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作者：解螺旋.燕子 转载请注明来源：解螺旋，医生科研助手 搞精准医疗，手里没有几个得力的人类遗传变异数据库怎么行？人类基因组中单核苷酸的变异达百万。通过高通量测序很容易确定这些变异，而解释它们却是一个艰巨的难题。如果想要通过疾病的分子过程来确定更好的临床方案，那么就必须了解人类遗传变异的影响。 如果遗传变异的数据信息的数据获取方法能够对所有人开放获取，那么这方面的研究会发展的更快！ 现在有数百个遗传变异数据库，它们有的是人类基因组变异群中的一个子集；有的囊括整个的人类基因组。它们为基础研究和临床医生都提供有价值的资源，合作医疗个体化用药的分子药学实验室的Heidi说，对于大多数变异体而言并没有真正的真理，其大多数说法都是基于一个专家评估证据的指向。 因此重要的是要知道其内容、质量管理方法以及了解不同数据库中最优的数据并将其整合到基础研究和临床工作中。 OMIM和HGMD的局限 在线人类孟德尔遗传（OMIM）是最常用的遗传变异数据库，其包括超过15000个人类基因的详细目录以及从1960年以来所发现的遗传变异，现在OMIM由约翰霍普金斯大学医学院的研究人员策划。OMIM包括一组代表性的变异，解释基因与疾病的关系以及疾病机理。 人类基因突变数据库（HGMD）,成立于1966年，由英国加的夫的医学遗传研究所维持，其包括有同行评议文章中所涉及的人类遗传性疾病中174,000个生殖系变异。 虽然这些数据库都提供了一些重要的资源，但是它们并不是没有缺点。2011年Bell等研究显示，27%的注释为隐性致病基因是不正确的。2013年，Dorschner等重新审核由于诱发疾病被引入HGMD中的一些主要文献中涉及的变异发现只有7.5%是相符的。Bell等认为OMIM 和HGMD数据库并不是某变异诱发疾病的充分条件。 HGMD对于用户的另一个缺点是，其全部的内容只能通过订阅的获得，由于不能持续更新只能免费获取部分资料，而且不提供染色体坐标也没有搜索功能。 ClinVar的诞生 OMIM和HGMD的现状增加对更全面、集中的疾病与遗传变异信息的需求。2012年美国国立卫生研究院（NIH）成立ClinVar，一个免费的数据库，旨在解释生殖系和体细胞变异的临床效应。其最初是接收OMIM和特异基因数据库的数据，并很快就开始直接接收研究员和临床实验室的意见书。ClinVar要求每个变异型按临床类别分类（良性、可能良性、致病性、可能致病性及不确定性）。 ClinGen通过一个排名系统帮助ClinVar评估每一份提交内容的质量。对于希望获得一个星目的单一提交者而言，其所涉及的变异体至少被分类为三种临床意义层，其分类方法和支撑证据同样需要提供。重要的是，用户可以联系提交者探讨各自的见解。 二星级条目所介绍的变异是来自多个提交者没有冲突的共识，三星、四星级条目的变异是通过ClinGen认证方法的专家小组和大财团提交的内容。截止到2016年1月4日，ClinVar共收录了172,870个变异型，其中有56,742个至少满足一星标准，约105,000没有一星，建议谨慎对待。 通过变异型浏览器（Variant Explorer），每一个ClinVar用户通过对比他人的信息很容易就可以了解某个提交者的整个变异型。这也是在提醒实验室，当有一个倾向超出或者低于的致病型变异时他们改变自身的实验方法。 ClinGen将不同临床领域专家聚集在一起解决ClinVar中存在的分歧，并提供最终专家意见。但是要实现这一点，必须共享资源，临床实验室、基因检测组织、基础研究团队应该要免费共享他们的变异型数据。确定真正的遗传变异的病理过程，数据共享至关重要。 资料来源：http://www.nature.com.libaccess.lib./nmeth/journal/v13/n2/full/nmeth.3762.html |
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