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《史记》自问世以来，以其博大精深的思想内容与瑰玮奇变的文采，成为中国古典文献宝库中一颗璀灿的明珠，研究者代不乏人，研究成果可谓汗牛充栋。据不十分精确统计，自东汉至今，研究《史记》的专著达近三百部，论文多达三千五百余篇，这在古代史籍文献研究中是较为罕见的。《史记》版本研究是《史记》文献学研究的内容之一，考察《史记》产生以来抄写刊刻状况、研究诸本异同、揭示各本间的相互关系及承继源流，进而论证《史记》的版本系统，是《史记》研究的基础。
自汉至唐，《史记》皆为写本，宋淳化年间以后，《史记》始有雕版。叶德辉说：“雕版谓之版，藏本谓之本。”故《史记》版本研究含写本、刻本两部分。《史记》诞生到现在二千余年间，广泛流传，产生了众多写本、刻本。众本之间文字或同或异，妨碍了《史记》的正确利用。《史记》版本研究的目的即是探寻更为接近《史记》原貌的本子，为后人正确利用《史记》奠定可信的基础。
司马迁撰成《史记》后，“藏之名山，副在京师”，以“俟后世圣人君子”。至汉宣帝时，其外孙杨恽始对外宣布。而《史记》得以广泛流传是在魏晋时期，因相互传抄，文字舛乱，各本之间多不相同。《史记》各本，因所据底本不同，在流传过程中，形成了相对独立的版本系统。六朝时期的《史记》写本，除仅存二篇残卷外，余皆不存。关于《史记》版本的较早著作是晋末徐广所著的《史记音义》，但是从严格意义上说，徐广还没有真正进行《史记》的版本研究，仅是收集了众本异同的资料。即便如此，这项工作对《史记》版本研究具有开创之功是不容否认的。南朝宋裴骃在徐广《史记音义》基础上著《史记集解》，亦对《史记》的不同版本有所记载。依据《史记》注文中的材料，亦可窥其涯略，进而作深入研究，或可揭示这一时期的《史记》版本状况。至唐代，《史记》得到了积极的推崇，司马贞作《史记索隐》、张守节作《史记正义》，加之裴骃的《史记集解》，构成《史记》三家注，奠定了《史记》学的基础；《史记索隐》、《史记正义》中，兼列诸本异同，在一定程度上反映了唐代的《史记》版本状况。
宋代是雕版兴盛时期，《史记》在此时与写本告别，有了刻本。刻本的产生，标志《史记》版本开始定型。宋朝曾多次雕版印刷《史记》，但多数亡佚。这一时期是版本研究的开创期，体现在藏书家的藏书目录中。如陈振孙《直斋书录解题》、晁公武《郡斋读书志》等，开始记载书籍的版本形态。而兼列诸本异同，如于宋尤袤《遂初堂书目》，“目中所录，一书多至数本”。藏书家目录大多仿此书，为版本研究提供了重要线索和依据。
明代在《史记》版本研究上，仍主要局限于藏书家的著录方面，多侧重于宋元本的文本形态的考究，对文字的讹误状况与版本承继关系尚少涉及。在这一点上，清代的藏书家与明代藏书家无大异。版本学是兴起较晚的一门学科，明清时代的藏书家、版本家对专书的版本研究，只局限于传统的目录学框架里，是不全面的，若不与校勘学相结合，则难以澄清该书的版本系统。因此版本研究不仅仅是文本形态的研究，更重要的是文字异同的研究。这就要求必须与校勘学、目录学有机结合起来。如此方能有助于理清一部书的版本系统。
清代是《史记》研究的鼎盛时期，学者将考证学引入《史记》研究，对《史记》文字的衍、讹、脱、误作了大量的考证工作，取得了前所未有的丰硕成果，为确定《史记》版本系统及优劣提供了可信的依据。其中梁玉绳的《史记志疑》、杭世骏的《史记考证》、方苞的《史记注补正》、钱大昕的《史记考异》、王筠的《史记校》、王念孙的《读<史记>杂志》、张照的《馆本史记考证》、张文虎的《校刊史记集解索隐正义札记》等，或直接或间接地对《史记》的版本研究作出了贡献。
近现代的《史记》版本研究亦很薄弱。王国维在《五代两宋监本考》、《两浙古本考》论及宋版《史记》的刊刻及其承继，但未作深入探讨。赵万里著有《两宋诸史监本存佚考》，也是仅局限于宋本的研究。其后，王重民著《<史记>版本研究及参考书》、赵澄著《史记版本考》，是研究《史记》版本的专论。这两篇论文也是在传统版本学的范畴内，概括地介绍了宋代以来的《史记》版本，而以王重民先生之作更有价值，赵澄之文则显平平。至此二文发表后十几年，《史记》版本研究领域偶有单篇散论，其中以傅斯年、劳干对景祐本刊年的讨论为有所创见。此后《史记》版本领域无人问津。直至1958年，贺次君先生的《史记书录》出版，《史记》版本研究才又呈生机。《史记书录》是有始以来的第一部研究《史记》版本的专著，作者以“亲见为限”，对现存60余种《史记》版本作了详密考究，在方法上亦有超越传统版本学框架之处，引用实例，考辨异同，是迄今为止较为全面的《史记》版本研究著作，促进了《史记》版本研究，功不可没。但考证过于琐碎，缺乏系统研究，论断亦多有与《史记》版本实际不符之处。因其是国内唯一一部研究《史记》版本的专著，影响较大，学术界多引用其说，以致使其某些误说流传。进入八十年代，又有两篇研究《史记》版本的论文发表，即安平秋先生的《史记版本述要》与易梦醇先生的《史记版本考索》。
易梦醇先生的文章重点探讨的是后世对《史记》的增补及《史记》中的窜乱部分，对《史记》版本研究涉及不多，论述也存在沿袭误说之处。安平秋先生的《史记版本述要》是这一时期《史记》版本学方面的一部力著，一改《史记书录》冗赘繁琐，缺乏条理之弊，眉目清晰、论断公允，更具系统性、条理性。
国外对《史记》版本的研究主要集中在日本。最早研究《史记》版本的学者是冈本保孝，所著《史记传本考》(收入况斋丛书，写本，今藏日本国会图书馆)，主要记述了《史记》传入日本的版本及存佚状况，以明版《史记》为多，对宋本没有深入研究。其后寺冈龙含著《史记三家注合刻的创始时代和版本系统考究》，亦仅是归纳成说，多不可信。水泽利忠对《史记》版本研究用功最勤，撰有《史记之文献学的研究》，概括介绍写本、刻本的版本形态及异文，是一部比较全面的版本研究著作，但所用方法与贺次君《史记书禄》无大异。又著有《上杉家藏庆元本史记研究》、《史记古本考》，均有一些新见。尾崎康是日本较为著名的版本学者，著有《正史宋元版研究》、《以正史为中心的宋元版本研究》，侧重对现存的宋元本《史记》书志形态的考察。另有长泽规矩也所著《关西宋代合刻本正史的传本》，亦对《史记》版本有所涉及。从总体看，日本学者的上述研究仍限于对《史记》版本一般性的介绍和考察，没有向更深层次拓展，且与中国学者的研究多相重复。
纵观《史记》版本研究史，不难发现，无论在研究成果的数量上，还是在研究问题的层次上，是与《史记》的整体研究不相称的。以致迄今为止，《史记》版本研究没有形成体系。这固然有客观条件的限制，即此项工作必须以亲眼所见为根据，既不能以耳代目，亦不可靠第二手资料。但也不容否认传统版本学的弊端，即只注重书籍的形态考究，而未深入到书籍的内容，即文字异同的研究，尤其没有从文字的异同现象中去探寻各版本间的内部关系。在这方面，明、清之际的藏书家是最明显的例子。他们以丰富的阅历及广博的知识，可以评定某一本子的年代及优劣，而却没能就其所见，进一步探寻不同版本间的承传关系。近人的研究虽然有所创获，但整体上并没有突破前人研究的窠臼。
历来版本研究多以文本形态为对象，而文字异同的考证由校勘学承担，学术如此分野，不无道理。但若研究一部书的版本源流及各本间的关系，仅据文本形态则远远不够。《史记》在长期流传、抄写刻印过程中，各本之间，字句有多有少，错脱讹衍、增改窜改比较严重，往往因一字一句的不同，致使史实全乖。前人为了正本清源，恢复《史记》旧貌，作了大量的厘正工作，充分利用前人的考证成果，依据诸本文字异同，作为探求《史记》各本间关系的主要依据。考察《史记》版本承传轨迹是一项比较复杂的工作，既需耗费时日逐字核校诸本，又需审慎运用相关知识处理纷繁复杂的文字异同现象，但只有如此方可客观地揭示《史记》的版本系统。
司马迁于征和二年完成了《史记》的撰著，并誉写两本，“藏之名山，副在京师，俟后世圣人君子。”可知《史记》起始便有正、副两个本子存世。至于两本所藏地点，即“名山”与“京师”具体是何处，后人颇有争议。司马贞《史记索隐》谓：“言正本藏之书府，副本留京师也。《穆天子传》云‘天子北征，至于群玉之山，河平无险，四彻中绳，先王所谓策府’。郭璞云：‘古帝王藏书之府’，则此谓藏之名山是也。”司马贞以“名山”指书府，即古帝王藏策之府；或认为“名山”即指高山深谷。《汉书·司马迁传》颜师古注：“藏于山者，备亡失也。”而于“京师”则未作说明。顾颉刚也说：“司马迁为了怕遗失，把原稿清写两部，正的放到山上，副的放到京城”。实际上，“名山”是司马迁一种隐晦说法。若谓藏于名山是备亡失，于情理不符。古人著书，未有藏之于山的记载。况且藏之于山，世人不知，如何能保不失?陈直认为“所谓名山者，即是藏之于家”是符合实际的司马迁所谓“传之其人”，是指传于后人，如同其继承父业。其后杨恽“祖述其书，遂宣布焉”，便是其证。先人著书，传于后人之习，其后延续不衰。唐司马贞作《史记索隐》谓：“虽未敢藏之书府，亦欲以贻厥孙谋云”，张守节《史记正义》也说：“庶贻厥子孙”。司马氏世为史官，司马迁不会让此业在他而后中断，是很合于情理的。
既然“名山”是指家，而司马迁之家又在京师，那么“副在京师”又如何解释呢?龚自珍说：“太史公之先，官京师数世矣。太史公生左冯翊，而长京师，诵古文于京师，仕则紬石室金匮于京师，其两世取师友，唐都、黄子、田何、孔安国之伦，尽京师耆旧卿士。太史公家虽无剖符丹书之荣，其于京师也，根深而原远，而忘京师，是不恩王父，不恩王父，以不恩师友，是故副在京师。京师即上系君父，亦必有磬石之宗，知古今之献，羽翼天室，世世无极，以所著书讬焉。”“后人必有入京师以观吾书者焉，则太史公之志也”。此虽未讲明副本藏于京师何处，但可知龚自珍此处指的是藏于司马迁在京师的家中，因而认为正本所藏的“名山”即实指的高山。实际上，藏在京师的副本并不是藏在家中，而是被收入汉皇家书会。一、司马迁撰写《史记》，并不完全是一种个人行为，与其所担当的太史令职位相关。其撰写《史记》，在当时也不是隐而不宣之事。他在《报任安书》中的阐述，即反映司马迁无隐瞒此事的意图。而且武帝亦关注此事，《西京杂记》说：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短及武帝之过，帝恨，削而去之。”武帝是否削去《景帝本纪》姑且不论，但武帝读过《史记》是勿庸致疑的。二、汉朝推行重视文化事业的政策。《汉书·艺文志》：“汉兴，改秦之败，大收篇籍，广开献书之路。迄孝武世，书短简脱，圣上喟然叹曰：‘朕甚悯焉’。于是建藏书之策，置写书之官，下及诸子传说，皆充秘府。”汉武帝大收篇籍并非仅收前代书籍，当代人的重要著作也一并收入。如汉初陆贾的《新语》，《史记·陆贾列传》说：“余读陆生《新语》书十二篇，故当世之辩士。”，再如晁错的《晁错所更令三十章》，《史记·彭盎晁错列传》说：“晁错……学申、商刑名于轵张恢所，与洛阳宋孟及刘李同师。……《晁错所更令十三章》，诸侯皆喧哗疾晁错。”类此当代人的著作，司马迁均得见，亦应是见于秘府。而《史记》远比《新语》、《晁错所更令十三章》重要，完成之后必定收入秘府。又《汉书·宣元六王传》：“成帝时，东平王宇来朝，上书求《太史公书》。”证明秘府已有《史记》。司马迁所录两本，知一本藏于家中(“宣帝时，迁外孙杨恽祖述其书，遂宣播焉。”是其证。)，若另一本藏之于山，秘府之本从何而来?是《史记》完成之后，司马迁即献于朝廷，收入了皇室书府，故武帝得以阅览。《汉书》颜师古注引刘向《别录》，刘向领校群书之际，《史记》仍在秘府。以此可证“副在京师”，即副本藏入皇室书府。
《史记》正本、副本，一在家中，一在秘府。而其后流传，副本在先，正本在后。《汉书·司马迁传》：“迁死之后，其书稍出。宣帝时，迁外孙平通侯杨恽祖述其书，遂宣布焉。”以此可以推定，在杨恽宣布之前，《史记》已有部分传出，但只能是少数单篇。桓宽《盐铁论·毁学篇》：“大夫曰：司马子言，天下穰穰，皆为利往。赵女不择好丑，郑姬不择远近，商人不丑耻辱，戎士不爱死力，士不在亲，事君不避其难，皆为利录也。”此节文字出于《史记·货殖列传》：“……故曰：‘天下熙熙，皆为利来，天下穰穰，皆为利往。’夫千金之王，万家之侯，百室之君，尚犹患贫，而况匹夫编户之民乎!……”、“富者，人之性情，所不学而俱欲者也。故壮士在军，攻城先登，陷阵却敌，斩将搴旗，前蒙矢石，不避汤火之难者，为重赏使也。其在闾巷，少年攻剽椎埋，劫人作奸，掘冢铸币，任侠并兼，借交报仇，篡取幽隐，不避法禁，走死地如鹜者，其实皆为财用耳。今夫郑女赵姬，设形容，揳鸣琴，揄长袂，蹑利屣，目挑心招，出不远千里，不择老少者，奔厚富也。游闲公子，饰冠剑，连车骑，亦为富贵容也。弋射渔猎，犯晨夜，冒风雪，驰坑谷，不避猛兽之害，为得味也。博戏驰逐，斗鸡走狗，作色相矜，必争胜者，重失负也。医方诸食技术之人，焦神极能，为重糈也。吏士舞文弄法，刻章伪书，不避刀锯之诛者，没于赂遗也。农工商贾畜长，固求富益货也。此有知尽能索耳，终不余力而穰财矣。”此是桓宽记载御史桑弘羊之言，事在昭帝始元六年(前81年)，此时杨恽尚未宣布其外祖父书。桓宽能节引《史记》文，当是据由皇室秘府传出的部分篇章，即《汉书》所说的“其书稍出”之时。《盐铁论》中引《史记》文字不止一处，《西域篇》文学谈大宛事，《刑德篇》御史大夫引韩非子事，《大论篇》文学谈孔子事，分别本于《史记》的《大宛列传》、《韩非子列传》、《孔子世家》。到至杨恽宣布后，《史记》整体一百三十篇方为朝野所共知，并逐渐流传开来。而秘府所藏的副本的流传则早于此若干年。
《史记》传出伊始，流传范围很小，至西汉末年，达官显贵，亦难得一见。《汉书·宣元六王传》载，成帝时，东平王刘宇来朝，上书求《太史公书》，“上以问大将军王凤，对曰：‘今东平王幸得来朝，不思制节谨度，以防危失，而求诸书，非朝聘之义也。……《太史公书》有战国纵横权谲之谋，汉兴之初，谋臣奇策，天官灾异，地形阨塞，皆不宜在诸侯王。不可予。’”东平王之所以上书求《太史公书》，证明他曾读过《史记》的某些单篇，进而提出得到完书的请求。大将军王凤也显而易见是读过《太史公书》。这都证明，《史记》在西汉末年，是以单篇的形式流传的。直到东汉初年，这种形式依然没有改变。如《后汉书·窦融传》：“光武帝赐融以太史公《五宗世家》、《外戚世家》、《魏其武安侯列传》。”《后汉书·循吏传》：“明帝赐王景《河渠书》。”类似这种散出单篇，随出随散，不可能流传后世。《史记》形成不同版本，产生文字歧异应该是在西汉末期，自刘向及其子刘歆等续《史记》之后。《史通·古今正史》：“《史记》所书，年止汉武，太初以后，阙而不录。其后刘向、向子歆及诸好事者，若冯商、卫衡、扬雄、史岑、梁审、肆仁、晋冯、段肃、金丹、冯衍、韦融、萧奋、刘恂相次撰续，迄于哀、平间。”诸人续《史记》，应皆见过《史记》抄本，自此以后，《史记》产生异本，而司马迁亲手誉写的正副本均为其祖本。
在古代文献中，《史记》的版本有其与众不同的特殊性。从《史记》版本产生发展考察，依不同的标准划分，可分为写本、刻本；单注本，二家注、三家注合刻本；唐本、宋本及元明清本；大字本、中字本、小字本；监本、官本、私刻本；杭本、闵本、蜀本；九行本、十行本、十二行本、十四行本。如此繁杂的形式构成了庞大的《史记》版本体系。研究这一体系的发生演变继承，便是《史记》版本学。而这一体系中的基础与核心，则是宋刻本。只有对宋刻本作深入全面的剖析考证，才有可能理清《史记》版本的源流。
笔者通过对唐及唐以前《史记》写本状况的考察，得出在魏晋时期《史记》就已产生众多异本，虽未形成系统，但已做了一定的整理工作。唐代沿承其绪，是为《史记》的写本阶段。在这一阶段，《史记》主要处在自然传抄状态，尚未进行有意识的校改。至宋代，对《史记》写本进行了综合校理，由写本过渡到刻本。可以说刻本对写本的继承是整体上的继承，写本与刻本间无不同系统的区别。在此基础上，重点在于研究北宋、南宋诸本的成因及演变轨迹，探讨元、明主要刊本的版本承传系统。
《史记》最早的刻本是淳化本，此本虽已失传，但其修补本依然流传，即刊于北宋仁宗景祐年间的十行本。此本是对淳化本的继承，含淳化本之旧，因刊行于景祐年间，故称其为景祐本。此本由原刻与补刻两部分构成，补刻部分刻于北宋政和年间。此本现藏台湾中央研究院历史语言研究所。景祐本在南宋初又经覆刻，现藏于北京图书馆的存四十卷本、一百三十卷本的原刻部分及藏于台湾中央图书馆的存一百二十六卷本即此本的覆刻本。
与景祐本互为前后刊刻的是十四行的杏雨藏本。此本刊刻于宋真宗景德年间，是在淳化本的基础上，经过刊校而重新开雕的刊本，与景祐本有同源的关系。此本原本已残，仅存六十九卷，现藏日本大阪杏雨书屋，故称其为杏雨藏本。此本于南宋绍兴间覆刻于杭州，覆刻本藏于北京图书馆，其中原版一百零二卷，其余为它本配初。十四行本《史记》在《史记》版本体系中占有重要地位，对后世本影响较大。今存十四行本有两种，一为上述杏雨藏本，一为刊于北宋仁宗嘉祐六年刊本。北宋仁宗嘉祐六年刊本存十四卷本藏北京图书馆，另有三卷(即《秦本纪》、《秦始皇本纪》、《项羽本纪》)存于北京大学图书馆藏南宋建刊《史记集解》本中，与杏雨藏本属同一系统，其与失传的蜀刻小字本似有渊源。
上述三本是今仅存的北宋本。杏雨藏本与景祐本皆祖淳化本，是同源而分流，二本差异并不很明显，后世本分别对二本有所继承，故在《史记》版本中占有重要地位，对勘正后世本的讹误具有极高价值。
南宋本《史记》除去覆刻北宋本外，有十二行的建安朱中奉刊本。此本为私刻《史记》之首，其版本特点与杏雨藏本为近，但并不是对杏雨藏本的全部继承，而是以杏雨藏本为主要底本，参校诸本而成。作为建刊本，此本刊刻质量不高，但保存了北宋本的特点，对后世《史记》的校勘亦有一定价值。与朱中奉本类似的南宋建刊《集解》本，即北京大学图书馆所藏本。此本刻于南宋孝宗以后，晚于朱中奉本，与朱中奉本同属杏雨藏本系统。然此本刊刻质量亦不高，讹误甚多，版本价值不大。
南宋地方州府刊刻的《史记》现亦仅存一种，即淮南路本，为淮南路转运司所刊官本，是以北宋本底本的翻刻本。以其与北宋本相校，此本更近杏雨藏本系统，但在翻刻之际曾参校诸本，故与杏雨藏本差异较大。
北宋时期的《史记》版本皆为《集解》单注本，至南宋，《史记》版本发生了重大变化，产生了《集解》、《索隐》二家注合刻本与《集解》、《索隐》、《正义》三家注合刻本。
二家注合刻本始于乾道七年的蔡梦弼刊本。此本参校京蜀诸《集解》本而成，其《史》文及《集解》注文虽近北宋《集解》本系统，但不主一本，是一新产生的刻本。二家注合刻本中，张杅本与耿秉本属同本，是以蜀刻《集解》本为底本，合一《索隐》本而成，与蔡本不是一个系统。刊于蒙古中统二年的段子成刊本，刻于宋元之交，其时当南宋理宗景定二年，虽称蒙古，尚未入元，故此本亦应视为宋本。此本亦是以一单《集解》本合一《索隐》本而成，其所据《集解》本与蔡本所据本相近。以现存宋刻二家注合刻本而论，各本均独创二家注合刻体例，相互间不存在整体承继关系，这与明代刊刻《史记》不同。明代所刊合刻本《史记》，基本是以宋本为底本翻刻，如游明本、建阳慎独斋本均是翻刻中统本。
三家注合刻本始于刊南宋绍熙、庆元年间的黄善夫本。黄善夫本是在二家注合刻本的基础上演化而成，其所依据的二家注合刻本为蔡梦弼本，在蔡本基础上合以《正义》，而成三家注合刻本。但其并不是二本的简单合并，而是参照诸本有所取舍，但因校勘不精及学识不逮，讹误之处为数不少，故难称善本。此本价值有二：一是创三注合刻的体例，使之成为后世《史记》版本的主要形式，极大地方便了《史记》的研究，至此《史记》版本形成了定式，奠定了《史记》版本学的基础。二是进促进了三家注的流传，尤其是对《正义》的流传有保存之功。张守节于唐开元二十四年完成《史记正义》，晁公武《郡斋读书志》、陈振孙《直斋书录解题》著录为三十卷，知其体例如《索隐》标字列注，不与《史记》原文相比附。然《正义》原本已佚，自宋以后不见诸家著录，亡于何时不可考。今所见最早《正义》注文是散刊于黄善夫三家注本中。将《正义》注文散刻于《集解》、《索隐》之下始于黄善夫本，其后诸本《正义》文皆据此本以出，可以说黄善夫本对《正义》的流传起到了重要作用。第一部承继黄善夫本的三家注本是刻于元至元二十五年的彭寅翁本。彭寅翁本虽据黄善夫本刊刻，但行款稍异，又因所据底本残缺，故注文时有脱落，非如后人所说的有意删削。明代刊刻三家注合刻本多种，其中廖铠本、柯维熊本、王延喆本均据黄善夫体刻。所不同的是，廖铠本、柯维熊本为翻刻黄善夫本，并作了一定校改。王延喆本则是覆刻黄善夫本，亦因所据黄善夫本或残或缺，以致偶与黄善夫本不能密合。刻于嘉靖十三年的秦藩本不是据黄善夫本翻刻，而是覆刻王延喆本，但同属黄善夫本系统。明代南京国子监、北京国子监均刊刻《史记》三家注本，世称南监本、北监本。南监本凡三种，首刻于嘉靖九年。其时南监不藏三家注合刻本，张邦奇等人据元大德九年刊《集解》《索隐》二家注本合以《正义》注文而成。因此本合二本为一本及所据底本不善，三家注文多有脱落，尤以《正义》脱落为甚。后人据此斥其删削三家注，实情并非如此。南北监本中，刊于万历三年的余有丁本是有意删削注文，而刊于万历二十四年的冯梦祯本、刊于万历二十六年的刘应秋本均竭其所能恢复三家注文，无删削之事。
以上概述了《史记》产生以来主要版本的流传端绪，可见各本皆渊源有自。就各本特点而言，以是祐本与杏雨藏本刊刻质量高于它本，而对后世本的影响，以杏雨藏本为大，南宋诸本多承其绪，然经校改，非覆刻，故各有其自身特点。
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