层党组织一方面要贯彻落实党的决定，在引领基层治理中破解不同主体的利益冲突，建立健全利益表达、利益协调、利益保护机制，引导群众依法行使权利、表达诉求、解决纠纷；另一方面要进一步加强对党员的思想教育，强化党员组织群众、宣传群众、凝聚群众和服务群众的意识和责任，以开放性架构吸纳社会力量参与基层治理，形成党委、政府与社会分工负责的局面，并最终实现党组织领导下的社会各方共管共治、优势互补和无缝协作的治理过程。
整合和共享治理资源。整合和共享治理资源是基层治理现代化的应有之义，只有不断提高治理资源的整合和共享水平，才能实现基层治理的良性发展。为此，必须改变基层治理重城市、轻农村，城乡分治的做法，通过体制改革和政策调整，整合城乡治理资源，清除城乡之间的樊篱，把城乡作为一个整体纳入基层治理中，逐步实现城乡规划一体化、基础设施建设一体化、基本公共服务一体化。并在此基础上，深化户籍制度改革，实现城乡居民间的户籍平等和身份平等，建立城乡统一的基层治理机制，夯实基层公共服务能力基础。大数据时代信息共享是治理资源整合的重中之重，必须建立基层治理的数据平台，建构跨部门、跨层级的信息共享、数据同步、业务协同的信息通道，推动基层治理信息的融合共享，使治理主体形成合力，为基层治理现代化提供信息支撑。
凝聚和汇集治理合力。人治与法治是人类为克服自身缺陷而采取的不同治理模式，就其本身而言并无优劣之分，问题在于通过什么样的治理模式达到善治。我国是一个具有五千多年文化积淀的国家，几千年的人治历史和儒家文化底蕴使得人治思想在中国根深蒂固。除了治理观念的变革，推进基层治理现代化还必须凝聚和汇集治理合力。为此，应进一步加快基层基础设施建设，强化乡村教育振兴，开发并依托当地人才，就地取“才”，多方聚“才”，实践育“才”，重贤用“才”，培育新乡贤和干部等力量，引导民众逐步形成学法、懂法、守法、讲法和用法的习惯，为逐步建立健全自治、法治、德治相结合的治理体系打好基础。
提升和夯实治理能力。中共中央、国务院印发的《关于加强和完善城乡社区治理的意见》指出，提升城乡社区治理水平，需要增强社区居民参与能力、提高社区服务供给能力、强化社区文化引领能力、增强社区依法办事能力、提升社区矛盾预防化解能力、增强社区信息化应用能力。推进基层治理现代化，同样需要重视这些治理能力建设。提升和夯实基层治理能力的建设过程，是一个价值导向调整优先于治理技术革新的过程，因此要特别重视基层治理能力建设的制度建构。与此同时，在高度复杂和高度不确定性的社会环境中，基层治理必须通过技术创新来实现对环境的适应。为此，要善于利用大数据、人工智能等高科技手段完善矛盾纠纷源头预防、排查预警、多元化解机制，打破空间区隔、信息区隔，提高治理的准确性和回应性，增强治理的智能化。
