菌落 PCR 实验实验简介、原理、应用

简介

常规的 PCR 扩增需要进行细菌培养、质粒制备等多步操作后才能进行基因扩增，操作繁琐， 耗时较长，同时在反复的操作中 DNA 量损失也较大，产率较低。在 1989 年 Gussow Clackson 建立了菌落 PCR (colony PCR) 法，菌落 PCR 与我们通常的普通 DNA 的 PCR 的不同在于，直 接以单个菌作为模板。是一种可以快速鉴定菌落是否为含目的质粒的阳性菌落，操作简单、快速，在转化鉴定中较常用

原理

菌落 PCR 实验的基本原理是以单个菌落作为模板，用无菌牙 签挑取单个菌落到 TE 缓冲液中，煮沸 10 min, 涡旋振荡后短暂离心，用 1〜2 国裂解液作为 DNA 模板，省去抽提模板 DNA 这一步，通过特异性引物或通用引物对目的基因进行快速扩增, 大大节约了时间和成本。

应用

【菌落 PCR 实验】的常用应用领域如下：

1. 挑取重组子克隆

常规的碱裂解和煮沸法 (Sambrook, 1989) 均需要经过菌体过夜培养、菌体裂解及乙醇沉淀过程。一般情况下，在挑取的若干克隆中只有少部分为重组子，因此提取质粒过程消耗的时间很多，而利用菌落 PCR 挑取重组子克隆的过程则避开了提取质粒的繁琐过程。陈淑霞等人利用单菌落 PCR 法直接筛选含有绿色荧光蛋白基因 (green fluorescent protein, GFP) 和不耐热肠毒素 B 亚基和耐热肠毒素融合基因 (LTEST) 外源基因的重组克隆，阳性克隆可以扩增出目的条带，和质粒 PCR 扩增进行比较结果一致。证明单菌落 PCR 进行重组菌阳性克隆的鉴定是非常有效的。

2. 基因组测序

传统的测序前 PCR 扩增是以碱裂解等方法抽提的 DNA 为模板，成功率高但较为繁琐。釆用 菌落 PCR 方法，将样品跳过 DNA 抽提这一步，直接以菌体热解后暴露的 DNA 为模板进行 PCR 扩增和荧光标记，使建库到测序前各步骤的总成本减少了 1/3。唐晔盛等以] 釆用该法成功测定了 釉稻 (Oryg sativa indica) 广陆矮 4 号的 L3173 号 BAC DNA 全长序列。

来源：丁香实验团队

操作方法

菌落 PCR 实验

常规的 PCR 扩增需要进行细菌培养、质粒制备等多步操作后才能进行基因扩增，操作繁琐， 耗时较长，同时在反复的操作中 DNA 量损失也较大，产率较低。在 1989 年 Gussow Clackson 建立了菌落 PCR（colony PCR）法，菌落 PCR 与我们通常的普通 DNA 的 PCR 的不同在于，直接以单个菌作为模板。是一种可以快速鉴定菌落是否为含目的质粒的阳性菌落，操作简单、快速，在