一、2019年卫生部临床检验中心室间质评开展的基因检测项目清单及意义 (1)类别:核酸检测(病毒学) 项目名称:乙型肝炎病毒核酸HBV DNA 临床意义: ① HBV-DNA是乙肝病毒存在直接的依据,HBV-DNA是乙肝病毒复制的标志,评价乙肝病毒复制水平,传染性强弱、药物疗效的指标。 (2)类别:核酸检测(病毒学) 项目名称:丙型肝炎病毒核酸HCV RNA 临床意义: ① HCV是输血后肝炎和散发性非甲非乙型肝炎的主要病原,HCV感染可导致慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌等多种肝脏疾病。 ② HCV-RNA检测用于丙肝病毒感染的早期诊断,鉴别丙肝病毒的活动性和复制程度。 ⑥ 免疫功能低下,抗-HCV阴性仍可检测到HCV-RNA,此类患者适宜采用HCV核心抗原或抗原-抗体联合检测试剂进行检测。 (3)类别:核酸检测(非病毒) 项目名称:结核杆菌 TB DNA 临床意义: ① 结核杆菌感染的快速诊断,结核杆菌因其培养周期长,临床很难采用培养方法进行结核杆菌感染的快速诊断,而采用PCR方法,则可以做到这一点,如通过对痰、血液、淋巴液、脑脊液、胸腔积液、腹水等标本中结核杆菌的PCR检测,可快速诊断肺结核、结核杆菌菌血症、淋巴结合、结核性脑膜炎、结核性胸腹膜炎等。 (4)类别:核酸检测(非病毒) 项目名称:沙眼衣原体CT DNA 临床意义: ① 结果呈现阳性时表示存在CT相关病原体核酸,在排除以下几种因素后可确诊为CT感染:
② 当检测结果呈现阴性时,表示无CT感染,但仍需要排除以下几种因素:
(5)类别:核酸检测(非病毒) 项目名称:淋球菌 NG DNA 临床意义: NG DNA检测对淋病的早期诊断、治疗、防止慢性感染有重要价值。细菌培养尽管是“金标准”,但烦琐费时,临床采用实时荧光PCR方法可很好的解决淋病奈瑟菌感染快速诊断的问题,尤其适用于泌尿生殖道感染的早期诊断及无症状的携带者的检测。 (6)类别:人乳头瘤病毒基因分型 项目名称:人乳头瘤病毒 -HPV-6、-11、-16、-18、-31、-33、-35、-39、-42、--44、-45、-51、-52、-53、-56、-58、-59、-66、-68和-81型 临床意义: HPV广泛存在,人类的HPV感染率很高。在临床上,根据HPV亚型致病力大小或致癌危险性大小不同可将HPV分为低危型和高危型两大类。低危型HPV主要引起肛门皮肤及男性外生殖器、女性大小阴唇、尿道口、阴道下段的外生性疣类病变和低度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV6、11、30、39、42、43型及44型。高危型HPV除可引起外生殖器疣外,更重要的是引起外生殖器癌、宫颈癌及高度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV16、18、31、33、35、45、51、52、56、58型和61型。80%的子宫颈癌是由16、18、31、45这4型HPV引起。尽管有近百种HPV亚型,但临床上最重要的有HPV6、11、16、18、31、33、35、38型8个亚型,是引起肛门外生殖器尖锐湿疣和宫颈病变的主要HPV亚型。 (7)类别:巨细胞病毒核酸 项目名称:巨细胞病毒核酸 临床意义: ① 巨细胞病毒常引起肺炎及器官移植病人的感染,为HCMV感染的早期诊断和鉴别诊断提供诊断依据。 (8)类别:EB病毒核酸检测 项目名称:EB病毒核酸检测 临床意义: ① EB病毒是传染性单核细胞增多症的主要致病原,鼻咽癌、伯基特淋巴瘤、免疫低下或缺陷者B淋巴细胞恶性肿瘤、霍奇金病和移植后恶性淋巴瘤等均有阳性 。 (9)类别:EGFR突变 项目名称:EGFR突变 临床意义: ① 预测药物疗效:EGFR是HER/ErbB家族信号通路的首要分子,吉非替尼、厄洛替尼等小分子TKI进入细胞内,直接作用于EGFR胞内的激酶区,干扰ATP合成,抑制酪氨酸激酶的活性,阻断激酶的自身磷酸化及底物的磷酸化,彻底阻断异常的酪氨酸激酶信号传导,从而阻止配体介导的受体及下游信号通路的激活,阻滞细胞在G1期,促进凋亡,抑制新生血管形成、侵袭和转移,达到治疗的作用。小分子TKI的疗效与EGFR基因突变密切相关,是TKI疗效预测因子。 (10)类别:KRAS突变 项目名称:KRAS突变 临床意义: 西妥昔单抗和帕尼单抗均通过直接抑制EGFR从而发挥抗肿瘤的作用,在结直肠癌和头颈部癌的靶向治疗中都有肯定的效果。西妥昔单抗治疗的有效性受其下游基因KRAS状态的影响,突变型的KRAS无需接受上游EGFR信号即能够自动活化该通路并启动下游信号的转导。只有KRAS基因野生型的患者才能从抗EGFR的治疗中获益,而突变型的患者则不能。 (11)类别:BRAF突变 项目名称:BRAF突变 临床意义: ① BRAF是位于KRAS下游级联信号通路上的一个重要蛋白,当BRAF基因发生突变后,其编码生成的蛋白产物无需接受上游信号蛋白的活化便始终处于激活状态,启动下游细胞信号转导途径,引起细胞增殖,从而使EGFR抑制剂西妥昔单克隆抗体和帕尼单克隆抗体等疗效减弱或无效。 (12)类别:PIK3CA突变 项目名称:PIK3CA突变 临床意义: ① PIK3CA突变的肿瘤细胞对EGFR或ERBB2通路的靶向药物拉帕替尼(Lapatinib)会产生耐药性。 (13)类别:C-KIT基因突变检测 项目名称:C-KIT基因突变检测 临床意义: ① 辅助诊断和预测疗效:伊马替尼是一种酪氨酸蛋白酶抑制剂,能阻断酪氨酸蛋白激酶KIT受体功能,从而抑制肿瘤的形成。已有研究证实,C-KIT基因突变的位置能影响肿瘤患者对伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂的反应。通过检测C-KIT基因的突变状态,协助GIST诊断,也可以进一步的明确诊断CD117阴性的患者,诊断家族性GIST,评价小儿GIST,指导化疗,预测化疗效果。 (14)类别:PDGFRA基因 项目名称:PDGFRA基因 临床意义: ① 辅助诊断和预测疗效:伊马替尼是一种酪氨酸蛋白酶抑制剂,能阻断酪氨酸蛋白激酶KIT受体功能,从而抑制肿瘤的形成。已有研究证实,PDGFRA基因突变的位置能影响肿瘤患者对伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂的反应。研究表明,PDGFRA基因外显子12和外显子18大部分基因位点突变后使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者可从中获益。但如外显子18基因位点发生D842V、RD841-842KI或D1842-843IM突变使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者不能从中获益。 (15)类别:EML4-ALK融合基因检测 项目名称:EML4-ALK融合基因检测 临床意义: ① ALK抑制剂克里唑替尼能够作用于该基因的下游信号传导通路并拮抗其促肿瘤生成活性,其II期临床试验中客观缓解率为64%,疾病控制率为90%,疗效显著。 (16)类别:HER2基因 项目名称:HER2基因 临床意义: HER2基因扩增状态是乳腺癌患者预后判断及制订有效治疗方案的先决条件,对乳腺癌的诊疗具有重要的指导作用。 ① 预后评价:研究显示,HER2基因的过表达除了与肿瘤的发生发展相关外,还是一个重要的临床预后指标,主要表现为HER2基因扩增的乳腺癌浸润性强、无进展生存期(progress free survival、PFS)短、预后差。而且这部分患者就诊时的肿瘤负荷更大,淋巴结转移的几率更高,激素受体阴性的比例更高、组织学分级更差、肿瘤的增殖指数更高、复发风险更高。但没有证据显示HER2基因扩增与导管原位癌( ductal carcinoma in situ,DCIS)的预后相关。 即使在使用曲妥珠单抗治疗过程中出现疾病进展而需要进一步治疗的乳腺癌患者,继续使用曲妥珠单抗治疗仍然有效。而对于HER2基因低度扩增或不扩增的乳腺癌患者,使用曲妥珠单抗疗效不佳。 (17)类别:MGMT基因甲基化检测 项目名称:MGMT基因甲基化检测 临床意义: ① 疗效预测:MGMT启动子发生甲基化的患者明显比未发生甲基化的患者使用烷化剂的疗效好,其总体生存率和无进展生存率更高。MGMT启动子区甲基化对胶质瘤一线化疗药物TMZ治疗胶质瘤的化疗疗效具有预测价值,且是独立的预后较好的指示指标。MGMT启动子未甲基化者从TMZ常规治疗方案中获益较小,应对这类患者采用更有效的有助于克服耐药的其他化疗方案。 (18)类别:NIFIY/NIPT 项目名称:外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测 临床意义: ① 无创DNA产前检测技术仅需采取孕妇静脉血,利用新一代DNA测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段(包含胎儿游离DNA)进行基因测序,并将测序结果进行生物信息分析,可以从中得到胎儿的遗传信息,从而发现胎儿21号、18号、13号染色体是否存在非整倍体异常。
③ 慎用人群: 有下列情形的孕妇进行检测时,检测准确性有一定程度下降,检出效果尚不明确;或按有关规定应建议其进行产前诊断的情形。包括:
④ 不适用人群:
(19)类别:人获得性免疫缺陷病毒感染的个体化分子检测 项目名称:HIV-1 RNA检测 临床意义: ① 辅助诊断: HIV抗体检测结果不能进行明确诊断时,RNA的测定结果可帮助提供HIV感染早期或终末期的证据。如HIV感染母亲所生小于18个月龄的婴儿,不同时间的两次HIV核酸检测均为阳性即可作出诊断。 如果有条件,在治疗前作基线病毒载量检测是有必要的,便于观察抗病毒治疗后病毒抑制效果。开始治疗16周时,所有初次抗病毒治疗患者的病毒载量应低于检测下限,如治疗6个月后,病毒载量仍没有低于检测下限,应结合临床仔细需找原因(依从性、药物相互作用等),以考虑是否治疗失败及调整治疗方案。治疗开始后应每半年检测一次病毒载量,评估治疗效果,如载量出现变化,应结合临床寻找原因及时调整治疗方案。 (20)类别:人获得性免疫缺陷病毒感染的个体化分子检测 项目名称:HIV耐药基因检测 临床意义: ① 新诊断的患者:不管患者是否会很快进行抗病毒治疗都主张在确诊后先进性耐药检测。已经证实耐药HIV毒株能够传播给从接收过治疗的患者,使这些患者从一开始就获得原发性耐药,被称为传播耐药。传播耐药和患者的治疗失败有关,对这类患者进行耐药检测有助于选择能够取得最大病毒抑制效果的治疗方案。 (21)类别:华法林药物代谢基因CYP2C9和 VKORC1多态性 项目名称:细胞色素P450 2C9(CYP2C9)基因分型*1/*1、*1/*2、*1/*3*2/*2、*2/*3、*3/*3 临床意义: ① 预测疗效 (22)类别:华法林药物代谢基因CYP2C9和 VKORC1多态性 项目名称:维生素 K 环氧化物还原酶复合体1(VKORC1) –1639G>A基因分型:GG、GA、AA 临床意义:同(21) (23)类别:氯吡格雷药物代谢基因(CYP2C19)多态性 项目名称:细胞色素P450 2C19(CYP2C19)基因分型*1/*1、*1/*2、*1/*3、*2/*2、*2/*3、*3/*3、*1/*17、*2/*17、*17/*17 临床意义: 依据CYP2C19多态性的结果可以测定S-美芬妥英羟化酶在人体内活性的高低,从而判断氯吡格雷等心血管抗凝药物,苯妥英、丙戊酸等抗癫痫药物,奥美拉唑等质子泵抑制剂类药物以及伏立康唑等抗真菌类药物在体内代谢活性的高低,为指导临床制定个体化用药方案提供重要参考。 (24)类别:伊立替康药物代谢基因(UGT1A1)多态性 项目名称:尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶1A1(UGT1A1)基因分型*1/*1、*1/*28、*28/*28 临床意义: ① 预测疗效。 (25)类别:他莫昔芬药物代谢基因(CYP2D6)多态性 项目名称:细胞色素P450 2D6(CYP2D6)基因分型*1/*1、*1/*10、*10/*10 临床意义: ① 预测疗效。 (26)类别:BCR-ABL1融合基因检测 项目名称:BCR-ABL1p210 临床意义: ① 慢性粒细胞白血病(Chronic Myelogenous Leukemia,CML)是一种发生于造血干细胞的血液系统恶性克隆增生性疾病。90%以上的CML患者的血细胞中出现Ph1染色体,t(9;22)(q34;q11),9号染色体长臂上C-abl原癌基因易位至22号染色体长臂的断裂点集中区(bcr),形成bcr/abl融合基因。此基因产生一种新的mRNA,编码的蛋白为P210,P210具有增强酪氨酸激酶的活性,改变了细胞多种蛋白质酪氨酸磷酸化水平和细胞微丝机动蛋白的功能,从而扰乱了细胞内正常的信号传导途径,使细胞失去了对周围环境的反应性,并抑制了凋亡的发生。BCR-ABL 融合基因检测对于前期 CML 疾病辅助诊断及后续靶向用药指导及残留病监测方面亦具有临床意义。 (27)类别:BCR-ABL1融合基因检测 项目名称:BCR-ABL1p190 临床意义: ① 慢性粒细胞白血病(Chronic Myelogenous Leukemia,CML)是一种发生于造血干细胞的血液系统恶性克隆增生性疾病。90%以上的CML患者的血细胞中出现Ph1染色体,t(9;22)(q34;q11),9号染色体长臂上C-abl原癌基因易位至22号染色体长臂的断裂点集中区(bcr),形成bcr/abl融合基因。此基因产生一种新的mRNA,编码的蛋白为P210,P210具有增强酪氨酸激酶的活性,改变了细胞多种蛋白质酪氨酸磷酸化水平和细胞微丝机动蛋白的功能,从而扰乱了细胞内正常的信号传导途径,使细胞失去了对周围环境的反应性,并抑制了凋亡的发生。BCR-ABL 融合基因检测对于前期 CML 疾病辅助诊断及后续靶向用药指导及残留病监测方面亦具有临床意义。 ② 资料显示,p190刺激细胞增殖的能力比p210要强,病情发展快,恶性程度更高。 (28)类别:实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测 项目名称:实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测 临床意义: 用于检测体细胞突变的 NGS 正在广泛用于肿瘤诊疗相关的分子检测,体外检测人体组织中肿瘤细胞中肿瘤相关基因变异,包括对特定基因的 DNA/RNA 进行测序,以寻找与肿瘤临床诊疗相关的突变基因的改变。肿瘤基因突变类型包括点突变、 插入、 缺失、 基因重排、 拷贝数异常等广义的基因突变。实体肿瘤体细胞突变检测用于肿瘤的监测、预后。 (29)类别:肿瘤游离DNA基因突变检测 项目名称:肿瘤游离DNA基因突变检测 临床意义: 肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测对肿瘤靶向治疗、早期治疗应答评估和耐药监测的实时评估等都具有一定的临床应用价值。由于组织样本的局限性,临床上逐渐开始使用患者血浆中的游离DNA进行肿瘤基因突变的检测。 (30)类别:肿瘤游离 DNA EGFR 基因突变检测 项目名称:肿瘤游离 DNA EGFR 基因突变检测 临床意义: 对表皮生长因子受体 (EGFR)突变型的进展期肺癌来说 ,分子靶向药物疗效优于含铂类二联化疗方案,EGFR基因突变的检测能为肺癌患者靶向药物治疗提供依据,而大部分肺癌患者确诊时已处于肿瘤晚期,已失去手术切除机会 ,无法获得足够肿瘤标本进行EGFR 基因突变的检测。寻找替代肿瘤组织的EGFR基因突变检测标本,对于晚期患者来说具有重大的意义。通过外周血游离DNA检测EGFR突变指导靶向药 物治疗提供依据 。 (31)类别:DMD 基因检测(DMD基因分型) 项目名称:辛伐他汀药物转运体基因(SLCO1B1)分型(有机阴离子转运多肽 1B1(SLCO1B1)基因分型:521TT、521TC、521CC 临床意义: ① 预测疗效。 (32)类别:DMD 基因检测(DMD基因分型) 项目名称:他克莫司药物代谢基因(CYP3A5)分型(细胞色素P450 3A5(CYP3A5)基因分型:*1/*1、*1/*3、*3/*3 临床意义: ① 预测疗效。 (33)类别:新生儿耳聋基因检测 项目名称:先天性耳聋基因测序 临床意义: 先天性耳聋导致的原因有:遗传、药物、感染、疾病、环境噪声污染及意外事故等,其中遗传因素导致的听力丧失占了50%以上。 (34)类别:新生儿耳聋基因检测 项目名称:遗传性耳聋基因测序 临床意义:同(33) (35)类别:人类白细胞抗原HLA基因分型 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-DRB1低分辨基因分型(LowResolution Genotyping) 临床意义: 目前公认的与骨髓移植(造血干细胞移植)效果最密切的三个功能基因,它们具有高度多态性,在不同地域及种族之间存在分布差异,因而在人类遗传学、法医学和疾病相关性研究等多个领域中均具有重要的研究意义和应用价值。 (36)类别:人类白细胞抗原HLA基因分型 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1低分辨基因分型 临床意义: 人类细胞抗原基因系统根据编码分子的分布与功能不同,分为I、II、III3大类,HLA-A、B、C属于I类基因,HLA-A、B、DRB1基因是早期研究的与造血干细胞移植密切相关的3个功能基因随着非血缘造血干细胞移植的增加,HLA-C、DQB1基因在造血干细胞移植中的重要性日益受到重视。国外的造血干细胞移植均对供患者进行HLA-A、B、C、DRB1和DQB1高分辨基因配型。 (37)类别:人类白细胞抗原HLA基因分型 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨基因分型 临床意义:同(36) (38)类别:人类白细胞抗原(HLA)B*27 基因检测 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)B*27 基因检测 临床意义: 96%以上强直性脊柱炎HLA-B27基因抗原阳性,且有遗传倾向。 (39)类别:人类白细胞抗原(HLA)B*57:01 基因检测 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)B*57:01 基因检测 临床意义: HLA-B*57:01等位基因与阿巴卡韦(Abacavir,ABC)所致的超敏反应(HSR)有密切关联,在服用ABC的HSR患者中,HLA-B*57:01等位基因的携带率为94.4%。 (40)类别:人类白细胞抗原(HLA)B*58:01 基因检测 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)B*58:01 基因检测 临床意义: 人类白细胞抗原(HLA)基因与多种药物不良反应有密切的相关性。其中,针对HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因,在服用别嘌呤醇药物后出现的严重不良反应患者中,100%东南亚地区的患者中存在HLA-B*58:01等位基因;而在服用卡马西平药物后出现严重不良反应的患者中,至少75%的东南亚地区的患者中存在HLA-B*15:02等位基因;在未出现不良反应的患者中(耐受人群)和正常对照组中,其携带率大约为15%和20%:在使用这两种药物后,携带HLA-B*58:01和HLA-B*15:02的个体较未携带这两种等位基因的个体出现严重毒副作用的机率显著增加。在服用别嘌呤醇和卡马西平药物之前,国际权威的一些相关治疗指南大都推荐进行HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因的检测,以判断是否属于高危人群,以有效降低由该药物引起的严重不良反应。 (41)类别:人类白细胞抗原(HLA)B*15:02 基因检测 项目名称:人类白细胞抗原(HLA)B*15:02 基因检测 临床意义:同(40) (42)类别:地中海贫血基因分型 项目名称:α-地中海贫血基因分型 临床意义: 地中海贫血(THAC)主要分部在我国海南及两广沿海地区。重症α地中海贫血可导致死产、死胎,影响孕妇健康。重症β地中海贫血表现为严重溶血性贫血,肝脾肿大,患者未到成年已夭折。地中海贫血杂合子临床症状轻且可无症状,夫妇双方携带,将有1/4生育重症地中海贫血儿的可能。α-地贫基因分型用于α-地贫的诊断,β-地贫基因分型用于β-地贫的诊断。 (43)类别:地中海贫血基因分型 项目名称:β-地中海贫血基因分型 临床意义:同(42) (44)类别:细胞色素P450 2C9 基因分型检测39种细胞色素P450 2C9(CYP2C9)等位基因(allele) 项目名称:CYP2C9*1、*2、*3、*8、*11、*13、*14、*16、*19、*23、*27、*29、*31、*33、*34、*36、*37、*38、*39、*40、*41、*42、*43、*44、*45、*46、*47、*48、*49、*50、*51、*52、*53、*54、*55、*56、*58、*59、*60 临床意义: P450 2C9 是人体中重要的药物代谢酶,P450 2C9 基因编码区的多态性造成氨基酸序列的变化 , P450 2C9 的底物包括甲苯磺丁脲、 苯妥英、 S2法华令 、 氟西汀、 洛沙坦等。P450 2C9 可被利福平诱导 , 被胺碘酮和氟康唑等多种药物抑制。 二、基因检测主要临床应用分类 来源:医世象 |
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