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阴阳学说帮助中医学构筑了理论体系，并贯穿于中医学理论体系的各个方面，指导着历代医家的理论思维和诊疗实践。
1．说明人体的组织结构
人体的一切组织结构，运用阴阳的相对性与可分性，可划分为阴阳两个部分。由于划分的层次不同，人体脏腑经络形体组织的朗阳所指也不同。就大体部位而言，上部为阳，下部为阴；体表属阳，体内属阴。根据阴阳之中复有阴阳的道理，体表的组织皆属阳：皮肤为阴中之阳，筋骨为阳中之阴，体内的脏器皆属阴：五脏“藏精气”而为阴中之阴，六腑“传化物”而为阴中之阳。五脏之中，按其所居的位置高下及其生理特点，又可再分阴阳：心肺居上属阳，其中心属火主温通而为阳中之阳，肺属金主收下而为阳中之阴；肝脾肾位下属阴，其中肝属木主升发而为阴中之阳，肾属水主闭藏而为阴中之阴；脾属土居中焦，称为阴中之至阴。
2．概括人体的生理功能
对于人体的生理功能，中医学也是用阴阳学说加以概括的。人体的生长壮老已的全过程，是由精所化之气来推动和调控的。气分为阴阳二气，阴阳二气的交感相错、相互作用，推动着物质之间、物质与能量之间的相互转化，推动和调节着人体的生命进程。体内阴阳，如精与气、精中的阴精与阳精，气中的阴气与阳气，它们的对立制约与互根互用，使阴阳双方保持相对协调平衡，从而维持着生命活动的有序进行，即所谓“神转不回”“阴平阳秘，精神乃治”。
3．阐释疾病的病理变化
疾病是由病邪作用于人体而引起邪正相争，导致阴阳平衡失调，脏腑组织损伤及生理功能失常的过程。中医学常用阴阳失调来概括疾病的病理变化，把阴阳失调作为疾病的基本病机。
(1)阴阳偏胜：是指阴或阳中的某一方过于亢盛的病理变化。阴阳中某一方偏胜，必然过度制约另一方而使之偏衰。
(2)阴阳偏衰：是指阴或阳中的某一方低于正常水平的病变。阴或阳的某一方不足，不能制约另一方，必然导致另一方的相对偏亢。
总之，阴阳偏胜与偏衰是临床上常见的寒热病证的病理变化，也是阴阳失调病机中的重要组成部分，故中医学把“阳胜则热，阴胜则寒，阳虚则寒，阴虚则热”，称为寒热性疾病的病理总纲。这类病机变化可用阴阳的对立制约及其伴随的互为消长来阐释：阴阳偏胜属阴阳制约太过，出现超过正常限度的阳长阴消或阴长阳消；阴阳偏衰属阴阳制约不及，出现低于正常限度的阴消阳长或阳消阴长，但此“长”是相对而言，并非绝对增长．
(3)阴阳互损：是指明阳双方中任何一方虚损到一定程度而致另一方也不足的病理变化。
阴阳是互根互用的，若其中一方虚损，因不能资助另一方或促进另一方的化生，必然导致另一方也不足。阳虚至一定程度时，因“无阳则阴无以生”，故致阴精化生不足而同时出现阴虚的现象，称为“阳损及阴”，阴虚至一定程度时，因“无阴则阳无以化”，故致阳气化生不足而同时出现阳虚的现象，称为“阴损及阳”。阳损及阴和阴损及阳，最终皆可导致阴阳两虚。但此阴阳两虚并不是阴阳双方处于低水平的平衡状态，而是有偏于阳虚或偏于阴虚的不同。一般说来，阳损及阴导致以阳虚为主的阴阳两虚证，阴损及阳引起以阴虚为主的阴阳两虚证。
(4)阴阳转化与阴阳格拒：人体明阳失调所表现出的寒热病证，可以在一定条件下相转化。不论是阳热证还是阴寒证，疾病发展到一定程度，都可向其相反方面转化而产生质的改变。阳热至极，可转化为阴寒证；阴寒至极，亦可转化为阳热证。
阴阳格拒，是指阴阳双方的盛衰悬殊过大，偏盛一方盘踞于内，而将偏衰一方排斥于外，致使阴阳双方不能平秘协调的病理变化。阳气极衰，阴寒相对偏盛，壅聚于内，而将虚阳排斥于外，致使阴阳不能相互维系，浮阳外越，形成“真寒假热”证，称为“阴盛格阳”，阳热盛极，郁闭于内，而将阴气排斥于外，致使阴阳二气不能内外平秘透达，形成“真热假寒”证，称为“阳盛格阴”，《伤寒论》称此为“热深顾亦探”。
(5)阴阳脱失：是指阴阳双方不能相吸相抱而出现一方脱夺引起另一方也大量丢失的病理变化。阴阳脱失，是属阴阳互根互用关系失常，阴阳不得相吸相抱而致；阴阳格拒，是属阴阳对立排斥关系失常，盛极的一方过度排斥另一方而致。
4．用于疾病的诊断
由于疾病的基本病机是阴阳失调，所以各种疾病的临床表现尽管错综复杂，但大都可以用阴阳来加以说明。诊察疾病时，如善于运用阴阳两分法，就能抓住疾病的关键。
在诊察疾病时，审辨阴阳大则可用以概括整个病证的基本属性是阳证还是阴证，小则可用以分析四诊中的某个具体症状和体征是属阴还是属阳。
在辨证方面，虽有阴、阳、表、里、寒、热，虚、实八纲，但八纲中又以阴、阳作为总纲：表、实、热属阳，里、虚、寒属阴。在分析具体症状或体征时，可用阴阳来概括色泽、脉象．声音、呼吸等变化。
色泽辨阴阳：色泽鲜明为病在阳分，色泽晦暗为病在阴分。
声息辨阴阳：语声高亢宏亮，多言而躁动者，大多属实，热而为阳；语声低微无力，少言而沉静者，大多属于虚、寒而为阴。呼吸微弱，动辄气喘，多属阴；呼吸有力，声高气粗，多属阳。
脉象分阴阳：以部位分，则寸为阳，尺为阴；以脉动过程分，则至者为阳，去者为阴；以至数分，则数者为阳，迟者为阴；以形态分，则浮、大、洪、滑为阳，沉、小、细、涩为阴。
5．用于疾病的防治
阴阳学说用于指导疾病的防治，主要体现于以下几个方面。
(1)指导养生防病：养生，古称“道生”，又称“摄生”，即保养生命之意。养生的目的，一是延年，二是防病。要保持人体健康无病，必须“法于阴阳”，遵循自然界阴阳变化的规律生活，与自然界的阴阳变化协调统一，使精神内守，形体强壮。根据“春夏养阳，秋冬养阴”的原则，对“能夏不能冬”的阳虚阴盛患者，夏用温热之药培其阳，则冬不发病，对“能冬不能夏”的阴亏阳盛患者，冬用凉润之品养其阴，则夏日病减。遵四时之变而预培阴阳，可收事半功倍之效。此即所谓“冬病夏治”“夏病冬治”。
(2)确定治疗原则：由于阴阳失调是疾病的基本病机，因而调整阴阳，补其不足，泻其有余，恢复阴阳的平衡协调，就是治疗疾病的基本原则。
阴阳偏胜的治疗原则：阴阳偏胜，即阴或阳的亢盛有余，故冶用‘损其有余’的原则。阳偏胜引起的实热证，宜用寒凉药以清热，即所谓“热者寒之”；阴偏胜所致的实寒证，宜用温热药以祛寒，即所谓“寒者热之”。阳盛伤阴引起的实热兼阴虚证，宜用清热兼滋阴之法治之；阴盛伤阳所致的实寒兼阳虚证，宜用祛寒兼温阳之法治之。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰，即阴或阳的虚损不足，故治用“补其不足”的治疗原则。阴虚不能制阳引起的虚热证，一般不能用寒凉药物直折其热，而宜用滋阴以制阳之法。不能制阴而致的虚寒证，一般不能用辛温发散药以祛阴寒，而宜用补阳以消阴之法。
阴阳互损的治疗原则：阴阳互损，导致阴阳两虚，故治宣阴阳双补，但直分清先后主次。阳损及阴导致以阳虚为主的阴阳两虚证，治宜“阴中求阳”，即在补阳的基础上兼以补阴；阴损及阳导致以阴虚为主的阴阳两虚证，冶宜“阳中求阴”，即在补阴的基础上兼以补阳。如此则阴阳双方相互资生、相互促进。
阴阳格拒的治疗原则：阴盛格阳出现真寒假热证，治当“热因热用”；阳盛格阴出现真热假寒证，冶当“寒因寒用”。两者皆属“反冶”的范畴。
阴阳脱失的治疗原则：阳随阴脱者，本应补明为主，固阳为次，但因有形之精血津液难以速生，故无形之气所当急固。阴因阳脱者，亦当补阳为主，养阴为次，阳气得固则阴不再脱。
(3)归纳药物的性能：治疗疾病，不但要有正确的诊断和治疗，而且还须掌握药物的性能。中医学对药物的性能，主要是从气、味和升降浮沉等方面加以分辨的，而气、味和升降浮沉都借用了阴阳学说加以归纳说明。
药性：主要有寒、热、温、凉四种，又称为“四气”，其中寒，凉属阴（凉略次于寒），温、热属阳（温略次于热）。能减轻或消除热证的药物，一般属于凉性或寒性；能减轻或消除寒证的药物，一般属于温性或热性。故临床上治疗热证，一般用寒凉性质的药物；冶疗寒证，一般用温热性质的药物。
五味：即辛、甘、酸、苦、咸五种滋味。此外，有些药物属于淡味或涩味，所以实际不止以上五种，但习惯上人们通常仍称之为“五味”。
升降浮沉：是指中药进入人体后的走向特点。升即药性上升，降即药性下降，浮即药性发散，沉即药性镇敛。凡具有升散发表、祛风散寒、涌吐、开窍等功效的药物，大多药性上行向外，或升或浮，或兼见两者，故属阳；凡具有泻下、清热、利尿、重镇安神、潜阳息风、消积导滞、降逆止呕和收敛等功效的药物，大多药性下行向内，或沉或降，或兼见两者，故属阴。
总之，养生防病，须“法于阴阳”；治疗疾病，须根据辨证的阴阳失调情况确立治疗原则，再结合药物性能的阴阳属性选择适当的药物，以纠正疾病过程中的阴阳失调，从而达到治愈疾病的目的。
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