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“金丹功”经过几千年的不断发展与完善，已发展成为“筑基炼已、炼精化气、炼气化神、炼神还虚、炼虚合道”这一整套体系完备的功法体系。根据其功用差异，大致可分为初、中、高三个阶段。
初级阶段包括“筑基炼已、炼精化气、炼气化神”几个过程。它是炼功者由抱一守中、凝神气穴（下丹田或上丹田）开始，使元精化生元气，元气化生元神至泥丸产生金液的阶段，即打通全身经脉、关窍，完成阴阳循环周天的阶段。此阶段的主要目的是排除炼功者体内先、后天带来和产生的病毒和不洁因素，使全身经脉畅通，气血顺畅，真气能在全身上、中、下三个丹田及四肢百骸随意流转，从而使自身“小宇宙”（道家崇尚“天人合人”论，主张“人法地，地法天，天法道，道法自然”，天地乃大宇宙，人体为一小宇宙）中的混元气畅通无阻，初步建立起有序化的人体调节体系和能场，为聚敛成丹打下基础。
这一阶段是“有为”阶段，即炼功过程中意念的作用明显阶段。内丹家将此阶段的完成称作“药产”，也就是说炼制金丹的药物已经产生，从此便可进入结内丹阶段。
初级阶段完成后，炼功者身体已初步洁净，各种先、后天致病因素基本排队净尽，人体免疫能力大大提高，脸色红润、耳聪目明、没有鼻涕、气足神充，一般可达百病不生的中经健康水平。
中级阶段是“炼气化神”至“炼神还虚”之间阶段，也就是由金液产生至聚敛成丹的阶段，即在初级阶段建立的“精化气、气化神”的能量转化程序已达到不需要后天意识干扰乃能运行自如的水平后，在杳冥恍惚的炼功态中，对合成金丹的半成品——金液，进行似守非守的沐浴温养，将炼功过程中产生和采集到的高能精微物质不断地浓缩积聚，最后实现由量变到质变的飞跃——产生金丹，金丹修炼家称之为“产圣胎”。
这一阶段是无为“阶段”，即炼功过程中意念的作用减弱，主要是温养沐浴（内丹家称之为温养圣胎，是借用女人怀孕生育之意），不施加后天的意识干忧，一任元气、元神自化。
金丹成熟以后，身体将起质的变化，会出现“马阴藏相”（即男子生殖器缩回小腹，喉结消失）、白发变黑、齿落重生等不可思议生理现象。五脏六腑、四肢百骸，从腠理到肌肤，万分舒畅。肌肤滋润、容颜光泽、发黑齿固、筋骨坚强。中枢神经的所有功能得到极大强化，精力充沛、记忆增强、脑健髓充、智慧剧增。呼吸系统已由单一的肺呼吸发展为多渠道共同呼吸，在炼功态中肺的作用减弱，基本处于休眠状态，而通过脐轮、关窍、毛孔呼吸的内呼吸旺盛，功夫深者，可达二气俱停、六脉俱无，元气在全身骨骼髓路中畅流的境界。此时全身正气充沛，不仅百病不侵，而且益寿延年，青春永驻。
高级阶段是“炼神还虚”至“由虚合道”阶段。金丹的成熟，标志着阴阳合一，“太极图”已经生成，即“二归一”，意味着命功修炼的完成，从此转入以性功修持为主的开智增慧，明心见性的最高境界（内丹家将此称作成仙合道），即“一归无”。
此阶段是实现由“无为”到“无不为”的最后阶段，即此阶段完成后，炼功者获得神秘的功力，随心所欲地实现自己的目的。通过前两个阶段的长期修炼，炼功者体内所有的穴位、关窍都能自由开阖，并通过自身小宇宙的先天元气与大宇宙中的先天一气相沟通、和合，成为“气大无外、气小无内”的整体，实现“天一合一”。
进入这种境界后，炼功者对外界的感知已不再局限于五官七窍等部位，全身所有可以自由开阖的穴位，都变成可以接收信息的孔窍，对外界信息的接收已不是鱼贯的线性吸收，而是成片的移植。这种接受与贮存信息的能力不断发展，即可逐渐克服现代世界的时空障碍，形成奇妙的智慧与功能，内丹家用“轻举远游，跨火不焦，入水不濡，能存能亡，长乐无忧”来形容功德圆满时的境界，并尊之为“仙人”、“圣人”或“真人”。
经过艰苦不懈的修炼，一般人能达到打通大小周天的“人仙”境界，卓越者能炼至阳神出壳、身外有身的“神仙”境界。但这还不是修炼的最高境界，修炼界素有“身外有身未为奇特，打破虚空方为全真”的说法，只有炼至虚空粉碎、与道合真的“天仙”境界，修炼才算最终完成，但却只有少数道德高深的圣人才能达到。所以，历史上哪些修炼到命功完成的著名炼士，最后都要在人世间和光同尘，行善积德，待功德圆满，才能“与道合真”。
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