G:profiler 不止是可以进行富集分析。这个网站包括四个主要的工具:
g:GOSt:富集分析g:GOSt是一个可以进行富集分析的工具。它可以接受多种多样的输入方式。其中包括:geneid; SNPIDs; 染色体位置;GOterms。另外值得注意的是。它可以接受不同类型的输入。比如输入geneids + 染色体位置 + SNPids。富集分析的结果可以通过一个瀑布图和分布热图来进行可视化。同时也提供了数据结果下载的界面。其结果包括11个部分:
按照下图显示,即检索结果的默认显示界面,我们可以看到各个注释的结果。结果的横坐标是注释的数据库,总坐标是注释的-log10(P)。每一个点代表一个结果。 同时。如果我们点击 g:Convert:基因ID转换工具这个工具和第一个一样也支持多个类型的基因数据。我们需要做的就是设定好想要转换的ID类型即可。 导出的结果包括,输入的类型,转换的结果,结果的官方SYMBOL,以及简单的描述。同样的结果可以导出表格格式 g:Orth:不同物种同源基因转换 该工具通过收集 同样的这个工具也接受多种类型的ID输入。 结果当中会显示原始物种和想要转换的物种之间的配对信息 g:SNPense:SNP注释工具该工具可以用来注释单核苷酸多态的相关信息。其中包括相关的位置信息,所在基因,具体可能的功能。 该文件的输入就是标准的SNP号(rs号)即可 数据库评价: 随着基因组学数据的增多,现在出来了有很多基因富集分析的工具。其实就结果而言,主要考虑的还是数据库本身背景数据的更新快慢。如果一个数据库更新很快的话,那结果就会更加准确一些。这个数据库倒是提供了一个多ID兼容的功能。这个有需要的时候可以参考。 至于其他的。目前基因ID转换工具倒是不多。这个倒是一个备选。 |
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