肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎。
直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男性较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛腺导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其他皮脂腺普遍萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。
1.病理 肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。
复杂性肛瘘的病因及其分类
一、病因与分类
大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有：
(一)外瘘和内瘘 外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2～3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。
(二)低位瘘和高位瘘 瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。
各种类型的肛瘘
对肛瘘国内外现行的分类方法多达二十余种。根据中国衡水会议(1975年)，肛瘘统一标准分类是：以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位。只有单一的内口、瘘管、外口的称单纯性肛瘘；有两个或两个以上内口、瘘管、外口的称复杂性肛瘘。此分法目前已在国内普遍使用。
(1)低位单纯性肛瘘 只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。
(2)低位复杂性肛瘘 瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘管有两个以上者，有一个或几个在肛窦部位。
(3)高位单纯性肛瘘 仅有一条瘘管，管道穿过外括约肌深部以上，内口位于肛窦部位。
(4)高位复杂性肛瘘 有两个以上外口瘘管有分支
(三)单纯性肛瘘和复杂性肛瘘 前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
