免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)我们已经出过几期内容,按照事物发展的总趋势——新事物终将代替旧事物,也是时候将内容更新一番啦。
重量级的先出场——来自Proteintech的技术团队出品的IP/CoIP实验技巧及问题解析讲座,从原理到操作面面俱到,涉及样本制备中裂解液的选择、对照的设置、抗体轻重链干扰的避免、没信号或高背景的原因分析等等内容。
视频预计观看时长40min,里面的内容我们也整理成文字版,我们将从原理,操作,配方,beads选择,抗体选择,常见问题,真实案例开始介绍,对哪部分感兴趣可以直接下滑至对应位置。
免疫沉淀是利用抗原抗体特异性反应,纯化富集某个特定目的蛋白的一种方法,以用于对该蛋白的后续研究。
基于抗体对抗原(靶蛋白)的特异性结合,通过偶联在琼脂糖上的亲和蛋白(如protein A sepharose beads)对抗体-抗原复合物进行亲和吸附,形成三联体,经洗涤去除未结合的杂蛋白,然后煮沸或酸性洗脱的方式使抗体、抗原一起脱落下来,得到的抗体抗原混合物经Western Blotting检测,最终依据显影后的胶片上是否有目的大小条带,来判断该抗体是否成功捕获沉淀了目的抗原。
a. 收集细胞:细胞刮收集细胞于离心管中,4℃、500g离心5 min后弃上清;预冷1xPBS洗细胞2次,4℃、500g离心5min并弃上清。b. 裂解:加入含蛋白酶/磷酸酶抑制剂的预冷裂解液,重悬细胞,冰上裂解30min,每10min轻柔颠倒一次。c. 超声破碎:冰浴超声破碎2sec、停2sec,总时长1-2min,功率180w。(注:若裂解物用于Co-IP实验,则此处避免超声)e. 4℃、10000g离心20min,取上清测蛋白浓度,剩余按上清400μl/管分装于1.5ml的EP管中,冻存于-80℃冰箱。解剖实验动物、取组织;液氮研磨或冰浴玻璃匀浆(较难研磨或耗时较长的组织,建议液氮研磨)。后续步骤与处理细胞时相似(超声破碎时间可稍长,但一般不超过5min)。Bicinchoninic acid(BCA)法是近来广为应用的蛋白质定量方法。除此以外还有Bradford和Lowry法定量蛋白质。BCA 法的测定原理是蛋白质将铜离子还原成亚铜离子,后者在碱性溶液中与BCA结合生成紫红色结合物,该复合物在562nm处有吸光值且与蛋白质浓度成正相关性,据此可测定蛋白质浓度。Lowry法与BCA同属化学法,但BCA法灵敏度高,操作简单,形成的颜色复合物稳定性强,受干扰物质影响小。Bradford 属于染料结合法,易受到去垢剂影响。1. 酸洗脱法(可配合使用Proteintech免疫沉淀试剂盒,货号:PK10007;PK10008)a. 根据实验需要,取-80℃相应的裂解物若干管,每管裂解物(约400μl,1-3mg总蛋白)加320μl孵育液(含蛋白酶抑制剂),转移至纯化柱。注:冰盒上操作;1 ml孵育液加10-15μl的PMSF(母液浓度100mM)和10-15 ul的Na3VO4(母液浓度100mM)。b. 加入3-5μg一抗,IP阴性对照用同型对照的IgG,4℃旋转过夜。c. 取一定量protein A或G(具体根据捕获抗体的亚型选择)sepharose beads(一般每个样约50-100μl),用1×PBS离心洗涤5次(500g离心30sec静置1min,最后加孵育液重悬beads至原体积)。通常来说,如果捕获抗体是兔抗体,小鼠IgG2a/IgG2b,则选择beads-protein A,如果是小鼠IgG1/IgG3,则选择beads-protein G。d. 向步骤b中每管抗原-抗体混合物中,加入50μl洗涤好的beads-protein A或G,4℃旋转4h。e. 现配洗涤液,每个样洗涤5次(自然滤干),待最后一次洗涤后,500g离心1min,弃尽残液,加堵帽封上。f. 新取1.5ml EP管,编号,每管加10μl碱中和液和23μl 5 x Sample buffer,备用。g. 每个柱中加入40μl洗脱液(pH2.0的酸性洗脱液),震荡混匀数秒,静置10min。h. 去掉堵帽,将柱子按编号对应放入1.5ml EP管中,4℃,10000g离心1min,收集洗脱液。j. 沸水浴5min,直接用于SDS-PAGE上样或冻存在-20℃备用。a. 根据实验需要,取-80℃相应的lysate若干管,每管裂解物(约400μl,1-3mg总蛋白)加320μl孵育液(含蛋白酶抑制剂P/V液)。c. 取一定量protein A或G sepharose beads(一般每个样50-100μl),用1xPBS离心洗涤5次(500g离心30sec静置 1min,最后加孵育液重悬beads至原体积)。d. 向步骤b中每管抗原-抗体混合物中,加入50μl洗涤好的beads-protein A或G,4℃旋转4h。e. 现配洗涤液,按5次/管进行洗涤(500g离心30sec,静置1 min),最后一次洗涤液约留50μl。f. 每个EP管中加入50μl 2 x sample buffer震荡混匀数秒,100℃沸水浴5min。g. 4℃,10000g离心1min,新取1.5ml EP管,将离心后上清按编号对应转移至1.5ml EP管中,直接用于SDS-PAGE上样或冻存在-20℃备用。酸洗脱法:洗脱更温和,背景较干净。SDS sample buffer洗脱法:洗脱更彻底,信号会更强,但容易产生高背景。可根据实验需求进行选择。根据待分离的目的蛋白大小,选择合适浓度的分离胶,分离胶和浓缩胶分别灌注30-60min后即可凝固完全。
将经过IP制备的样品取出,同时与IgG对照、Input对照100℃煮沸5min,再恒压电泳约1.5-2h(具体时长与目的蛋白大小有关,浓缩胶一般80V,30min,进入分离胶后可调高至120-130 V,1-1.5h,以溴酚蓝带作为电泳指示)。
★ 转膜、封闭及后续部分请参考实验手册Western blot部分。
免疫沉淀实验中需要用到捕获抗体(IP)、检测抗体以及二抗(WB),如何选择对很多小伙伴来说可能还有些难度。我们根据多年的实验经验总结了以下几点。
捕获抗体最好是挑选有文献报道或厂家验证过IP应用的产品更稳妥。为了减少或消除IP洗脱产物中抗体重轻链的影响,可以:1)选择与捕获抗体不同种属的检测抗体,配合种属特异性二抗,能基本消除IP洗脱时的抗体重/轻链干扰,如下图;2)捕获抗体与检测抗体为同一抗体时,可选择构象特异性二抗或专门抗重链(或轻链)的二抗;4)捕获抗体共价偶联在beads(可减少IP产物中抗体重链);5)对于待捕获的靶蛋白为标签融合蛋白时,可以选择抗特定标签蛋白的纳米抗体。(纳米抗体结构不同于传统IgG抗体,不会产生IgG抗体重/轻链。Proteintech旗下Chromotek公司提供多种纳米抗体,详见官网。)近期我们进行了IP直播讲座,期间大家提供了很多的真实案例或疑难问题,我们挑选了18个具有代表性的问题进行了文字版解答,希望能给遇到类似问题的小伙伴一些帮助