PerlPrimer:在输入序列中找到开放阅读框(ORF),围绕ORF设计引物,并允许用户在每个引物上附加额外的5'序列以用于克隆目的;(ii) 发现CG岛并设计MS-PCR引物;(iii) 找到内含子/外显子边界并设计RT-qPCR引物;(iv) 设计用于Sanger测序的引物。
The PCR Suite:设计Sanger测序引物,并设计包含(i) SNP;(ii) 单个基因的所有外显子;(iii) cDNA列表中的所有ORF的引物。
BatchPrimer3:(i) 发现微卫星并设计微卫星侧翼引物;(ii) 设计用于SNP基因分型的单碱基延伸、等位基因特异性和tetra-primer ARMS PCR引物。
jPCR:设计(i) 多重PCR引物;(ii) 保守区/简并引物;(iii) 合成包含目标序列的连续片段的引物(重叠延伸PCR);(iv) 围绕微卫星的引物。
Primo:设计(i) 基于单个蛋白质或多个蛋白质或核苷酸的保守区/简并引物;(ii) 多个引物对,每个引物特异性地扩增一个家族中的一个基因;(iii) 几个简并引物,用于扩增一组数百或数千个基因中的大多数基因。目的是让用户只用几个PCR反应就能对选定的一组基因进行基因表达分析;(iv) 用于克隆基因以进行表达研究的引物;(v) 多重PCR引物;(vi) 用于定点突变的引物;(vii) MS-PCR和BS-PCR引物。