聚类分析广泛应用于从数据中获取并显示存在几种不同类型的类群（通常称为群落状态类型—CSTs，详见小贴士），包括以下几种类群：
（1）以L. iners为主；
（2）以L. crispatus为主；
（3）以L. jensenii为主；
（4）以L. gasseri为主；
（5）以G. vaginalis为主；
（6）不以单一分类群为主，而是含有厌氧菌（通常包括 G. vaginalis与含（或不含）乳酸菌属（通常是L. iners或L. gasseri）的混合类型；
（7）含有高比例的一种或多种乳酸杆菌（Lactobacillus spp.）及阴道加德纳杆菌（G. vaginalis）。在这些CSTs中，以L. iners和L. crispatus为主的CSTs是常见类型。
小贴士：
在阴道菌群中存在不同群落，被划分成五组。第一组，以L. crispatus为主；第二组，以L. gasseri为主；第三组，以L. iners为主；第四组，不是以乳酸菌属（lactobacilli）为主，而是以一些厌氧菌属为主；第五组，以L. jensenii为主。随后将这些群落称为群落状态类型（CSTs）。
进一步研究表明，CST IV（即第四组）可以分成两个CSTs—CST IV A和CST IV B。CST IV A的特点是L. crispatus、L. iners或其他乳酸菌属的比例不高，而厌氧球菌属（Anaerococcus）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、芬戈尔德菌属（Finegoldia）或链球菌属（Streptococcus）等属的比例则很低。CST IV B有较高比例的阿托波氏菌属（Atopobium）以及其他几个属，如普氏菌属（Prevotella）、小单孢菌属（Parvimonas）、纤毛菌属（Sneathia）、加德纳菌属（Gardnerella）、动弯杆菌属（Mobiluncus）或嗜胨菌属（Peptoniphilus）。其他研究人员建议将CST IV分成三个甚至四个亚群。
虽然CST IV各亚群的命名方式在不断变化，但其他主要CSTs的命名方式没有改变，在文献中被广泛使用。
2.健康人阴道菌群并非总是以乳酸菌为主
与之前认为的健康阴道菌群是以乳酸菌为主的观点相反，在大约25%的健康PMPM女性中检测到三种不以乳酸菌为主的CSTs，表明以乳酸菌为主的概念不再成立。上述类群中经常出现的其他成员包括阴道阿托波氏菌（Atopobium vaginae）、埃格特菌属（Eggerthella）、动弯杆菌属（Mobiluncus）、毛螺菌科（Lachnospiraceae）（包括BVAB1-3种）、小杆菌属（Dialister）、巨球形菌属（Megasphaera）、小单孢菌属（Parvimonas）（以前是消化链球菌属[Peptostreptococcus]）、韦荣氏球菌属（Veillonella）、链球菌属（Streptococcus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、孪生球菌属（Gemella）、普氏菌属（Prevotella）、卟啉单胞菌属（Porphyromonas）、拟杆菌属（Bacteroides）、纤毛菌属（Sneathia）、纤毛菌属（Leptotrichia）、支原体属（Mycoplasma）、尿素支原体（Ureaplasma）和埃希氏-志贺菌属（Escherichia/Shigella）。虽然这些CSTs的物种组成异常不同，所有这些类群的共同点是能够产生大量乳酸并因此维持阴道酸性pH值。这是因为每个群落中的优势属（乳酸杆菌属[Lactobacillus]，阿托波氏菌属[Atopobium]，链球菌[Streptococcus]，巨球型菌[Megasphaera]和纤毛菌属[Leptotrichia]）都是乳酸的生产者，且处于功能冗余状态。
其中一些CSTs，如以L. iners为主的CST，在短时间内变化明显；而其他CST（以L. crispatus或L. gasseri为主的CST）显示出较强的稳定性。菌群组成和稳定状态下的波动主要受目前所处的群落类型、月经周期和性活动的影响。然而，群落组成可能发生变化，但这并不一定意味着群落的整体功能受到影响，因为群落的波动通常仅涉及有限的、不同的产乳酸细菌物种相对优势的变化。
女性生殖系统菌群系列：
【女性生殖系统菌群之一】女性生殖系统结构、生理与内环境
【女性生殖系统菌群之二】生殖系统菌群受年龄和系统生理学变化的影响
【女性生殖系统菌群之二】女性性成熟时期生殖系统菌群
参考文献
Brown CJ, Wong M, Davis CC et al. (2007). Preliminary characterization of the normal microbiota of the human vulva using cultivation-independent methods. J Med Microbiol 56:271–276.
Cicinelli E, Ballini A, Marinaccio M et al. (2012). Microbiological findings in endometrial specimen: our experience. Arch Gynecol Obstet 285:1325–1329.
Drell T, Lillsaar T, Tummeleht L et al. (2013). Characterization of the vaginal micro-and mycobiome in asymptomatic reproductive-age Estonian women. PLOS ONE 8:e54379.
Fettweis JM, Serrano MG, Girerd PH et al. (2012). A new era of the vaginal microbiome: advances using next-generation sequencing. Chem Biodivers 9:965–976.
Hickey RJ, Zhou X, Pierson JD et al. (2012). Understanding vaginal microbiome complexity from an ecological perspective. Transl Res 160:267–282.
Hickey RJ, Zhou X, Settles ML et al. (2015). Vaginal microbiota of adolescent girls prior to the onset of menarche resemble those of reproductive-age women. MBio 6 pii:e00097–15.
Huang B, Fettweis JM, Brooks JP et al. (2014). The changing landscape of the vaginal microbiome. Clin Lab Med 34:747–761.
Lamont RF, Sobel JD, Akins RA et al. (2011). The vaginal microbiome: new information about genital tract flora using molecular based techniques. BJOG 118:533–549.
Martin DH & Marrazzo JM (2016). The vaginal microbiome: current understanding and future directions. J Infect Dis 214(Suppl 1): S36–S41.
McGuire MK & McGuire MA (2016). Got bacteria? The astounding, yet not-so-surprising, microbiome of human milk. Curr Opin Biotechnol 44:63–68.
Mendling W (2016).Vaginal Microbiota. Adv Exp Med Biol 902: 83–93.
Mitchell CM, Haick A, Nkwopara E et al. (2015). Colonization of the upper genital tract by vaginal bacterial species in nonpregnant women. Am J Obstet Gynecol 212:611.e1-9.
Miyamoto T, Akiba S, Sato N et al. (2013). Study of the vulvar skin in healthy Japanese women: components of the stratum corneum and microbes. Int J Dermatol 52:1500–1505.
Muhleisen AL & Herbst-Kralovetz MM (2016). Menopause and the vaginal microbiome. Maturitas 91:42–50. Prince AL, Chu DM, Seferovic MD et al. (2015). The perinatal micro-biome and pregnancy: moving beyond the vaginal micro-biome. Cold Spring Harb Perspect Med 5 pii:a02305.
Rampersaud R, Randis TM & Ratner AJ (2012). Microbiota of the upper and lower genital tract. Semin Fetal Neonatal Med 17: 51–57.
Shiraishi T, Fukuda K, Morotomi N et al. (2011). Influence of menstruation on the microbiota of healthy women’s labia minora as analyzed using a 16S rRNA gene-based clone library method. Jpn J Infect Dis 64:76–80.
van de Wijgert JH, Borgdorff H, Verhelst R et al. (2014). The vaginal microbiota: what have we learned after a decade of molecular characterization? PLOS ONE 9:e105998.
Wassenaar TM & Panigrahi P (2014). Is a foetus developing in a sterile environment? Lett Appl Microbiol 59:572–579.
