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四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度； 正常的峰图，波峰与波谷清晰，峰与峰之间的距离均匀； 比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰；
测序结果的前几十bp不能用指的是下图中黄色区域标出的区域；在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据，以免影响分析结果； 在使用PCR产物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的，所以检测不到信号，在测序结果中也找不到引物的序列，如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以找到PCR引物； 测序公司给出的峰图在1000～1200bp之间，但超过800bp后的各种波之间有重叠，波峰有钝化现象，碱基与碱基间的距离有时突然加大（此图中的812bp~813bp），这些现象都会影响结果的准确性，所以只能做为参考．所以说有效片段为800bp左右．
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