魏晋南北朝时期，市境长期处于战争和对峙的前沿，建置紊乱，隶属多变。长年战乱带来的是"江淮之间，赤地千里"的凄惨景象，经济和文化遭到严重破坏。南齐永明七年（公元489年），割直渎、破釜以东，淮阴镇下流杂100户置淮安县，取“淮水安澜”之意，"淮安"之名始见。明清时期，有漕运总督、南河总督驻节淮安。漕运总督还经常兼巡抚江淮，节制淮（安）、扬（州）、庐（州）、凤（阳）四府及徐（州）、滁（州）、和（州）三州，管辖范围包括今江苏、安徽二省的长江以北广大地区。清末，一度设立江淮行省，淮安是江淮巡抚驻节之所，即省会所在地。2001年2月，淮阴市更名为淮安市，原县级淮安市改为淮安市楚州区，原淮阴县改为淮安市淮阴区。淮安境内有著名的“青莲岗文化”遗址。曾是漕运枢纽、盐运要冲，驻有漕运总督府、江南河道总督府。历史上与扬州、苏州、杭州并称运河沿线的“四大都市”，有“中国运河之都”的美誉。 淮安地处江苏省长江以北的核心地区，邻江近海，为南下北上的交通要道，区位优势独特。是江苏省的重要交通枢纽，也是长江三角洲北部地区的区域交通枢纽。 淮安人文荟萃。历史上诞生过大军事家韩信、汉赋大家枚乘、巾帼英雄梁红玉、《西游记》作者吴承恩、民族英雄关天培、《老残游记》作者刘鹗等。 淮安是时任中共中央政治局常委、中华人民共和国第一任国务院总理周恩来同志的故乡，也是现任中共中央政治局委员、中华人民共和国副主席李源潮同志的故乡。
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