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染色质片段过小：要得到小于500bp的染色质片段时，不需进行超声处理。太小的片段会使核小体被误认为核小体间的DNA而被消化掉。如果进行末端染色质免疫沉淀，通常酶消化法即能得到所需大小的染色质片段。 交联染色质免疫沉淀时交联时间过长：用甲醛交联10-15分钟，然后用磷酸盐缓冲液洗净，接着需要加入甘氨酸以终止甲醛的作用。过度交联可能会降低表位的可结合度从而减少抗体的结合。 特异性抗体结合受阻碍：在洗涤缓冲液里氯化钠浓度不要高于500mM，否则浓度过高将阻碍特异性抗体结合 有些单抗不适合做交联染色质免疫沉淀：单抗识别的表位可能会在交联过程中被掩盖，而阻碍位点识别。建议用多克隆抗体，可识别多个表位，这样就增加了免疫沉淀目标蛋白的几率 用错了抗体亲和性磁珠：蛋白A和G是细菌来源蛋白质，其对不同种的免疫球蛋白的亲和性不同。请使用特异性的亲和基质。 目标区域无足够的抗体：目标区域无表位。应有阳性对照抗体，以确认操作过程无误 反应后包括无模板的阴性对照在内均出现很高的信号：实时PCR所用试剂被污染。建议使用储备液来新鲜配制溶液 样本中无DNA扩增：使用标准对照/抽样DNA以确定样本中引物均有效 片段过大：针对不同的细胞系，应优化DNA片段的大小。超声时间和酶孵育时间均应调整。建议DNA片段不要超过1.5kbp。如果用酶消化染色质，会得到175bp大小的单核苷酸酶。与蛋白A或G无特异性结合：应采用预清除处理，即在加入抗体前，将裂解的样本与磁珠混合1小时然后分离使用 某些蛋白A或G磁珠本身会产生很高的背景：某些蛋白A或G磁珠会有很高的背景。要找到一个合适的供应商，所提供的产品应在非特异性对照样本中得到背景最低最干净的结果
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