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miRNEST是一个整合了动物，植物和病毒microRNA数据的综合数据库，这是一个集成的microRNAs资源。该数据库由波兰Adam Mickiewicz大学 Izabela Makałowska的基因组进化实验室建立，数据库的核心部分是作者根据225种动物和202种植物的表达序列标签（EST）进行的miRNA预测。 另外，miRNEST的外部miRNA数据已经被并入13个数据库中，其中包括生效的miRNA序列，小RNA测序数据，表达，多样性，靶标数据和进入外部miRNA资源的链接。同时还利用miRNA深度测序预测了18,043个前体miRNA，补充了将近40％以前预测的miRNA的实验数据验证支持，还补充了植物降解组分析得到的miRNA靶向预测信息，使用HuntMi和miRNA剪接位点信息进行的pre-miRNA分类的结果，也提供下载和上传功能。 miRNEST http://rhesus./mirnest/copy/  miRNEST主页 Browse miRNAs  Browse miRNAs模块提供不同植物（动物和病毒也可以）的miRNA的种类和来源（有miRNST、miRBase等数据库）进行选择。其中Oryza sativa,有4517 记录，Populus trichocarpa,有3079 条记录，Homo sapiens,有2200 记录。点击 CLICK FOR MORE SEARCH会出现更多搜索限制，如下：  运行后展示的结果表格，miRNEST id、Species、FamilySource、Mature miRNA、vs miRBase、Download、Details。  点击Download会展示相关序列，点击Details会展示该物种的详细内容，如下：  Deep-seq predictions 深度预测，这一部分可以通过选择库、物种和miRNA序列，会在结果中展示specieslibrary、miRNAmiRNA、arm、mismatches、bulges信息。在Secondary structure出现序列号，左下角会出现HuntMi预测miRNA的真假，如下：  miRNA genes 这里显示了miRNA的基因查询结果，从三种数据来源中选择对于来源，会展示ATGC的内容，不同颜色代表不同位置的序列:  Degradomes  通过左上角不同的领域进行搜索，可以看到species、miRNA、short reads alignment、plot、library、transcript、category、cleavage position、P-value、fragment abundance、weighted fragment abundance、alignment score、miRNA-target alignment等列内容，其中点击short reads alignment、plot列下的蓝字可以看到对应内容。  short reads alignment  plot Download  Download模块可以支持EST序列中预测的miRNEST miRNA、EST序列中预测的植物miRNA靶标、深度测序数据进行miRNEST miRNA预测、降解组的miRNEST植物miRNA靶标、深度测序数据预测的miRNEST mirtrons、植物miRNA基因结构预测这些数据都下载，点击上图左侧带划线字符的内容即可。 简而言之，miRNEST所提供的功能如下： 1）提供自主的高通量实验预测的miRNA以及其他外部数据库来源的miRNA信息。 2）靶标预测和实验数据支持的候选靶标。 3）整合15个其它数据库的信息资源，其包括例如序列，多态性，表达和启动子相关信息。 4）mirtrons，miRNA基因结构，降解组数据等。 如果使用了该数据库，别忘了引用文献噢~ Szczesniak MW, Makalowska I (2014) miRNEST 2.0: a database of plant and animal microRNAs. Nucleic Acids Res. 42:D74-D77.Szczesniak MW, Deorowicz S, Gapski J, Kaczynski L, Makalowska I. (2012) miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. Nucleic Acids Res. 40: D198-D204. |
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