GEPIA服务器上的所有数据集都由标准pipeline计算,并且彼此兼容。使用 Google Chrome 浏览器可以获得最好的可视化效果。 GEPIA是一个网络服务器,使用标准处理流程分析来自 TCGA 和 GTEx 项目的9,736个肿瘤和8,587个正常样本的 RNA 测序表达数据。 差异表达分析 该模块允许用户对给定的数据集应用自定义统计方法和阈值,动态获得差异表达的基因及其染色体分布。 参数 数据集: 选择感兴趣的癌症类型。 染色体分布: 在染色体分布图上选择“高表达”、“低表达”或“两者兼有”。 差异阈值: 差异分析方法: 选择差异分析方法。 | log2FC | 界限: 设置自定义折叠变化阈值。 Q 值界限: 设置自定义 q 值阈值。 百分比界限: 设置自定义百分比阈值。 对于方差分析和 LIMMA 选项,具有较高 | log2FC | 值和较低 q 值的基因被认为是差异表达基因。 对于前10个选择,log2FC 值和百分比值高于阈值的基因被认为是过表达基因; 因此,只有过表达基因才会出现在列表和染色体图中。 结果: 差异基因 点击“列表”按钮: GEPIA 会根据输入参数生成一个差异表达基因的列表[默认情况下,该列表按 log2FC 降序排序]。 染色体分布图 点击“ Plot”按钮: GEPIA 将生成一个染色体分布图。染色体中表达上调的基因以红线标记,而表达下调的基因以绿线标记。 自己动手绘制表达谱 GEPIA 根据选定的数据集和按癌症类型或病理分期的统计方法绘制特定基因的表达图谱。 5、了解目标基因有哪些亚型 |
|