三清气功是一种内在修炼的功夫。它继承了管子等人的“唯气一元论”的理念，并遵循了魏伯阳、崔希范、吕洞宾等前辈的内功修炼方法。同时，它还融合了清代内功西派李西月的心法等核心秘密。
这种功法在外在动作上简洁而不繁琐，不依赖力量来驱动；而内在运行则化繁为简，不刻意去追求。外在动作上，双手的运动代表着阴阳，形成太极的圆形，因此很简单；内在运行则追求虚静，无所企求，所以非常纯粹。只有简洁和纯粹，才是进入道的途径。简单易学，纯粹则容易成功，这就是三清气功的宗旨。 这一层是在太清之功有所成就之后，为了进一步提升而进行的。也就是说，从心肾相交的状态提升到心、肾、脑三点相交的状态。这个层次不仅为后续的玉清功打下基础，而且同时是修炼精、气、神的过程。在这个过程中，肾、心、脑三点连成一线，形成一个循环。具体来说，就是通过精炼化为气，再通过气化为神，最后这个神再反过来滋养大脑。这个过程既修炼身体也修炼精神，所以也可以叫做性命双修功夫，或者叫小周天功夫。开始练这个功法的时候，起功的方法和第一层是一样的。手掌向下（阳手），从下丹田位置开始，轻轻向下按压到气穴和双肾的位置。当气到达双肾后，手掌翻转向上（阴手），将气运到尾骨，再运到命门，然后沿着脊柱的24节，经过大椎、天柱、风府，到达头顶（铁板、泥丸）。接着，气再经过额头（明堂），伴随着轻微的呼吸，向下经过喉咙（十二玉楼），再经过膻中、中宫，最后回到下丹田和气穴，最终归于双肾。第一点，体内的气运行的路线是从下丹田开始，经过下鹊桥到尾骨，然后沿着督脉上升到头顶。当气到达头顶后，再沿着任脉下降，最后回归到肾脏。这就是所谓的小周天运行。第二点，沿着督脉上升的过程被称为逆行。道家把这个方法叫做“肘后飞金晶”。这里的“金”指的是肾水，“晶”指的是元精。“肘后飞金晶”的方法是：当下丹田的气运到尾骨时，阳手的双掌手指从两边向中间靠拢，双掌先微微收成凹形，然后随着双手上抬的动作而展开，使手心变平。这样，尾骨的气就会自然上升到命门和脊柱的位置，同时双肾也会随着这个动作收紧。在这个时候，修炼者应该把双肘略微抬起，形成弧形，就像鸟展开翅膀一样。同时，要伸展腰部、挺直背部，头部向前伸出，而双肘继续抬高，双掌伸过头顶，中指相接形成拱形。当背后的气经过头顶时，拱形的双掌会将上升的气压入大脑。这就是“肘后飞金晶”的方法。其三，顺着任脉向下的气流被称为“昆仑垂瀑布”。这里的“昆仑”指的是人的头顶，“垂瀑布”则是形容气流像瀑布一样下行。具体方法是：当督脉的气通过“铁板”到达“泥丸”时，不能操之过急，要遵循“过关要慢”，“运气要均匀”的原则。否则，可能会出现头痛、头昏等不适症状。进入大脑的气，需要注意与喉咙（玉楼）保持成一条直线，这样气才能毫无阻碍地降至中宫，并与从下上升的肾气在下丹田交汇。之后，肾气如常上升，心液继续下降。当气到达头顶（昆仑）后，双掌手背朝上，中指相接，就像飞鸟向下飞翔时收起翅膀的样子。双掌合拢，引导脑中的气通过丹田到达气穴。前面提到的肘部上行的方法和心肾交合的下行方法，是小周天运动中最重要的功法。练习这个方法时，不能急于求成。可以分为定时练习和不定时练习两种方式进行。定时练习可以选择早上或晚上进行（如果是晚上练习，要在上床睡觉前一小时以上进行，否则反而会影响睡眠）。练习时要心平气和，呼吸均匀，不要急促呼吸。练习时间的长短根据实际情况来定（比如气不散，呼吸不急促，头不胀痛，任督二脉通畅等），总的来说，练习时间越长越好。不定时练习，又称为“时至而炼”。这是指当会阴部有气流产生的感觉，或有如粟如珠的气体出现在会阴上方一寸左右的位置时，应立即抓住时机进行运气练习。这就是道家所说的“活子时”，这个时机千万不能错过。其四，如果练习者背后上升的气流动作过快，可能会导致虚阳上升，而真气还没有到达，造成空运。所以，动作应该放慢，与元气一同上升。当气升到头顶，双掌引导气入穴位时，要稍微等待片刻，等到肾气涌来时才收拢双掌顺势按下，否则就会成为空按，导致下降的气也是空的，心与肾的交汇也就没有快感。下行的气，要从头顶偏后的位置引入。为了使这股气与喉咙成一条直线，头部要先向前弯曲，然后再缩回直立，这样脑中的气就能顺着通道直下中宫，才不容易在中途消散。苏东坡在《东坡志林·导引》一书中说：“真人的心，像深渊中的珍珠；普通人的心，像浮在水面上的泡沫。”周天运气的法则也是这样。气不能依附在皮肉表面，像泡沫浮在水面上那样；而应该像深渊中的珍珠一样，不依附任何东西，凌空直下，这才是最妙的境界。人体的绛宫，就是上清之地。它有个名字叫紫霞。大概是因为身体里五行混杂，然后聚集了非常灵秀的气。人有三魂：第一个叫胎光，它住在上丹田；第二个叫爽灵，它住在中丹田；第三个叫函精，它住在下丹田。...两个肾呢，左边的是少阳，右边的是太阴，它们上面连接着各个脉络以及经络，这是个秘密的通道。两个肾产生的气，就像日月的光芒一样，常常随着呼吸进出。这些气在内部灌入到生命之门，向上进入大脑（泥丸），上下流通，就像日月那样运行。人不管是动还是静，呼吸的时候，心里应该常常保持这种意识。这实际上是一篇关于小周天的总体论述。心、肾、脑三点连成一线，不停地运动，循环往复，没有尽头，这确实是强健身体的关键所在。
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